Widerwillig beginnt Ben, Locke in die Geheimnisse der Insel einzuweihen, und fängt dabei mit dem mysteriösen Jacob an. Locke erfährt, dass Ben nicht der Anführer "der Anderen" ist, auch Juliets Geheimnis wird allgemein bekannt.

Im Jahr 1977 befindet sich Sayid in einer Zelle der Dharma-Initiative. Er weigert sich, mit Sawyer zu kooperieren. Die anderen Mitglieder der Initiative stimmen für seine Hinrichtung. Doch da kommt Hilfe in Form des zwölfjährigen Ben Linus.

Nachdem Sayid den zwölfjährigen Benjamin Linus angeschossen hat, schwebt der Junge in Lebensgefahr. Um ihn zu retten, bringen Kate und Sawyer ihn zu "den Anderen". Richard Alpert verspricht, alles zu tun, um Ben zu retten.

Bens Vater Roger verdächtigt Kate, für das Verschwinden seines Sohnes verantwortlich zu sein. Phil findet heraus, dass Kate und Sawyer Ben zu "den Anderen" gebracht haben. Währenddessen erfährt Miles, wer sein Vater ist.

Jack und Sayid finden mithilfe von Richard und Eloise die Wasserstoffbombe. In Rückblenden ist zu sehen, wie Jacob bereits lange vor dem ersten Flugzeugabsturz mit Kate, Sawyer, Sayid und anderen Inselbewohnern Kontakt aufnimmt.

Sawyer will Jack daran hindern, die Bombe zu zünden, um die Geschehnisse auf der Insel rückgängig zu machen. Dreißig Jahre später: Richard, Locke, Ben und "die Anderen" treffen bei Jacob ein. Wird Ben Jacob töten?

In der alternativen Realität arbeitet Ben in Los Angeles als frustrierter Highschool-Lehrer, der seinen kranken Vater pflegt. Auf der Insel trifft Ben mit Sun, Ilana, Lapidus und Miles im Dschungel außerhalb des Tempels zusammen.