Sarah y John comienzan a visitar la consulta de Boyd Sherman, un psicólogo cuyo nombre está en la lista que dejó el viajero del tiempo fallecido, para averiguar qué relación tiene con la Resistencia o con Skynet; allí John comenzará a hablar sobre su accidentado cumpleaños. Weaver acude también al doctor Sherman por problemas con su hija Savannah. Derek se reencuentra con Jesse, una antigua novia que ha venido del futuro por motivos desconocidos. Ellison comienza a preguntarse lo que se está llevando a cabo en en la planta de ZeiraCorp a la que tiene el acceso restringido, mientras El Turco comienza a comunicarse con imágenes cuyo significado nadie parece comprender.

Cuando los Connor sufren un robo en su casa, Sarah y Cameron comienzan a buscar a los ladrones con el objetivo de recuperar todo lo que les ha sido sustraído. Cromartie encuentra el rastro de Cameron y busca de puerta en puerta para dar con John; éste, que se encuentra en casa con Riley consigue eludirlo no sin que su amiga le pida explicaciones. Tras recibir la visita de un doble robótico que intenta matarlo, Ellison es detenido por un asesinato cometido por su sosias. Mientras, Derek sigue viéndose en secreto con Jesse.

Sarah empieza a tener extraños sueños cuyo referente en común son tres puntos colocados en la misma posición y acude al doctor Sherman intentando buscar un significado a los mismos. John y Cameron regresan a México dispuestos a desenterrar el cuerpo de Cromartie para destruirlo, pero descubren que alguien se les ha adelantado; su primer sospechoso será Ellison. Derek y Jesse interrogan a un hombre que ella ha secuestrado, y que supuestamente se trata de Charles Fischer, un colaborador humano de las máquinas que también ha venido del futuro con intenciones que ellos intentan descubrir.

La obsesión de Sarah por encontrar un sifnificado a los puntos de sus sueños le lleva hasta la compañía Dakara, la cual está desarrollando una inteligencia artificial que podría ser El Turco. Tras descubrir Derek que Jesse está espiando a los Connor, ésta se ve obligada a revelarle que vino del futuro para salvar a John de la influencia de Cameron; lo que no le dice es que ya tiene a alguien cerca suyo para ganarse su confianza. John busca una manera de contarle a Riley acerca de su lucha contra las máquinas, sin ser consciente de que su amiga sabe más del tema de lo que aparenta. La muerte del doctor Sherman mientras trabajaba con el proyecto Babylon pone sobre aviso a Ellison, quien empieza a tener dudas sobre las enseñanzas aprendidas por la inteligencia artificial.

Con Sarah ocupada en la caza de otro Terminator, Derek tiene que hacerse cargo de otro de los objetivos de Skynet, Anne Fields, embarazada y herida de un disparo. Mientras el soldado atiende el parto de Anne con la única ayuda de la hija mayor de ésta, diversos recuerdos del pasado y del futuro vienen a sus mentes revelándose los sucesos que dieron lugar a esta situación, así como la importancia de que este parto llegue a buen término.

Sarah por fin encuentra a una persona que parece tener las respuestas a sus preguntas en relación a los tres puntos, los cuales podrían tener relación con un proyecto secreto en el que se trabaja con coltan, y que alguien se toma muchas molestias para que siga siendo secreto. La insistencia de John por querer saber cómo se ha hecho un moretón, así como un encontronazo con Cameron hacen que Riley se plantee si seguir con su misión o tirar la toalla. Ellison, por su parte, empieza a enseñar a El Turco, quien controla el cuerpo de Cromartie bajo el nombre de John Henry a distinguir el bien del mal.

Tras el incidente en el almacen de coltan Sarah despierta en un hospital en compañía de alguien a quien no esperaba ver; no tarda en escaparse y secuestrar a una cirujana para que le saque la bala de su pierna. John, quien ha llamado a los servicios de urgencias tras el intento de suicidio de Riley se enfrenta a Derek tras cuestionar éste su decisión y plantearle los riesgos que entraña. Ellison empieza a preocuparse por lo rápido que John Henry está aprendiendo, gracias a la ayuda de Internet; la máquina impresiona incluso a Weaver al descubrir su secreto.

Ttras matar accidentalmente una paloma, Cameron intenta reparar los daños de su brazo, aunque esta vez no está muy convencida de si John puede estar seguro a su lado. Derek sigue de cerca al abogado de la compañía en cuya fábrica Sarah fue herida con la intención de tenderle una emboscada. Preocupada por el intento de suicidio de Riley, Sarah contacta con su padre de acogida para descubrir que la chica sabe de ellos más de lo que debería y ha podido ponerles en peligro. Sometida a un acorralamiento y descubriéndose traicionada por Jesse, la amiga de John entabla un combate con ella que traerá consecuencias trágicas.

Después de matar a Riley, Jesse empieza a recordar su última misión a bordo del submarino Jimmy Carter durante la guerra, en la cual era una mujer distinta a la que ha llegado a sacrificar a una aliada. Mientras prepara la mudanza, Sarah se entera de la muerte de la amiga de John, e intenta convencer sin éxito a su hijo de que la única explicación a esto es que Cameron la ha matado. John Henry trae de cabeza a Weaver y Ellison cuando estos empiezan a buscar a Savannah, quien ha desaparecido tras jugar al escondite con la máquina.

Los recuerdos de Jesse revelan el fatídico destino del Jimmy Carter, así como el consecuente cambio en ella de su opinión acerca de las máquinas reprogramadas. Tras reconocer el cadáver de Riley en el depósito, John llega a la conclusión de que no fue Cameron quien la mató y se dispone a hacer una visita a la soldado del futuro, con planes muy distintos a los que Derek, decepcionado con la que fue su novia prepara para ella. John Henry comparte con Weaver sus inquietudes sobre los planes que tiene ella para Ellison.