El comandante de la Marina Ray Trapp muere en extrañas circunstancias durante una misión a bordo del Air Force One, en la que acompañaba al Presidente a Los Angeles para protegerle. Al haber formado parte del Cuerpo Naval, es tarea de los agentes del Departamento de Investigación Criminal de la Marina encargarse de realizar la pertinente investigación y aclarar si la causa de la muerte fue o no natural.

En este caso, contarán con la ayuda de la agente del Servicio Secreto, Kate Todd, que podría llegar a tener más relación con este equipo de investigación criminal de lo que ellos mismos piensan.

El FBI informa a Gibbs de que su anterior jefe, el coronel Ryan, está en busca y captura por un delito de robo y asesinato. Gibbs está convencido de que Ryan es incapaz de hacer algo así y confía plenamente en su inocencia. Por ello, ordena a Kate y a Tony que encuentren a Ryan. Cuando lo consiguen, el coronel explicará toda la trama de mentiras que se esconden detrás de este caso.