Mulder y Scully conocen a Cassandra Spender, una mujer que dice haber sido abduccida en múltiples ocasiones y quiere entregar un mensaje positivo sobre los alienígenas. Mulder, ahora excéptico sobre la actividad extraterrestre, cree que el Gobierno es el responsable de las abducciones y se sorprende cuando Scully crea un lazo afectivo con la mujer.

Después de encuentrar el lugar de una abducción donde todos han sido incinerados, Cassandra Spender desaparece y Mulder es culpado por su hijo, Jeffrey, que trabaja en el FBI realizando un trabajo opuesto al de Mulder. Mientras, el Sindicato continúa sus pruebas para crear una vacuna para el Cáncer negro y Marita Covarrubias es tomada como sujeto de pruebas.

De nuevo, vuelve a aparecer un vagón con un quirófano dentro, en lo que será un experimento de extratrerrestres con la intención de controlar el universo.

Los miembros del Sindicato Elder 3 piensan que hay que eliminar a Cassandra, pero El Fumador no está dispuesto a aceptarlo. Mientras tanto, Mulder vuelve a sufrir chantaje a costa de su hermana y Scully investiga la vida de Fowley, que puede ser clave en todo el asunto de los híbridos y de los palnes alienígenas por controlar el universo.