An Bord der Air Force One stirbt ein junger Offizier aus der nächsten Umgebung des Präsidenten offenbar an einem Schlaganfall. Kate Todd, Agentin beim Secret Service, und ihr Kollege Baer werden von dem Ermittler-Team des NCIS unter der Leitung von Leroy Jethro Gibbs verhört: Es stellt sich heraus, dass der junge Offizier mit einem schwer nachweisbaren Schlangengift getötet wurde …

Der Navy Commander Brian Farrell wird, als er mit seinem Boot zum Fischen fährt, erschossen. Farrell hat sich mit seiner Stiftung „Urban Lights“ für Jugendliche eingesetzt. Wie der NCIS in Zusammenarbeit mit der DEA feststellt, wurde nicht nur Farrell getötet, sondern ganz in der Nähe auch zwei Drogendealer. Das nährt den Verdacht, Farrell sei in Drogengeschäfte verstrickt gewesen. Gibbs und sein Team stoßen auf die Spur eines saudischen Terroristen, der vom FBI gesucht wird …

Auf der Trauerfeier ihres Mannes erhält Sarah Kidwell einen Anruf von ihrem toten Gatten. Um herauszufinden, wer hinter diesen Anrufen steckt, muss das NCIS-Team die Leiche des tot geglaubten Marines exhumieren und stellt dabei fest, dass er bei seiner Einbalsamierung noch am Leben war. Gibbs und seine Leute kommen einem Verbrechen auf die Spur, dessen Opfer Kidwell und sein Partner, Major Peary, werden sollten.

Im Irak ist ein amerikanischer Geldtransporter überfallen worden. Colonel Ryan, ein alter Freund von Gibbs, ist seither mit zwei Millionen Dollar verschwunden. Kurze Zeit später erhält Gibbs ein Päckchen von Ryan. Heimlich treffen sich die beiden in einer alten Lagerhalle. Dort erzählt Ryan, dass er umgebracht werden soll, da er von einer Verschwörung bis in die höchsten Regierungskreise weiß …

Bei einer Autopsie werden Ducky und Gerald von einem Terroristen überwältigt, der sich in einem Leichensack versteckt gehalten hatte. Er nennt sich selbst Ari und fordert die Herausgabe der Leiche und der Blutprobe eines anderen Hamas-Anhängers namens Qassam. Wenn seine Forderungen nicht erfüllt werden, wird er Gerald und Ducky töten. Bei dem Versuch, den Entführer zu täuschen, fällt auch Kate Ari in die Hände. Gibbs und ein Spezialkommando wollen die Geiseln befreien …

Der NCIS wird zu den Ermittlungen im Todesfall von zwei Navy-Offizieren hinzugezogen. Als Gibbs und seine Leute am Tatort eintreffen, tappen sie jedoch in die Falle eines Attentäters. Sie überleben nur knapp und erfahren daraufhin, dass der Anschlag auf das Konto des zurückgekehrten Ari geht, der allem Anschein nach versucht, sich einer Al Quaida-Zelle in den USA anzuschließen. Als Gibbs ihn persönlich trifft, versucht Ari erneut, ihn zu töten …

Nachdem Kate von Ari erschossen wurde, sind ihre Kollegen und Freunde zunächst wie gelähmt. Gibbs ist entschlossen, Ari zu jagen, bis er ihn stellen und töten kann. Bei einer Unterredung mit Direktor Morrow erfährt Gibbs, dass sein Chef den NCIS verlässt und an seine Stelle Jenny Shepard tritt – Gibbs’ alte Liebe. Sie will um jeden Preis verhindern, dass er Ari umbringt. Dann bekommt Ducky einen Anruf von Ari – er hat Gerald als Geisel genommen …

In einem Hotel explodiert eine Bombe. Der zivile Leiter der Navy, Clayton Jarvis, kommt dabei ums Leben, während Tom Morrow schwer verletzt wird. Gibbs (Mark Harmon) ist der festen Überzeugung, dass es jemand auf die Mitglieder des NCIS-Teams abgesehen hat.

Die britischen Häftlinge Cassio Chavez und Jacob Scott kamen in einem Frachtcontainer aus Europa in die USA und sind nun spurlos verschwunden. Eine Spur führt in eine Lasertag-Arena, deren Besitzerin sie mit Waffen und Geld versorgte - und schließlich sterben musste.