Le révérend Finley, un homme d'église qui feignait de recevoir les stigmates devant sa paroisse est assassiné. Afin de protéger un jeune étudiant, Kevin Kryder, qui présente les mêmes symptômes, Mulder s'entretient avec son père, interné pour avoir proclamé que le garçon était le fils de Dieu. Celui-ci lui annonce que la mort de son fils pourrait entraîner la fin du monde...