Lo scienziato kryptoniano Jor-El scopre che il pianeta Krypton è sull'orlo della distruzione. Tuttavia, il supercomputer del pianeta Brainiac nega che questo sia il caso al consiglio del pianeta e lo definisce un criminale, poiché pianifica la fuga dopo aver raccolto tutti i dati di Krypton. Senza scelta, Jor-El e sua moglie Lara preparano a mandare il loro unico figlio, Kal-El, in un mondo lontano, prima dell'inevitabile distruzione di Krypton.

L'astronave di Kal-El si schianta sulla Terra dopo il suo viaggio intersellare, dove viene trovato e adottato da Jonathan e Martha Kent, che lo chiamano Clark. Pochi anni dopo, un adolescente Clark, che vive a Smallville, Kansas, scopre presto di avere dei superpoteri, che usa per salvare la vita della sua ragazza. Lana Lang, e gli presto viene raccontata la verità sulle sue origini dai suoi genitori adottivi.

Pochi anni dopo aver appreso delle sue origini, Clark Kent vive nella città di Metropoli come giornalista per "The Daily Planet" e usa i suoi superpoteri per il bene della comunità. Mentre Clark si avvicina alla sua collega Lois Lane, nei panni di Superman, si ritrova anche ad avere a che fare con terroristi e con John Corben, che semina il caos con una tuta robotica rubata al miliardario Lex Luthor. Nel frattempo, una nave aliena incontra un satellite kryptoniano, ignara del fatto che Brainiac sia nascosto all'interno del suo mainframe.

Il cacciatore di taglie intergalattico Lobo viene ingaggiato da un alieno chiamato "Preserver" per catturare Superman e aggiungerlo alla sua collezione di specie rare in via di estinzione.

Superman e Lobo uniscono le forze per sfuggire al Preserver.

Clark deve confrontarsi con Mxyzptlk, un buffo essere proveniente dalla Quinta Dimensione in grado di fare sostanzialmente ciò che vuole. Dato che Mxyzptlk dà fastidio a Clark importunandolo, gli promette di scomparire per tre mesi (ovvero il periodo in cui le loro dimensioni si avvicineranno nuovamente) nel caso in cui riesca a fargli dire o scrivere il proprio nome al contrario. Clark ci riesce più volte, facendolo così tornare costantemente indietro ogni tre mesi. Stufo, Mxyzptlk decide di cambiare la promessa, dicendogli di scomparire solo dopo aver pronunciato o scritto il proprio nome al contrario per due volte di fila, promettendogli di sparire per sempre nel caso in cui ci riesca. Superman tuttavia riesce nell'intento e Mxyzptlk se ne torna, sconsolato, nella Quinta Dimensione.

Nella città di Gotham City il noto criminale Joker e la sua assistente Harley Quinn rubano il Drago che Ride, una statuetta fatta di kryptonite. Saputo ciò Batman, eroe mascherato di Gotham, decide di andare a Metropolis nei panni del suo alter ego, il miliardario Bruce Wayne, e lì comincia ad avere una relazione amorosa con Lois, facendo ingelosire Clark. Anche il Joker va in tale città, dove si mette d'accordo con Luthor per eliminare Batman e Superman. Intanto i due supereroi hanno modo di confrontarsi l'uno con l'altro, finendo per scoprire ognuno la vera identità dell'altro.

Superman viaggia su Argo, pianeta gemello di Krypton che, dopo la sua distruzione, è uscito dalla sua orbita, entrando in una glaciazione che ha provocato la morte di quasi tutti i suoi abitanti. Un'unica famiglia ha tentato di salvarsi chiudendosi in alcune celle che li ha ibernati. Nonostante siano in realtà quasi tutti morti, Superman scopre che una ragazza è invece sopravvissuta. La suddetta, che si chiama Karen, viene così portata sulla Terra, dove dimostra di avere anche lei dei superpoteri come quelli di Superman, e per un po' di tempo vive a Smallville. Quando Clark torna a Metropolis, lei decide di seguirlo, e lì comincia a indagare, insieme a Jimmy, sui crimini di una misteriosa banda che usa armi incredibilmente potenti. I due scoprono che la comandante del gruppo è la Cara Nonnina, che proviene da Apokolips. I due ragazzi riescono a entrare nel suo covo, ma vengono scoperti, e così Karen rivela di avere dei superpoteri, vestendo i panni della supereroina Supergirl.

Bizzarro vive felicemente nel mondo dove lo ha portato Superman, ma Mxyzptlk va da lui e lo convince che il supereroe lo abbia mandato via dalla Terra per liberarsene. Infuriato, Bizzarro torna sulla Terra e attacca Superman, che però riesce a spiegargli come stanno in realtà le cose. Intanto Mxyzptlk si ritrova al cospetto dei sovrani della Quinta Dimensione che, per punirlo per aver disturbato i terrestri, lo condanna a vivere nella loro dimensione per alcuni mesi senza superpoteri, liberandolo solo se compirà una buona azione nei confronti di una delle sue vittime. Mxyzptlk si ritrova così a dover scontare la sua pena nel mondo di Bizzarro.

Superman and Supergirl team up to save Smallville from an alien menance.

Superman breaks free of Darkseid's control and goes to Apokolips to try to stop Darkseid once and for all.