Un vaisseau spatial, qui selon les médias est un avion russe, tombe dans l'océan arctique. Une équipe de chercheurs qui travaillait non loin du site vient à l'aide du pilote, mais celui-ci a disparu. Ce chasseur de prime commence à tuer des médecins qui ont en commun de pratiquer l'avortement, en déguisant son crime sous l'incendie de la clinique où ils exercent. L'enquête de Mulder patine lorsqu'il apprend que les corps des victimes ne sont jamais retrouvés...

Mulder est entré en possession d'une disquette codée en Navajo, contenant l'intégralité des dossiers secrets du ministère de la Défense. Mais son père, qui a travaillé pour le ministère et dont le nom apparaît dans les dossiers, apprend qu'il est en possession de cette disquette et lui demande de lui rendre visite. Avant qu'il ne puisse lui avouer la vérité, Alex Krycek le tue d'une balle et s'enfuit...

Après avoir passé la nuit avec une prostituée, Skinner se réveille auprès de son corps sans vie, et devient ainsi le premier suspect du meurtre. Scully suppose qu'il souffre de troubles du sommeil qui ont pu le rendre violent. Mais lorsque Mulder interroge le psychanalyste de Skinner, il apprend que celui-ci est depuis longtemps hanté par un rêve dans lequel il est confronté à une vieille femme. Mulder pense que c'est l'acte d'un succube...

Dans un fast-food, un homme étrange guérit miraculeusement, par imposition des mains, les blessures des victimes. Lorsque la police arrive sur les lieux, il a disparu et aucun ne peut décrire l'incident de façon cohérente. Analysant plan sur plan la vidéo de la fusillade, Mulder et Scully voient l'homme étrange prendre l'apparence d'une autre personne. Mulder décide de le retrouver pour qu'il guérisse sa mère, hospitalisée dans un état critique, à la suite d'une altercation avec l'homme à la cigarette...

Mulder passe son samedi après-midi au bureau, plongé dans la lecture des journaux de l'année 1947. Dans un article consacré au base-ball, Fox apprend que son vieil ami Arthur Dales, le précurseur des affaires classées du FBI, était policier à Roswell. Mulder se présente au domicile d'Arthur Dales. Il tombe nez à nez avec un inconnu qui prétend être le frère de l'ancien agent du FBI...

Mulder souffre toujours de délires chroniques à l'hôpital : il rêve que l'Homme à la Cigarette vient le guérir et lui annonce qu'il est son père. Pendant ce temps, Kritschgau veut obliger Scully à lui accorder un accès total à ses recherches sur le vaisseau spatial extraterrestre...

Lors d'une réunion dans les bureaux du FBI, Mulder, Scully et Skinner discutent d'une affaire : une bombe a explosé dans la crypte de l'église du cardinal O'Fallon, un homme pressenti pour devenir le premier pape américain. Un réalisateur de cinéma assiste à la réunion et prend des notes. Wayne Fetterman, un vieil ami de Skinner, est en effet en train de travailler sur un film traitant du FBI ; il veut juste quelques tuyaux pour son scénario...