Als ein kleiner Junge aus der Provinz blutende Wunden an den Händen aufweist – so genannte Stigmata – ist es diesmal die religiöse Scully, die an das Wirken übernatürlicher Kräfte glaubt. Doch alle „Glaubensstreitigkeiten“ zwischen Scully und dem skeptischen Mulder sind vergessen, als der Junge Gefahr läuft, das Opfer eines religiös motivierten Serienmörders zu werden. Die Beschäftigung mit den Wahnideen des Geschäftsmannes ändert auch Scullys Einstellung zu ihrem Glauben…