Jesse ricorda una missione che le ha cambiato la vita a bordo di un sommergibile, il Jimmy Carter. Sarah e John decidono che non possono continuare a vivere nella loro casa e fanno dei piani per abbandonarla.

La missione in sommergibile di Jesse nel futuro prende una svolta pericolosa che ha effetti imprevisti per John, Sarah e Derek nel presente. Prima di partire, Sarah affronta Cameron e John prende una decisione difficile.

Temendo per la propria vita, Sarah nasconde John in una casa sicura. Cameron e Derek cercando di lavorare insieme dopo che lei gli rivela un grosso segreto. Intanto John Henry viene corrotto.

John si avvicina moltissimo alla Weaver mentre è in missione per recuperare l'ultimo bersaglio di Skynet, ma il nuovo incontro tra Sarah ed Ellison cambia i programmi. La Weaver scopre il segreto di Ellison.

In prigione, Sarah continua ad affermare che suo figlio è morto. Intanto John è deciso a liberarla nonostante lei gli chieda di fuggire senza di lei e a chiedere l'aiuto di Cameron.