Harm défend un sergent qui dit avoir tué sa femme en état de légitime défense. Mais il refuse que son fils témoigne en sa faveur.

Au moment de l'arrivée à la Navy d'un nouveau secrétaire général, Harm traite une délicate affaire : une nouvelle recrue est accusée d'homicide involontaire...

Harm et Mac enquêtent sur un F-14 ayant eu une défaillance d'oxygène liquide à quarante-cinq-mille pieds.

Le jeune et séduisant lieutenant Kersey accuse de harcèlement sa supérieure, le Commandant O'Neill après un vol au dessus du Pacifique...

Lorsqu'un exercice de simulation de combat tourne mal, l'amiral Chegwidden appelle le JAG à la rescousse. Le commandant de l'équipe rouge est accusé d'avoir désobéi aux ordres et d'avoir utilisé des armes chimiques, tuant le chef de l'équipe bleue...

A bord du Seahawk, le lieutenant Singer veut poursuivre en cour martiale les personnes qu'elle juge responsables de la mort et de la blessure de deux seconds maîtres. Chegwidden envoie Harm vérifier les faits...

En mission à Naples, Harmon doit collaborer avec Interpol pour débusquer l'auteur d'une série de meurtres de prostituées. Un marine américain est soupçonné...

Coincé la veille de Noël sur l'USS Coral Sea avec l'amiral Boone, Harmon échafaude un plan pour rentrer au pays : les deux hommes échangent leurs places avec deux pilotes de F-14...

Le général Chet Kubin déclare la guerre à la médecine navale quand sa fille Krista meurt des suites d'une opération bénigne...

Après avoir fait des révélations à la presse à propos d'un nouveau casque high-tech, selon lui défectueux, le lieutenant Jeremy Duncan est menacé de cour martiale. Mac est chargée de l'affaire...

L'Amiral A.J. Chegwidden est accidentellement éjecté d'un avion piloté par Harm. Il disparaît alors qu'une terrible tempête de neige se lève...

A bord d'un sous-marin, un missile portant une tête nucléaire est introuvable lors de l'inventaire. Sturgis est hélitreuillé jusqu'au bâtiment pour y mener l'enquête...

Harm arrive à Norfolk pour défendre son client, accusé d'avoir détourné des fonds de l'US Navy. Il se retrouve pris au piège dans la base pendant que le procès se déroule sans lui...

Harm et Sturgis mènent une enquête sur un vétéran du Vietnam qui aurait fait passer de jeunes travailleuses clandestines aux États-Unis...

Le corps d'un officier de la Marine est retrouvé dans les bois par un jeune scout. Une analyse ADN permet de déterminer qu'il s'agit du lieutenant Loren Singer. Tandis que le NCIS mène l'enquête pour découvrir le meurtrier, Rabb appelle son frère Sergei pour lui apprendre la nouvelle. Interrogé comme les autres membres de l'équipe de l'amiral Chegwidden, Rabb est rapidement considéré comme le principal suspect...

Chargés de contrer les plans d'un groupe terroriste, MacKenzie et Webb se rendent au Paraguay, où ils se font passer pour un couple de jeunes mariés...

Harm apprend que Mac et Webb ont disparu au Paraguay. La CIA ignore s'ils sont encore en vie. Comme on lui refuse l'autorisation de partir à leur recherche, Harm démissionne du JAG et se rend au Paraguay tenter de les retrouver...