Harm fait équipe avec le major Sarah « Mac » MacKenzie et le lieutenant Roberts.

Avec l'agent spécial Webb, ils enquêtent sur le vol de la Déclaration d'Indépendance.

Elle a été volée par le colonel O'Hara, qui se révèle être l'oncle de Mac. Celui-ci a volé le précieux document pour rappeler à la population, et surtout aux responsables politiques, son sens et son esprit.

A l'infirmerie de Groton, dans le Connecticut, un prisonnier est victime d'un empoisonnement alimentaire. Dans la confusion qui s'ensuit, un autre détenu, Jason Magida, en profite pour assommer un garde. Il endosse ensuite son uniforme et prend la fuite. Chargés de l'enquête, le lieutenant Harmon Rabb et le major Sarah MacKenzie apprennent que Magida a provoqué volontairement une épidémie en infectant l'eau potable. Durant sa détention, Magida suivait des cours de biologie par correspondance...

Cinq hommes de la marine, en mission secrète, sont chargés de transporter des explosifs au Pakistan, lorsque des terroristes débarquent, arme au poing, sur leur navire. Les officiers Vic Gorski et Mark Harridan tentent de s'en débarrasser, mais l'officier en chef Greg Connors abat Harridan à bout portant. Il est traduit devant la cour martiale pour meurtre avec préméditation. Le capitaine Harmon Rabb Jr est très étonné lorsque madame Harridan lui apprend que son fils et Connors étaient de bons amis...

Le lieutenant Marilyn Isaacs participe à une cérémonie rituelle à bord du «Seahawk», lors du passage de l'équateur, afin de devenir membre de l'Ancien Ordre des profondeurs...

En faisant leur jogging, l'amiral Chegwidden et le juge Laura Delaney se retrouvent face à un mystérieux bouddha manchot en pierre...

En Colombie, une équipe de JAG doit s'enfuir en laissant sur place l'un des siens, blessé, alors qu'il tentait d'arrêter un caïd de la drogue...

Quand le colonel des marines John Farrow défie l'autorité du Pentagone pour porter secours à ses hommes à Haiti, il est l'objet d'une enquête du JAG. La situation se complique en raison des relations anciennes entre Mac et John Farrow. Lors du procès, l'amiral Chegwidden défend le colonel, pendant qu'Harm et Mac doivent gérer l'accusation.

Après les crashes de deux hélicoptères, survenus dans des circonstances mystérieuses, le lieutenant Harmon Rabb est désigné pour mener l'enquête. Alors qu'elle travaille sur des dossiers peu importants, Sarah MacKenzie entend un flash d'information relatant l'accident...

Harm est chargé de la défense de l'officier Elisabeth Lane, accusée d'avoir tué un diplomate turc. Légitime défense ou meurtre ?

Josh Pendry a assisté au meurtre d'un sous officier sur la base d'Andrews. Annie vient chercher de l'aide - et plus - auprès d'Harm.

Les vies privée et professionnelle du lieutenant Rabb et du major MacKenzie se retrouvent perturbées par une enquête sur un harcèlement sexuel...

Le lieutenant Rabb et le major MacKenzie sont chargés d'assurer la défense de l'officier Anthony Sevalas, accusé d'avoir battu une prostituée. Après une première rencontre avec l'individu, Sarah est certaine de sa culpabilité...

Bud Roberts, de plus en plus nerveux, ne sait pas s'il va pouvoir épouser sa fiancée. Il s'apprête à plaider sa première affaire lorsque son père et son frère arrivent sans prévenir...

Ichiro Higashimori marche sur la plage quand il entend les cris d'une femme. Il tombe sur un Américain en train de molester une jeune Japonaise, qui n'est autre que la fille d'Ichiro. Terry Guitry est rapidement arrêté, et le JAG se rend au Japon pour le défendre car il risque l'emprisonnement à vie...

C'est la consternation au JAG quand Mac est arrêtée pour le meurtre de son époux. Harm va tout faire pour la défendre, pendant que Mic, nouvellement arrivé, est chargé de l'accusation.

Harm et Mac sont chargés d'arrêter trois marins poursuivis pour avoir molesté le patron d'un bar situé sur les docks. Ils découvrent que l'agression était en fait une vengeance...

Au cours d'un exercice d'entraînement en Virginie, le lieutenant Rivers abat accidentellement un adolescent de 14 ans. Les parents, qui considèrent que le gouvernement a assassiné leur fils, réclament justice...

A bord d'un porte-avions, un technicien est accusé de sabotage lorsque le vaisseau, croisant dans des eaux hostiles, perd de sa puissance. Le lieutenant Harmon Rabb et Sarah MacKenzie essaient de découvrir les motivations du saboteur...

Alors que son père est sur le point de mourir, le major Sarah MacKenzie replonge dans son passé particulièrement douloureux. Elle constate alors qu'elle éprouve un fort sentiment de haine. Elle est furieuse envers le prêtre qui essaie de la convaincre de pardonner au mourant alors que, par la faute de ce dernier, Sarah a sombré dans l'alcool...

Le lieutenant Harmon Rabb pense qu'il est en train de perdre totalement la raison. Pourtant, il a bel et bien eu une vision de son défunt père lui parlant longuement. Il décide de se confier à une amie psychiatre. Perplexe, elle lui avoue qu'elle soigne un officier atteint des mêmes symptômes. Harmon Rabb trouve la coïncidence plutôt troublante...

L'Amiral Chegwidden fait équipe avec Clayton Webb pour faire évader un agent de la CIA retenu prisonnier par des terroristes en Italie.

Harm pense qu’il est temps qu’il se remette à voler maintenant qu’il a retrouvé sa vision nocturne. Mac et Jordan ne sont pas vraiment enthousiasmées par cette idée. Harriet est sur le point d’accoucher…

Content de son affectation qui n'était pas officiellement entérinée, le lieutenant Harmon Rabb pense de plus en plus sérieusement mener sa carrière au sein de l'unité du JAG. Mais il apprend qu'un ex-membre de la Marine, accusé du meurtre de la petite Annie, a refait surface et menace la soeur jumelle de la défunte...

Alors qu'il patrouille aux abords de la Méditerranée, le lieutenant Buxton décide d'ennuyer le lieutenant Harmon Rabb pour prouver qu'il est le meilleur pilote de l'escadrille. En plein vol, il quitte son cap et crée un incident lors d'une procédure d'approche. Harmon est déterminé à ne pas laisser passer cette nouvelle provocation de Buxton...

Harm jongle toujours entre ses fonctions de pilote de chasse et celles de conseiller juridique. Il réussit un sauvetage spectaculaire mais il prend aussi sur son temps libre pour conseiller un jeune officier juridique inexpérimenté...

De retour au quartier général, Harmon Rabb se voit confier une mission délicate. Le fils du secrétaire général de la Marine est accusé d'avoir désobéi aux ordres et manqué de respect à un officier. Il est traduit devant la cour martiale, et Harmon doit assurer sa défense...

Un caporal, principal témoin d'un viol, reste introuvable après avoir reçu l'ordre de témoigner au procès. Harmon et Bud finissent par le repérer et découvrent pourquoi il a préféré disparaître...

Bud, l'avocat le moins expérimenté du JAG, a pour mission d'accompagner Raglan, un ancien agent des Forces spéciales, sollicité par le Pentagone pour tester la sécurité des bases militaires américaines. Mais Raglan détourne un sous-marin nucléaire avec Bud à son bord. Harmon est appelé à la rescousse...

Harmon Rabb et Sarah McKenzie sont envoyés en mission au Panamá afin de suivre de près les faits et gestes de l'épouse d'un colonel de la Marine. Olivia est en effet soupçonnée de faire entrer clandestinement de la drogue aux Etats-Unis...

Le lieutenant Harmon Rabb se retrouve devant la cour martiale. En effet, une lettre critiquant le président des Etats-Unis et publiée à la une d'un grand quotidien, a été envoyée depuis son ordinateur. Une organisation connue pour ses vues très conservatrices propose cependant d'assurer sa défense. Harmon accepte immédiatement. De son côté, Bud tente d'identifier le véritable auteur de la lettre...

Le lieutenant Elizabeth Hawkes, une collègue de Harmon Rabb, doit passer en cour martiale après qu'un avion s'est écrasé sur un porte-avions en effectuant un atterrissage. Le capitaine du navire et l'officier supérieur de Hawkes l'accusent, tous les deux, d'être responsable de l'accident...

Mac et Harm mettent en place un tribunal fictif à l’Académie Navale de Iron Forge. Ils utilisent une affaire vieille de dix ans, le cas de l’Artilleur Gregory Riordan, mort dans une explosion à bord du USS Minnesota…

Sarah MacKenzie est contrainte de prendre la défense d'un officier, Kenneth Farmer, condamné à mort pour le meurtre de trois marines. Brumby doit requérir la peine de mort, bien qu'il y soit opposé...

Harm est coincé dans la cale d'un bateau qui est en train de couler. Avec lui se trouvent un marin accusé de meurtre et son gardien. Les heures des trois hommes sont comptées...

Un officier, Kevin Lee, est accusé d'avoir tué un marin australien et d'avoir usurpé son identité il y a 28 ans. Harm va se charger de sa défense alors que Mic est à l'accusation. Mais l'affaire prend un tour plus personnel quand Mac fait son apparition...

Un soir, alors qu'il attend un taxi devant un bar fréquenté par la communauté homosexuelle, un ami du sergent Victor Galindez est bousculé involontairement par un jeune homme qui sort d'un bar. Une bagarre éclate et le sergent Galindez vient au secours de son ami. Cet incident lui vaut de graves ennuis...

Un sous-marin américain a été coulé la veille de l'attaque de Pearl Harbor en 1941. Un fouilleur d'épave retrouve le bâtiment. L'Amiral Chegwidden et Harm sont sur l'affaire...

Mac est chargée de l'accusation d'un instructeur parachutiste après la mort par noyade d'un de ses élèves. Un dossier contenant des informations auxquelles elle n'a pas accès en tant que procureur tombe entre ses mains. Elle l'ouvre...

Prenant de nombreux risques, Sarah MacKenzie accepte d'apporter secrètement son aide à Harmon Rabb. Celui-ci est confronté à maintes difficultés dans une enquête relative à l'agression d'une femme marin...

Le Lieutenant Rivers se retrouve une nouvelle fois en Cour Martiale. Il a rossé un membre du Congrès qui prétendait faire partie du Corps des Marines. Curtis explique qu'il traque ceux qui prétendent faussement faire partie des SEALs. Harm est chargé de sa défense...

Harmon Rabb a rouvert une affaire de meurtre vieille de dix ans, mais cette initiative a pour effet de déchaîner la colère de la fille de la victime, en l'occurrence le lieutenant Teresa Coulter...

Mickey, le jeune frère de Bud, est accusé d'avoir commis une imprudence pendant un exercice d'entraînement. Mac, Harm, Bud et même l'Amiral vont unir leurs efforts pour démontrer son innocence...

Les sergents Sergei Zhukov et Dimitri Lakarenko survolent la campagne tchétchène en hélicoptère, lorsque des rebelles les prennent pour cibles. Ils sont alors obligés de faire un atterrissage forcé. Sergei prend le temps de récupérer une photo de Harm avant de s'extraire de l'appareil.

Sergei Zhukov et Harm discutent longuement. Harm doute toujours que le jeune Russe soit son demi-frère, même s'il possède des photos de leur père. Mac souhaite se rendre en Tchétchénie pour rejoindre Harm.

Pour échapper à une tempête, un F-14 piloté par le capitaine de corvette Mike Urquiza et le lieutenant Jeff Berke, est obligé d'atterrir au plus vite. Alors que leur atterrissage s'est bien passé, leur avion prend feu quelques minutes plus tard.

En Virginie, un couple en voiture s'arrête sur un pont où une femme semble les attendre. Une bagarre éclate entre l'homme, Andy Kingsley, sa femme Susan Kingsley et sa maîtresse Misty James. Cette dernière tombe et meurt. Harm et Mac vont devoir comprendre ce qui s'est passé.

A la base navale de Norfolk, en Virginie, le Quartier-Maître Elling, et sa femme Fanny sont arrêtés par des agents fédéraux. Fanny est en fait une Princesse de sang et sa famille exige qu'elle rentre dans son pays.

Deux jours d'être nommé Commandant de la sixième flotte, l'Amiral Thomas Boone est accusé par un appel anonyme d'avoir participé, en août 1968, au massacre de civils innocents dans le petit village de Tan Dien, au Vietnam. L'enquête est confiée à Mac mais Harm souhaite y participer.

L'amiral Boone, qui mène des opérations au large de la Virginie, est relevé de ses fonctions par l'amiral Nash. Au quartier général du JAG, Harmon et Mackenzie vont tout faire pour lui éviter la cour martiale...

Harriet, la femme du lieutenant Roberts, accouche d'une petite fille, mais des complications au moment de la naissance entraînent la mort du bébé. Bud accuse le docteur Gettis d'avoir commis une erreur médicale lorsqu'il apprend qu'Harriet présente une tumeur abdominale, que Gettis a ignorée à la dernière échographie...

De retour à la vie civile, l'ex-sergent Daniel Craig voit un père en train de brutaliser son fils. Il s'interpose et flanque une correction magistrale au père violent. Craig est ensuite arrêté pour agression...

Un navire de la Marine Américaine entre en collision avec un navire turc durant un exercice d'entraînement de l'OTAN. L'Amiral Chegwidden est chargé de porter des accusations contre le Commandant du navire américain tandis que Harm et Mac sont chargés de sa défense.

Harm se charge de la défense d'un sergent de la marine, accusé de tentative de meurtre sur son épouse. Son seul espoir d'obtenir l'acquittement est de persuader le jury que, si son client en est arrivé là, c'est à cause d'une prière qu'il a adressée un jour à un aumônier tué au Viêtnam...

Harm et le lieutenant Roberts poursuivent en justice un officier accusé du meurtre de l'un de leurs collègues. Mais lorsqu'une preuve essentielle disparaît du dossier, ils se lancent sur de nouvelles pistes...

Le sergent Galindez se porte volontaire pour se rendre au Nouveau-Mexique afin d'escorter un héros de la guerre du Viêtnam, accusé de désertion. Mais la vie des deux hommes est menacée par les autorités locales...

Le lieutenant Harmon Rabb et Sarah MacKenzie se rendent à Bahrein, où un destroyer américain a été attaqué par des terroristes. Une jeune Américaine, retrouvée à bord du bateau de ces derniers, dit avoir été kidnappée par les terroristes. Harmon Rabb est chargé d'enquêter, car la jeune femme est soupçonnée de les avoir délibérément aidés...

Harmon est chargé de défendre le lieutenant Michael Roberts, le frère de Bud, accusé d'avoir tué un homme dans un bar lors d'une rixe entre militaires et civils à Mazathan, au Mexique. Harmon doit prouver que Roberts a agi en état de légitime défense...

Clark Palmer, un vieil ennemi de Harm, et le sergent Krohn, accusé d'avoir tenté d'assassiner sa femme, sont tous deux en prison. Ils déclarent avoir eu la vision du père Wiggins, un aumônier disparu au Viêtnam. Palmer affirme que ce dernier lui a confié où se trouve l'individu qui a agressé madame Krohn. Harm ignore qu'il va tomber dans une embuscade...

Au Cap Fear, en Caroline du Nord, à la base aérienne du corps des Marines. Le programme OSPREY consiste à tester les appareils F14. Lors d'un vol d'essai auquel participe Bobbi Latham, membre du Congrès, un incident se produit, blessant légèrement les occupants. Madame Latham porte l'affaire en justice, arguant que les appareils présentent des défaillances mécaniques...

Pendant la fête organisée pour ses fiançailles avec Mic, Mac s'éclipse avec Harm et tous deux se remémorent le passé...

Sarah Mackenzie doit donner une conférence sur un procès qui a eu lieu en 1842. Les trois meneurs d'une mutinerie ont été condamnés à la pendaison. En préparant ses documents, elle se met à imaginer ses collègues officiers dans le rôle des mutins...

Le mariage de Mac avec Mic approche. Elle se rend compte que ses sentiments pour Harm sont très forts. Harm doit s'absenter pour le week-end. Bientôt Mac apprend qu'il est porté disparu en mer, après un violent orage.

Harm est présumé perdu en mer pendant que les invités du mariage de Mac attendent des nouvelles des secours pour savoir quand les opérations de recherche vont reprendre dans un océan atlantique en pleine tempête. Alors qu' Harm commence à sombrer dans les derniers stades de l'hypothermie, son seul espoir est de contacter ses sauveteurs en s'agrippant à une bouée sonar. Pendant ce temps, Mic ne peut que constater la détresse de Mac qui craint de perdre Harm et il prend une décision au sujet de leur avenir qui pourrait laisser Mac décider seule de son avenir.

Mac part enqêter loin d'Harm dans l'Océan Indien au sujet d'un officier tombé à la mer. Pendant ce temps un ancien ami d'Harm est affecté au JAG et les deux hommes s'opposent sur le dossier d'un avion volé et d'un vol non autorisé.

Un major des marines est accusé de négligence par homicide et Mac et Harm se retrouvent face à face pendant la court martiale. A bord de l'USS Guadalcanal, Mac est chargé de l'accusation d'un major accusé d'homicide par négligence par le commandant du navive. A la grande surprise de Mac, Harm arrive à bord pour défendre le major et essayer de clarifier les choses avec Mac au sujet de leur relation. Mais alors qu'ils se retranchent derrière l'affaire , ils ont du mal à trouver du temps pour discuter de leurs problèmes personnels. Pendant ce tmps, l'amiral Chegwidden doit s'occuper de sa filleule adolescente, qui a fait une fugue.

Harm enquête sur le meurtre de deux crypto-analystes dans une salle sécurisée et découvre qu'une des victimes est un de ses anciens amis. Pendant ce temps, Mac essaie de savoir si la petite fille qu'elle a laissé en Indonésie est toujours vivante.

Harm défend un marine, qui en violant les règles de combat a provoqué la mort de six soldats, mais ce marine affirme que les ordres lui ont été donnés verbalement par son officier supérieur. En remontant la chaîne de commandement, Harm arrive à Bobbi Latham.

Des rivalités entre personnes surgissent au JAG quand Mac déclare à Harm qu'elle va le battre au cours d'une course de charité à laquelle participe le JAG. Harm se met dans le pétrin en disant à Mac qu'il lui accorde 3 minutes d'avance.Pendant ce temps, le niveau de testostérone monte quand Gunny et Tiner se disputent pour savoir lequel est le plus en forme, et le lieutenant Singer lance des paris sur qui va être le dernier, ce qui froisse Bud, le "favori".

Le gouvernement chinois prend en otage l'équipage d'un avion espion qui est entré en collision avec un de ses chasseurs. Harm est envoyé en Chine pour négocier la libération de l'équipage et de l'avion, qui est équipé de matériel très secret. Quand Harm retourne enfin sur le porte avion américain avec l'équipage, un des pilots de chasse de l'escorte retourne dans l'espace aérien chinois malgré les ordres...

Harm défend le pilote de chasse qui malgré les ordres est allé bombarder l'avion espion retenu par les Chinois, parce qu'il pensait que c'était la meilleure chose à faire. Sturgis est chargé de l'accusation. Pendant ce temps, Mac enquête sur une affaire de harcèlement sexuel auquel doit faire face un colonel des marines, accusé par une femme officier d'avoir laissé diffuser la cassette de son entraînement dans une émission de Vidéo Gags.

C'est la veille de Noël et l'amiral Chegwidden risque de passer pour un grippe sous quand la Navy doit rassembler des rennes qui se sont aventurés sur une piste d'une base américaine en Finlande. Pendant ce temps Harm et Mac ont sur les bras une jeune femme quartier maître qui doit comparaître pour vol après les fêtes, alors que la prison est fermée.

Bud doit choisir son camp entre Harm et Mac.Bud est un des jurés dans un procès où Mac est en charge de l'accusation et Harm de la défense. Harm se retrouve face à Mac dans un procès où il défend un infirmier accusé du meurtre d'un marine pendant un exercice.Quand Bud se retrouve faire partie du jury, se considérant comme un expert, il utilise ses connaissances en droit pendant les délibérations pour aider les jurés à se faire une opinion sur les faits, mais découvre que les choses ne sont pas toujours ce qu'elles semblent être.

Harm et Mac sont envoyés sur le USS Seahawk pour expliquer aux officiers du JAG les nouvelles règles de combat, suite à la fuite de combattants talibans, rendue possible par l'hésitation d'un officier du JAG qui n'avait pas su dire si la cible était légitime. Pendant que Harm est sur le porte avion, le capitaine lui demande de participer aux opérations de bombardement sur l'Afghanistan. L'excitation d'Harm se change en inquiétude quand son avion est gravement touché par un missile ennemi, et risque de se perdre en mer. Pendant ce temps, Singer sabote par jalousie une affaire sur laquelle Bud travaille, quand elle entend parler de sa prochaine promotion.

Quand le journaliste Stuart Dunston de ZNN fait état de la responsabilité de SEALS dans la mort de civils en Afghanistan, l'opinion publique s'émeut. Mais quand Harm et Mac enquêtent, Harm découvre que Dunston pourrait être à l'origine de l'échec de la mission et ressort une loi oubliée qui lui permet de soumettre Dunston à une court martiale pour avoir désobéi aux ordres du commandant des commandos marines. Pendant ce temps, le lieutenant Roberts reçoit sa feuille de route pour son affectation de 6 mois sur le USS Seahawk.

Un des survivants de la désastreuse explosion de Port Chicago en 1944 demande au SECNAV que les accusations de mutinerie soient retirées de son dossier. Chargé de traiter discrètement le cas, Sturgis découvre qu'une injustice a été commise et affronte le lieutenant Singer au tribunal. Pendant ce temps, Harm aide Harriet à acheter une maison.

La capture de Mustafa Atef, soupçonné d'avoir entraîné les terroristes responsables des attentats du 11 septembre, conduit à mettre en place le premier procès militaire depuis 50 ans, qui se tiendra sur le USS Seahawk. AJ décide de défendre Atef et Sturgis se porte volontaire pour l'assister, pendant que Mac et Harm sont chargés de poursuivre. A la recherche d'un témoin, Mac et Webb se rendent dans un camp de prisonniers en Afghanistan, où une révolte met la vie de Mac en danger.

Harm est chargé de défendre le juge Sebring, accusé d'avoir provoqué un accident qui a entraîné la mort d'un bébé de 6 mois. Pendant ce temps, Webb continue ses recherches pour localiser Kabir, le terroriste d'Al-Qaida en fuite, que l'on a vu pour la dernière fois en compagnie d'un commandant de sous marin russe.

Harm et Mac enquêtent sur des "dommages collatéraux" en Afghanistan quand une attaque menée contre des terroristes d'Al-Qaida a tué trois civils innocents. Avec l'aide du capitaine Coulter, Mac et Harm essaient de déterminer si certains des restes peuvent appartenir à des leaders d'Al-Qaida. Quand Harm et Mac perdent le contrôle de leur véhicule et se retrouvent au milieu d'un champ de mines, ils doivent passer la nuit ensemble à chercher une solution pour se sortir de ce piège.

Le lieutenant Bud Roberts a été blessé dans l'explosion d'une mine. Il est évacué d'Afghanistan par hélicoptère. Coates l'accompagne...

Un vieil homme se rend au cimetière d'Arlington sur la tombe d'une infirmière ayant servi pendant la Seconde Guerre mondiale. Il raconte sa vie héroïque à une visiteuse âgée d'une vingtaine d'années...

La femme d'un Bédouin est identifiée comme étant Allison LaPorte, un second-maître, disparue depuis 1991 lors de la guerre du Golfe. La jeune femme est accusée de désertion, puis de trahison : Bud est chargé de la défendre. Il s'avère qu'Allison LaPorte est la fille d'un amiral qui travaille pour les services secrets de la marine...