Lois und Clark werden von angeblichen FBI-Agenten beschuldigt, Informationen über Superman zu verbergen. Jason Trask, Leiter des obskuren „Büro 39“, ist geradezu besessen. Er glaubt, Superman plane eine außerirdische Invasion.

In Clarks Heimat Smallville wird ein seltsamer grüner Stein gefunden. Auch Jason Trask, der verrückte Chef des Büro 39, ist hinter ihm her. Es handelt sich um Kryptonit: Die einzige Substanz, die Superman schaden kann. Das bekommt Clark sehr schmerzhaft zu spüren.

Metropolis wird mitten im November von einer Hitzewelle heimgesucht. Lex Luthor beschuldigt Superman, die Verantwortung dafür zu tragen. Superman darf unter Androhung von Strafe seine Kräfte nicht mehr benutzen. Nur Lois kann nicht glauben, dass Supreman der Schuldige ist.

Ein Asteroid rast auf die Erde zu. Superman bleiben nur 55 Stunden, um deren Zerstörung zu verhindern. Doch beim Zusammenprall mit dem Himmelskörper verliert er seine Erinnerung. Da Superman verschwunden zu sein scheint, breitet sich Weltuntergangsstimmung aus.