Cuando era una adolescente, Nikita fue rescatada del corredor de la muerte por División, una agencia secreta americana que la entrenó para convertirse en espía y asesina. Después de que la corporación la traicionara, Nikita pasó tres años escondida. Ahora busca vengarse de ellos boicoteando las misiones dirigidas por Percy, el jefe de la agencia. Mientras, continúan reclutando y entrenando a nuevos y jóvenes miembros, borrando su pasado y convirtiéndolos en máquinas de matar.

Percy y Michael tienen su última misión, un líder eslavo buscado por crímenes de guerra, bajo custodia de protección. Nikita se entera de su escondite e intenta frustrar sus planes, pero un misterioso grupo de mercenarios en busca de material nuclear le frustra su plan. Alex es activa antes de lo esperado para una misión especial que le pone en el fuego cruzado de las balas. Un flashback revela un momento crucial en la vida de Nikita.

Nikita rescata a Jill, una periodista que está tratando de sacar a la luz una conspiración que involucra a la División y un importante accidente de aviación. Michael y Percy sospechan que Birkhoff es un espía infiltrado de Nikita y envían a Amanda para interrogarlo. Michael recluta para que le ayuden a Alex, Jaden y Thom, para poder localizar a su último objetivo.

Nikita decide enmendar el daño que causó a una mujer y a su hija cuando, años atrás, Percy ordenó que se hiciera pasar por la niñera en casa de un oficial del estado. Después de haber creado lazos afectivos con la familia, la agencia la obligó a colaborar en el asesinato del político. Durante el transcurso de la misión para frenar las intenciones de Nikita de destapar el crimen, Michael comienza a tener dudas acerca de los propósitos de su jefe. Mientras, en las dependencias de la corporación, Alex sufre un ataque de pánico y Amanda utiliza sus métodos poco ortodoxos para ayudarla a superarlo.

Percy decide viajar solo para gestionar por su cuenta una misión fallida. Michael sospecha de las intenciones de su jefe e investiga a sus espaldas. Alex informa a Nikita, que descubre que Percy va en busca de Owen, un miembro de la División que esconde un secreto. Cuando Nikita lo descubre, no dudará en seguirle la pista para advertirle del peligro que corre. El triángulo formado por el jefe, la desertora y el miembro conflictivo revolucionará la agencia secreta. Mientras, Thom sorprende a Alex en el despacho del director.

Nikita mantiene a Owen bajo su cuidado después de salir herido del tiroteo con Percy. Cuando el ex miembro de División se convence de que no es un enemigo, decide compartir con ella información muy valiosa. Mientras, los reclutas viajan en un autobús para realizar una prueba en el exterior. Durante el trayecto, un grupo terrorista secuestra a Alex y a Thom y los extorsiona para conseguir información sobre su agencia secreta. La joven infiltrada teme por su vida y la de su compañero, encerrado en una habitación contigua.

Alex alerta a Nikita sobre la próxima activación de una compañera con poca experiencia. Convencida de que se trata de una misión suicida, Nikita descubre las intenciones de División y acude a la cita para boicotear el trabajo. Allí tendrá que enfrentarse con Michael y sus agentes. En las instalaciones de la agencia, un recluta decepcionado por su futuro en la corporación pierde el control y provoca un código rojo que se cobrará víctimas.

División activa a Thom para su primera misión: matar a la amante de un senador que se había quedado embarazada. El político, que había apoyado económicamente a la agencia en continuas ocasiones, ve complacidos así sus servicios. Sin embargo, Nikita descubre las intenciones de Percy y acude a los padres de la joven para alertar sobre el suceso. La reacción de la familia no será la esperada.

Nikita y Michael forman equipo a espaldas de División para acabar con el terrorista que asesinó a la familia de Michael hace varios años. Cuando Percy se entera, envía un grupo de agentes de la corporación para matar a Nikita y poner en riesgo su misión. Mientras, Alex es descubierta investigando en los archivos del médico de la corporación.

Owen filtra un vídeo extraído de la caja negra de División que demuestra que el Gobierno de EEUU es responsable de un crimen a sangre fría en Chile. Como consecuencia, Percy planea implicar a un joven agente de la CIA en el suceso para que asuma él la responsabilidad. Nikita y Owen viajan a Chile para rescatarle, pero son detenidos por agentes de División liderados por Michael. En las dependencias de la agencia, Alex espía a Percy y descubre un lado de él que desconocía.

Alex le cuenta a Nikita la decisión de División de enviarla a su primera misión sobre el terreno. Su trabajo consiste en matar al líder de un sindicato del crimen, pero ella no se siente preparada. En un intento por evitarlo, Nikita decide intervenir, pero el descubrimiento de sus comunicaciones con uno de los reclutas pone en alerta a Birkhoff, Michael y Percy, que le tenderán una trampa sin escapatoria.

Alex disfruta de la libertad que le da su nuevo apartamento ahora que se ha convertido en un agente de campo. Nikita se alegra por ella, pero le advierte de los peligros que corre si se implica emocionalmente con su vecino, un atractivo estudiante llamado Nathan. La situación se complica cuando Nikita descubre que el chip de rastreo que han implantado a Alex es un dispositivo que podría acabar con su vida de manera inmediata. La única solución para extraerlo es secuestrar a Birkhoff.

Alex participa en una nueva misión cuyo objetivo es acabar con la vida del príncipe de Georgia durante una gala en un museo. Cuando la falsa agente le cuenta a Nikita los pormenores del plan, ambas buscan la manera de evitar el crimen. Sin embargo, la fugitiva confía en la persona equivocada, poniendo en peligro su relación con Alex y la vida del príncipe.

Ryan recibe información sobre una nueva y peligrosa arma que va a entrar en EEUU y pide a Nikita que le ayude a evitar la entrega. Nikita se entera de que el hombre que quiere traer el arma al país es Voss, un hombre de la División que la forzó a tener una relación con él mientras trabajaba de incógnito. Ella, de mala gana, volverá a meterse en la piel de su alter ego para evitar la entrega del misil. Mientras, Michael interfiere en la relación de Alex con Nathan.

Mientras realiza una misión para División, Alex se encuentra con Irina (Ksenia Solo), una mujer de su pasado a quien trata de ayudar a escapar de su captor. Pero su vieja amiga la traiciona y la entrega a Vlad (Mark Ivanir), un gánster ruso con una deuda que saldar. Nikita se entera de que Alex está en problemas e intenta salvarla, pero se cruza con Michael, que está buscando a su agente desaparecida. Nikita sabe que no puede comprometer el secreto de Alex y se da cuenta de que debe encontrar el modo de trabajar con Michael para salvar a Alex sin provocar que División la mate.

Para acelerar su curación, Amanda (Melinda Clarke) seda a Alex después su última misión y aprovecha que está drogada para hacerla preguntas sobre los secretos que cree que Alex guarda. Nikita se da cuenta de que Alex corre peligro y trata de conseguirla una nueva identidad para poder sacarla del país. Sin embargo, el contacto de Nikita la traiciona y se encuentra cara a cara con un enemigo inesperado. Mientras tanto, Michael comienza a sospechar de Alex y pide a Birkhoff que la investigue.

Después de enfrentarse a Nikita en la guarida de ésta, Michael le revela que conoce el nombre del topo: Alex. Después de confirmar que Alex es la infiltrada de Nikita dentro de División, Michael le ofrece un trato: tiene 24 horas para encontrar a Kasim, personaje encarnado por la estrella invitada Haaz Sleiman (Navy: Investigación Criminal; Urgencias; 24), el hombre que mató a su familia, o delatará a Alex ante Percy.

Owen (Devon Sawa) le desvela a Nikita la localización exacta de una de las cajas negras de Percy, así que Nikita viaja a Londres para recuperarla. Sin embargo, nota un comportamiento extraño en su confidente, algo que se confirma cuando, tras discutir por la difusión o no de la información de la caja negra, Owen se pone en su contra. Entre tanto, Percy se entera de que Nikita está en Londres y envía a Michel para acabar con ella de una vez por todas. Por otro lado, Amanda (Melinda Clarke, CSI, The OC) escucha a Jaden discutir con Alex sobre los túneles para escapar, así que se lleva a Alex para someterla al detector de mentiras para averiguar la verdad sobre ella de una vez por todas.

Nikita se da cuenta de que es demasiado peligrosa la situación de Alex dentro de la División, por lo que deciden entre ambas que desaparecerá por un tiempo. Sin embargo, antes de huir tiene que poner en marcha una misión ayudada de Jaden. Ambas tienen que detener al hijo de un Presidente antes de que venda una toxina nerviosa de nuevo desarrollo. Todo lo que llevan a cabo para cumplir su objetivo hará que Alex tenga que elegir entre salvar su propia vida y llevar a buen puerto la misión.

Después de fallar en el primer intento de arrebatarle a Nikita las cajas negras, Percy vuelve a enviar a Michael en su búsqueda y en la del tutor. Nikita llega al pueblo de Pennsylvania primero y conoce a Dana, quien ha abandonado su puesto y ha comenzado a tener una vida normal con su marido y sus hijos. Todo se complica con la llegada de Michael, ya que enviará a hombres de la División para acabar con cualquier sospecha de la existencia de Dana. Por su parte, Alex y Jaden entrarán en una fuerte discusión en la que se verá implicado Nathan.

Cuando Michael se entera que Percy tiene la intención de asesinar a cualquiera capaz de descifrar las cajas negras, envía a Nikita a defender a la última persona de la lista, el criptógrafo de la CIA Malcolm (Rich Sommer). Nikita secuestra a Malcolm y lo lleva ante Ryan (Noah Bean) para que se encargue de su protección.

Percy ejecuta un golpe maestro para hacerse con el control de la CIA, algo que tratará de evitar Alex. Nikita intentará ayudar a su compañera, hasta el punto de que lo que haga puede pagarlo con su propia vida.

Nikita y Michael planean hacer caer División y se preparan para usar el contenido de la caja negra. Amanda dirige ahora la agencia, pero Supervisión ha asignado a su propio agente, Sean para controlarla. La primera misión de Amanda es recuperar la caja negra, tarea para la que contará con Álex. Ésta se niega hasta que Amanda le promete ayuda para encontrar al hombre que mató a su padre. Mientras, Nikita y Michael contarán con la ayuda de un aliado inesperado.

Mientras investigan P9, un viejo programa de División que parece haber resurgido, Nikita y Michael contactan con Owen. Él les cuenta que está buscando al doctor Joseph Mars, que no es sólo la mente detrás de P9, sino también el inventor de Regimen. Michael se muestra reacio a confiar en Owen, pero Nikita insiste en la necesidad de trabajar con él. Mientras, Percy pide una reunión con Álex.

Birkhoff le cuenta a Nikita y Michael que en la caja negra hay un archivo sobre un terrorista internacional, Ramón, responsable de varios asesinatos políticos y ahora trabaja para División. Nikita capturó a Ramón hace años. Amanda convence a Álex para que mate a Antón Kichenko, un hombre que solía trabajar para el padre de Alex, aunque pretende que Ramón se lleve el mérito por ese asesinato. Cuando Nikita estropea el plan de Amanda, ésta decide arrebatarle lo que más quiere.

Nikita se entera de que un viejo compañero de División, Kelly, ha escapado de una prisión turca. Nikita estaba convencida de la muerte de Kelly y se sentía responsable, puesto que había ocurrido durante la misión en la que Nikita escapó de la agencia. Temiendo que Kelly se convierta en objetivo de Amanda, Nikita convence a Michael para viajar a Turquía y ayudarla. Amanda envía a Álex y Ryan a Europa para evitar el reencuentro entre las dos excompañeras.

Michael descubre que Cassandra, una mujer con la que mantuvo un romance durante una misión de División, está en peligro. El sentimiento de culpa por cómo terminaron las cosas entre ellos lo empuja a ayudarla, pero Nikita sospecha que hay algo más. Amanda manipula a Álex para que la ayude, pero Sean descubre una mentira y comienza a sospechar de los verdaderos objetivos de División.

Mientras busca información en la caja negra, Birkhoff se encuentra con la partida de nacimiento de Nikita. Michael y Nikita localizarán a su padre biológico, pero la reunión con él no será lo que la joven esperaba. Mientras, Percy le cuenta a Álex que la caja negra contiene información que podría ayudarla a vengar la muerte de su padre.

Durante su estancia en prisión Ryan descubre patrones de la financiación de Supervisión. Ryan concierta una reunión con Nikita, pero Amanda intercepta la comunicación entre ellos y alerta a Supervisión, que envía su propio equipo para interrogar a Ryan. Nikita y Michael tratarán de sacar a Noah de prisión antes de que Supervisión llegue a él.

Michael se preocupa cuando se entera de que Cassandra está en problemas, y trata de ayudarla. Descubre que el general Tupelov la ha acusado de robar dos millones de dólares y la amenaza con matarla a menos que los devuelva. Nikita comienza a sospechar que la historia de Cassandra no se sostiene. Mientras, Álex recibe una oferta muy tentadora de Percy, que podría darle los recursos necesarios para eliminar a Sergei Semak.

Nikita roba fondos de Supervisión, forzándolos a concertar una reunión de emergencia. Nikita y Birkhoff planean el modo de identificar a los miembros de Supervisión, pero las cosas se ponen feas cuando Sean captura a Birkhoff. Amanda quiere averiguar dónde se esconde Nikita y cuando Birkhoff se niega a revelarlo, es torturado. Mientras, Álex idea un plan para reclamar el imperio de su padre. Con un precio sobre su cabeza, Alex se da cuenta de que el modo más fácil de entrar en Rusia sin llamar la atención es el mismo que utilizó para salir, a través de una red de tráfico de mujeres.

Con Michael fuera de la ciudad, Nikita le pide a Owen que le ayude a localizar otra caja negra. Lamentablemente, pronto descubrirá que Owen trabaja para alguien que puede tumbar la operación de Nikita. Amanda se da cuenta de que Álex recibe información sobre Semak, una información que sólo puede venir de Percy. Ya en Rusia, Álex se encuentra finalmente con Semak.

Álex se dirige a su casa natal, dispuesta a enfrentar los fantasmas de su pasado. En una misión distinta, Nikita llega también a la casa para robar la caja negra de Semak. Nikita y Álex se encuentran y deciden unir fuerzas. Mientras, Michael y Owen trabajan juntos para averiguar el plan secreto de Percy con los guardianes.

En un intento desesperado por proteger a su madre, Sean ataca a Nikita y Michael. Mientras Percy consigue una importante ventaja sobre Amanda y la amenaza con hacer caer División a menos que lo libere.

Percy localiza a los miembros de Supervisión y ordena a sus guardianes que los maten, a menos que Amanda acepte sus demandas. Además, amenaza con introducir un gas mortal en División que mataría a todo el mundo. Nikita debe decidir si salva a los miembros de la agencia a la que quiere destruir. Mientras, Sean pide la ayuda de Nikita, Michael y Álex para salvar a su madre de los guardianes de Percy.

El plan de Percy de abatir División continúa y pone en el punto de mira a la mentora de Nikita, Carla, la mujer que la sacó de las calles. Determinada a llegar a Carla antes que Percy, Nikita usa a Madeline para enviarle un mensaje, aunque éste lo intercepta. Mientras, Amanda le dice a Álex que es la hora de acabar con Zetrov y revelar al mundo que Alexandra Udinov está viva.

Mientras tratan de ayudar a Carla a recordar su pasado, Nikita y Michael descubren que en él está la clave para acabar con División. Carla recuerda la noche en la que Nikita fue arrestada. Mientras, Álex se descubre en una rueda de prensa de Zetrov donde Semak está hablando, y anuncia que ella es Alexandra Udinov.

Una enorme amenaza se cierne sobre División, que ve cómo sus agentes son asesinados uno por uno. Amanda se da cuenta de que Percy está detrás de los ataques y que trata de minar su autoridad entre los agentes. Es entonces cuando llama a Nikita y le ofrece un trato: parar a Percy a cambio de entregarle a Ryan.

El ex agente está furioso cuando descubre un secreto que Cassandra le ha ocultado, por lo que vuela junto a Nikita a Moscú para confrontar su información con ella. Mientras, Álex hace un último esfuerzo para encontrar a su madre enviando un mensaje en una entrevista televisiva.

Amanda y Ari conciertan una reunión con Zetrov y se preparan para arrebatarle la compañía. Después de un cara a cara entre Amanda y Nikita, esta última recuerda cómo era Amanda cuando llegó a División.

Cuando trabajaba para División, Nikita espió a un hombre llamado Nicholas Brand y se infiltró en su círculo íntimo. Lo capturó y ha estado entre rejas desde entonces. Ahora Percy lo ha reclutado y su primera misión será capturar a Nikita y vengarse. Cuando la apresa, será torturada y obligada a enfrentarse a una parte de sí misma que había enterrado en lo más hondo de su ser. Mientras, Percy sigue con sus juegos y manipulaciones con Michael, Alex y Sean.

Nikita convence a un reacio Birkhoff a usar 20 millones de dólares de su fortuna para tender una trampa a Percy, pero éste termina robándole todos los ahorros de su vida. Tratando de recuperar lo perdido, Birkhoff cae en una trampa del FBI, por lo que termina siendo arrestado. División se entera del arresto y Percy envía un equipo, pero Nikita tiene otros planes. Michael y Sean localizan el dinero robado de Birkhoff.

Cuando parece que el plan con armas nucleares de Percy se ha salido de madre, Ryan sugiere que es el momento de involucrar a la directora de la CIA, Morgan Kendrick. Nikita se opone firmemente, pero Michael se alinea del lado de Ryan. La tensión aumenta cuando Nikita descubre que hay una conexión entre Kendrick y Percy. Mientras, los hombres de Percy disparan a Sean.

Percy llama al presidente de los Estados Unidos y lo amenaza con una explosión nuclear a menos que ceda a sus demandas. Birkhoff encuentra a dos científicos que podrían detener el satélite nuclear. Alex y Sean son capturados y encerrados en las instalaciones que Percy planea volar a modo de demostración de fuerza. Nikita comprende que el único modo de parar a Percy es entrando en División.

Nikita y Michael invaden División en un intento de capturar a Percy. Alex y Sean siguen atrapados en plena línea de fuego en la batalla entre la Armada. Ryan ha de convencer al presidente de EEUU de que no destruya División hasta que Nikita y Michael salgan del edificio, pero el presidente no está por la labor de escuchar. Mientras, Birkhoff pide ayuda a Sonya, y Nikita se enfrenta a Percy en su oficina.