Adolescente à problèmes, Nikita a été sauvée de la mort par une organisation secrète connue sous le nom de la Division. L'agence a simulé l'exécution de la jeune fille et lui a donné une seconde chance de débuter une nouvelle vie en servant son pays. Ce qu’ils ne lui avaient pas dit c’est qu’elle allait être entraînée pour devenir une machine à tuer. Cependant, en dépit de son entraînement à la Division, Nikita n’a jamais perdu son humanité, tombant même amoureuse d’un civil. Et quand son fiancé est assassiné, Nikita réalise qu’elle a été trahie et qu’elle ne peut faire confiance à personne. Elle prend alors la fuite. Trois ans plus tard, toujours en cavale, la jeune femme est toujours déterminée à détruire ses anciens employeurs. Pendant ce temps, la Division continue d’entraîner de jeunes recrues, effaçant toute trace de leur ancienne vie pour les transformer en tueurs froids et efficaces. Michael, ancien formateur de Nikita, est désormais chargé de Thom, Jaden et Alex. Celle-ci, hantée par un violent passé, a connu un parcours très similaire à celui de Nikita...

Le criminel de guerre Mirko Dadich est libéré de prison pour vice de procédure et pris en charge par Percy et Michael, qui lui demandent en échange de révéler le lieu où il a caché 25 kilos d’uranium. Mirko ayant réclamé une «fille», Percy lui envoie Alex. Avertie de l'endroit où se trouvent Mirko et Alex, Nikita se poste sur le toit d'en face avec un puissant fusil. Entendant que Mirko maltraite Alex, Michael intervient. Mais un commando fait irruption dans la pièce et enlève Mirko. Nikita sauve Michael en tuant un de ses agresseurs.

Jill Morelli, journaliste, possède un article sur un accident d'avion organisé par la Division afin de camoufler un trafic. Très vite, des agents de la Division la prennent en chasse, exécutant son patron. Nikita intervient in extremis avant que Jill ne soit tuée à son tour. Ensemble elles vont oeuvrer pour faire publier cet article. Elle doivent récupérer la vidéo de l'accident auprès de la source de Jill : Benjamin Prentice. Mais Michael et une équipe d'agents les capturent. Nikita et Jill s'en sortent grâce à l'intervention d'Alex qui parvient à prévenir la police. Pendant ce temps, Michael et Percy découvrent que Birkhoff est le traître qui transmet à Nikita des informations sur les missions en cours. Un traceur, mis en place par Nikita, est retrouvé dans une de ses dents...

Nikita tente de réparer le mal commis lors de sa première mission pour la Division. Elle avait été embauchée comme baby-sitter pour infiltrer la famille de Victor et Lisa Han, un haut responsable de la Sécurité intérieure. Nikita est persuadée qu'à l'époque, elle a causé la mort de Victor...

Ancien agent de la Division, Owen Elliot s'échappe après le vol d'informations sur les crimes commis par l'organisation, enregistrées sur un disque dur caché dans une banque. Percy veut absolument récupérer les documents. Ce vol est une aubaine pour Nikita, elle cherche donc à retrouver Owen, par l'intermédiaire de sa petite amie, Emily. Quand celle-ci est abattue sous ses yeux, Owen n'a plus qu'un idée en tête, se venger. Pendant ce temps, Alex entre dans le bureau de Percy pour transmettre des informations à Nikita, mais elle est repérée par Thom et doit se montrer convaincante. Nikita retrouve Owen, qui cherche à éliminer Percy...

Un bus rempli de recrues de la Division est l'objet d'une attaque terroriste. Alex et Thom se font enlever. Ils ignorent que cette attaque est en fait un test organisé par la Division. Alex est torturé, sous les yeux de Michael, Percy et Amanda, mais il parvient finalement à s'évader. Il va demander de l'aide à Nikita. Par ailleurs, Nikita a gagné la confiance d'Owen, qu'elle retient prisonnier chez elle et dont elle soigne les blessures. Il lui révèle l'emplacement de la boîte noire et lui donne des informations sur la mort de son fiancé. De son côté, Percy accuse Michael de manquer de loyauté...

Alex informe Nikita que Sara, une recrue de la Division, a été activée pour effectuer une mission suicide. Nikita intercepte donc la tueuse et tente de la sauver. Mais celle-ci se montre récalcitrante, pensant que Nikita est l'ennemi. Même après s'être rendue à l'évidence, elle ne veut pas lui faire confiance. Elle refuse de quitter le pays. Sara a un secret, dont même la Division n'a pas été informée : elle a eu par le passé un fils, qui a été confié à une famille d'adoption. A présent, elle veut le revoir. Michael retrouve Nikita et Sara et des tirs sont échangés. Pendant ce temps, Robbie attaque la Division...

Nikita ne peut empêcher le meurtre d'Anna Harcourt, jeune stagiaire au Département d'Etat, exécutée par la Division. En enquêtant sur la vie d'Anna, Nikita découvre que la jeune femme avait une liaison avec le sénateur Kerrigan et qu'elle attendait un enfant du politicien. C'est pour sortir le sénateur de cette situation compromettante que la Division a éliminé Anna. Thom a été chargé de cette exécution. Ses commmanditaires lui ont promis qu'il ne serait jamais inquiété..

Nikita et Michael font temporairement équipe dans le but de tuer un terroriste qui a assassiné la famille de Michael il y a plusieurs années. Percy apprend cette alliance et envoie des agents capturer Nikita, ce qui conduit à l'enlèvement de Michael par le groupe terroriste. Nikita vient à son secours, mais Kasim Tariq, le meurtrier de la famille de Michael, est en route pour l'aéroport. Michael fausse compagnie à Nikita pour assouvir sa vengeance, mais celle-ci l'en empêche, pour ne pas qu'il se mette en danger de mort. De son côté, Alex est surprise en train de fouiller dans l'ordinateur de l'infirmerie...

Owen réapparaît. Il s'est lancé dans une mission contre la Division et a besoin de Nikita pour en venir à bout. En parallèle, au Chili, un ancien candidat à l'élection présidentielle est assassiné par des agents de la Division. Une vidéo du meurtre circule, le monde est en ébullition et la CIA sur les dents. Un agent de l'agence gouvernementale, sur la piste de la Division, retourne au Chili pour enquêter. Il est arrêté, au même titre que Nikita et Owen, partis à sa recherche pour tenter de le sortir des griffes de la Division et des rebelles chiliens...

Alex est mise à l'épreuve. On lui confie une mission qui pourrait changer son statut au sein de la Division : tuer le leader d'une organisation criminelle. Nikita met tout en oeuvre pour saboter cette opération afin d'éviter qu'Alex n'ait à commettre un meurtre. Jaden confie à Thom ses doutes sur la loyauté d'Alex et lui remet une preuve. Malgré tous ses efforts, Nikita ne parvient pas à faire échouer la mission. La cible est finalement abattue, mais par Thom. Nikita se laisse capturer pour sauver Alex. Celle-ci oeuvre pour l'aider à s'évader, mais elle est rapidement appréhendée par Thom, pendant qu'Amanda mène interroge Nikita...

Alex devient agent et quitte l'antre de la Division. Michael la conduit dans son nouvel appartement. La jeune fille rencontre son voisin, Nathan. Elle retrouve également Nikita, qui découvre que la Division a implanté à Alex une puce capable de la localiser et de la neutraliser...

Alex est cette fois engagée dans une mission collective. Elle doit, avec d'autres agents de la Division, s'introduire dans un musée dans le but d'assassiner le prince de Géorgie. Nikita et Alex échafaudent un plan pour lui sauver la vie, mais l'opération tourne mal quand elles découvrent que c'est la fiancée du prince qui a commandité le meurtre. Nikita et les agents de la Division se retrouvent coincés dans le musée. Michael et son équipe se font alors passer pour des agents du FBI afin de capturer Nikita. L'extraction est réussie, mais la mission est un échec pour l'agence...

Conahan, un agent de la CIA, a été assassiné à Berlin par un tireur inconnu, au moment où il s'apprêtait à rencontrer un de ses contacts, un certain Jurgen. Ryan Fletcher contacte Nikita à l'aide d'un code secret, un coeur dessiné à des endroits stratégiques. Il lui révèle que le meurtre de son agent est sans doute lié à une arme redoutable que des terroristes veulent faire entrer sur le territoire américain. Il lui demande de l'aider à neutraliser les terroristes. Bientôt, Nikita découvre que l'acheteur de l'arme n'est autre que Voss, avec qui elle avait travaillé lorsqu'elle était membre de la Division...

Alors qu'elle est en mission pour la Division, Alex est reconnue par Irina, une jeune femme qu'elle a connue dans le passé. Celle-ci est aux mains de Vlad et Alex veut l'aider à se libérer, comme elle-même l'a fait quelques années plus tôt. Mais Irina la trahit et Vlad la capture à nouveau. Nikita réalise très vite que son amie est en danger et elle s'expose pour tenter de la sauver. Elle se heurte à Michael, qui lui aussi recherche Alex. Nikita cherche un moyen de s'allier à lui pour retrouver l'agent disparu, sans avoir à compromettre sa couverture. Pendant ce temps, Vlad interroge Alex et essaie de lui faire avouer qu'elle est la fille d'un homme d'affaires assassiné...

Après sa mésaventure avec Vlad, Alex est ramenée à la Division par Michael. Amanda, qui tient à percer les secrets d'Alex, en profite pour la plonger dans un état de rêve éveillé, espérant la faire ainsi parler...

Michael trouve Nikita dans son repaire et lui annonce qu'il sait qu'Alex est la taupe. Il l'oblige alors à travailler pour lui avant qu'il ne dénonce Alex à Percy. Michael lui laisse 24 heures pour retrouver Kasim, l'homme qui a tué sa famille, afin qu'il puisse se venger. Forcée de répondre à cet ultimatum, Nikita se tourne vers Gogol pour accomplir cette mission. Elle contacte Ari, le dirigeant de Gogol. Ils mettent au point un dangereux accord pour que Nikita parvienne à mettre la main sur Kasim. Pendant ce temps, Alex tente de s'éloigner de Nathan mais elle prend conscience qu'elle ne peut s'y résoudre...

Owen se rend chez Nikita et la trouve avec Michael. Passé son étonnement, il demande de l'aide à Nikita. Après quelques explications, cette dernière accepte de l'accompagner à Londres pour récupérer une boîte noire. Comme Owen a un comportement étrange, Nikita demande à Michael de garder un oeil sur lui...

Nikita estime qu'il est devenu trop dangereux pour Alex de rester au sein de la Division, surtout après les informations que Michael lui a fournies. Alex accepte volontiers de se retirer. Mais elle est envoyée en mission à l'étranger avec Jaden avant de pouvoir s'enfuir, chargée d'empêcher la vente d'une toxine à un groupe terroriste. Nikita propose de simuler sa mort au cours de l'opération, ce qui lui permettra de disparaître sans éveiller de soupçons. Hélas, les choses tournent mal : Jaden est démasquée et prise en otage. Alex doit choisir entre recouvrer sa liberté ou sauver sa partenaire...

Percy enrage quand il apprend que Nikita a déjà détruit deux de ses boîtes noires. Il charge Michael de surveiller un de ces relais et la personne qui en est responsable. Nikita découvre qu'il s'agit d'une femme, prénommée Dana...

Michael apprend que Percy a ordonné l'élimination de quiconque pourrait décrypter les boîtes noires. Il envoie Nikita sauver la dernière personne de la liste, un cryptographe de la CIA nommé Malcolm. Nikita l'enlève et le conduit à Ryan pour le protéger. Pendant ce temps, Percy se penche sur le cas d'Alex, identifiée comme étant la taupe et retenue par la Division. Percy va lui apprendre que Nikita est la personne qui a tué son père, semant ainsi le doute dans l'esprit d'Alex. Michael est découvert, et fait prisonnier. Nikita craint maintenant pour sa vie : si Alex décidait de se venger, nul doute que son projet pourrait être facilement mis à exécution...

Le dernier acte du plan machiavélique de Percy démarre. Son but: prendre le contrôle de la CIA en éliminant son directeur. Et Nikita va l'aider malgré elle dans sa tâche. Emprisonné et torturé au sein de la même de la Division, Michael ne peut lui venir en aide. Il faudrait un miracle pour qu'il sorte vivant de ce piège. Et ce miracle a un nom: Birkhoff...

L'agent rebelle Nikita a réussi à convaincre Michael, son ancien supérieur, de la rejoindre dans la lutte contre la Division, l'agence dont elle s'est échappée. Tous deux sont à présent en possession d'une des boîtes noires de Percy, qui contient des informations sur d'anciennes missions de la Division. Amanda, qui est désormais à la tête de la Division, est prête à tout pour mettre la main sur la boîte noire. Pour y parvenir, elle fait appel à Alex et à Sean, un nouvel agent. Celui-ci est aussi chargé de garder un oeil sur Alex car, si la jeune fille ne travaille plus main dans la main avec Nikita, son seul but est de retrouver l'homme qui a fait assassiner sa famille...

Nikita et Michael entreprennent de nouvelles investigations au sujet de la Division. En effet, un ancien programme dénommé «P9» refait parler de lui. Durant leur enquête, ils découvrent qu'Owen s'intéresse quant à lui au docteur Joseph Mars. Or, il s'agit du scientifique qui a conçu le programme «P9». Michael ne cache pas qu'il a du mal à faire confiance à Owen, qui ne s'est pas toujours montré sincère par le passé. Nikita décide que tous trois doivent unir leurs forces...

Nikita ne contient que très difficilement sa colère lorsque Seymour Birkhoff lui annonce que la boîte noire a livré de nombreuses informations menant directement à un certain Ramon. Or, elle pensait avoir mis ce sinistre individu hors d'état de nuire, il y a quelques années déjà. Il s'avère qu'il travaille désormais comme assassin pour le compte de la Division. Parallèlement, Amanda convainc Alex de tuer Anton Kochenko, un homme qui fut proche de son défunt père. Apprenant cette nouvelle manoeuvre d'Amanda, Nikita intervient...

Nikita apprend avec stupéfaction que Kelly, son ancienne partenaire au sein de la division, est toujours vivante. En effet, la jeune femme a réussi à s'évader de la prison turque où elle était maintenue au secret depuis des années. Nikita pensait que Kelly, avec qui elle avait participé à la mission «Broken Eagle», était morte et elle s'était toujours sentie coupable de son décès. Comprenant qu'Amanda va immédiatement traquer Kelly, Nikita demande à Michael de l'accompagner en Turquie pour venir en aide à la jeune femme. Effectivement, Amanda envoie Alex et Roan en Europe afin d'empêcher toute prise de contact entre Nikita et Kelly...

Michael décide de venir en aide à une jeune femme dont il a été jadis follement amoureux, la belle Cassandra. Sans le savoir, elle court un grave péril. Nikita se demande quelles sont les intentions de Michael. Parallèlement, Amanda continue de manipuler Alex. Observateur, Sean commence à deviner ce qui motive secrètement la responsable de la Division...

Seymour Birkhoff continue de s'intéresser au contenu de la boîte noire. Il parvient à en extraire le certificat de naissance de Nikita. Avec l'aide de Michael, le père de la jeune femme est rapidement identifié, puis localisé. Une rencontre est organisée mais rien ne se passe comme Nikita l'avait souhaité. Pendant ce temps, Alex comprend - grâce à Percy - que la consultation de la boîte noire détenue par Nikita pourrait lui en apprendre davantage sur le décès de son père et lui fournir des informations qui l'aideraient à élaborer un plan de vengeance...

Sous les verrous, Ryan essaie de conserver sa capacité d'action. Il parvient à envoyer un message codé à Nikita ; il propose de lui livrer de nombreuses informations sur les méthodes de financement d'Oversight. Nikita se montre intéressée mais Amanda intercepte leurs échanges. Il se passe peu de temps avant qu'Oversight envoie un de ses agents pour questionner Ryan. Pendant ce temps, Alex est confrontée aux heures les plus sombres de son passé...

Michael apprend que Cassandra est en difficulté et se précipite pour l'aider. Il découvre que le général Tupelov l'accuse d'avoir volé deux millions de dollars, et menace de la tuer si elle ne rend pas cet argent. Mais pour Nikita, l'histoire de Cassandra n'est pas plausible et elle cherche à savoir ce que celle-ci lui cache. Pendant ce temps, Alex reçoit une offre très tentante de Percy, qui pourrait lui donner les ressources nécessaires à l'élimination de Semak. Elle finit par accepter cette proposition. Sean la repère, mais la laisse faire, dans l'espoir de la séduire pour pouvoir s'approcher de Nikita...

Peu de temps s'est écoulé depuis que Nikita a commencé à dérober les fonds accumulés par les dirigeants d'Oversight. Pourtant, l'organisation secrète a rapidement compris qui se cachait derrière ce vol. Une réunion est prévue dans le plus grand secret pour organiser la riposte. Birkhoff aide Nikita à espionner la rencontre. Implacable, Amanda exige qu'il lui révèle où se cache la jeune femme. De son côté, Alex veut à tout prix récupérer les biens de son père. Elle tente alors de pénétrer clandestinement en Russie...

Déterminée à rassembler un maximum d'information, contre Oversight et la Division, Nikita échafaude un nouveau plan afin de faire main basse sur une autre boîte noire. Mais il lui faut impérativement l'aide d'Owen. Or, elle découvre qu'il mène un double jeu. De son côté, Alex parvient à entrer sur le territoire russe. Mais comment Semak va-t-il réagir à sa venue ? C'est alors qu'Amanda apprend l'identité de celui qui lui a donné les informations nécessaires à sa quête de vérité....

La vengeance d'Alex pour détruire Semak arrive à son terme lorsqu'elle s'infiltre dans sa maison d'enfance et se retrouve face aux fantômes de son passé.

De son côté, Nikita se retrouve elle aussi dans cette demeure mais pour voler la Boîte Noire qui est entre les mains de Gogol. Nikita et Alex se rencontrent et décident de s'rentraider, mais se retrouvent prises au piège devant un problème imprévu.

Pendant ce temps, Michael et Owen unissent leurs forces pour découvrir le plan secret de Percy impliquant les Gardiens...

Sean ne pense qu'à une chose : assurer la protection de sa mère. Avec l'énergie du désespoir, il attaque frontalement Michael et Nikita. Pendant ce temps, Percy parvient à prouver à Amanda qu'elle n'est pas la seule à pouvoir jouer d'un certain pouvoir, au sein de la division. Inflexible, il n'hésite pas à la menacer. Alex a élu domicile dans la planque de Nikita, Birkhoff et Michael, après l'échec de sa mission en Russie. Son moral est au plus bas, elle ne sait plus où elle en est. Birkhoff recouvre doucement la santé après avoir été torturé par Amanda...

Sean est catastrophé : sa mère est l'une des otages retenus par Percy. Celui-ci menace de les tuer tous à l'aide d'un gaz toxique si Amanda ne donne pas satisfaction à ses exigences. Sean se tourne alors vers Nikita afin qu'elle stoppe le projet dément de Percy...

Percy ne renonce pas à ses sinistres projets de vengeance. Il veut reprendre le contrôle de la Division et n'hésite pas maintenant à menacer Carla, qui a repéré Nikita quand elle vivait encore dans la rue et se droguait. Nikita intervient immédiatement, refusant de laisser son ex-mentor à la merci de Percy. Grâce à Madeline Pierce, elle tente de prévenir Carla. Malheureusement, Percy intercepte le message qu'elle lui adresse. Une course contre la montre s'engage pour Nikita, qui doit absolument trouver Carla avant son ennemi. Pendant ce temps, Amanda explique à Alex pourquoi il est désormais possible de révéler sa véritable identité...

Carla apprend à Michael, Birkhoff et Nikita comment la Division est née. L'organisation fut créée, à son origine, pour offrir une seconde chance à des personnes condamnées par la justice. L'objectif était de les sauver et de les entraîner pour qu'ils deviennent des soldats au service de leur pays : des héros. En somme, leur offrir une nouvelle vie. Quant à Alex, elle fait son grand retour, ce qui va d'ailleurs lui attirer des ennuis puisque Semak la veut morte et demande à Ari de s'en charger...

Une fois encore, plusieurs agents sont assassinés, l'un après l'autre. La Division tente d'identifier les auteurs de ces meurtres. Amanda découvre que Percy est impliqué. Elle constate aussi qu'il a sapé son autorité auprès de son équipe et comprend qu'il est prêt à tout pour empêcher l'alliance qui se trame entre Gorgol et la division. Acculée, elle fait une offre à Nikita : si celle-ci réussit à neutraliser Percy, la patronne de la Division se dit prête à lui livrer Ryan Fletcher. Pour Nikita, c'est une offre difficile à refuser. Par ailleurs, Sean devient le garde du corps d'Alex pendant son séjour en Russie...

Les révélations concernant le double jeu de Cassandra rendent Michael furieux. Avec Nikita, il part à sa poursuite, pour connaître les détails de l'affaire. Il s'avère que Cassandra a été approchée par Gogol bien des années auparavant dans le but d'infiltrer les services secrets britanniques, le MI-6. Ari la recontacte pour une dernière mission que celle-ci accepte. Une mission simple de surveillance qui aurait très vite tourné au massacre sans l'aide de Michael et Nikita...

Malgré leur bonne volonté, une nouvelle confrontation oppose Nikita et Amanda. Les deux jeunes femmes n'ont guère envie de voir leur dialogue tourner court. C'est alors que Nikita tente de rappeler à Amanda dans quel piteux état elle était lorsqu'elle a été conduite au sein de la Division. Ces souvenirs plein d'émotion suffiront-ils à ramener Amanda à la raison ? Avec l'aide d'Ari, elle tente d'approcher Zetrov. Par ailleurs, grâce à la Division, elle s'empare d'une nouvelle technologie qui pourrait révolutionner l'énergie verte. Parallèlement, Alex observe de près les agissements d'Ari Tasarov...

Nikita a effectué des missions extrêmement dangereuses à ses débuts au sein de la division. Malgré elle, elle est amenée à se souvenir d'une infiltration à haut risque qu'elle avait menée. Il s'agissait d'approcher un dénommé Nicholas Brandt et de le capturer afin de mettre fin à ses activités criminelles. A la suite de cette mission, Brandt a effectivement été condamné à croupir derrière les barreaux. Or, il s'est récemment évadé de prison et il n'a qu'une chose en tête : se venger de Nikita. Il parvient à la capturer et s'adonne à maints supplices sadiques à son encontre...

Nikita et Birkhoff essaient de conduire la Division mais Percy parvient à s'emparer de sommes importantes avant qu'ils n'aient eu le temps d'agir. Birkhoff est arrêté alors qu'il essaie de recouvrer l'argent. Nikita entreprend alors de le faire évader. De leur côté, Alex et Michael tentent de récupérer l'argent dont Percy s'est emparé....

L'équipe de la division One est dans l'impasse. Après les récents revers, Percy voit son plan concernant les armes nucléaires échapper à tout contrôle. Ryan propose alors de faire appel à Morgan Kendrick, le directeur de la CIA. Homme de confiance, il pourra agir en gardant le secret de ses sources. Michael se montre séduit par cette idée, souhaitant que l'enquête puisse se poursuivre efficacement. Nikita, quant à elle, refuse catégoriquement de confier cette affaire à la CIA. Elle est persuadée qu'il ne faut faire confiance à personne. La tension monte d'un cran lorsqu'il est établi que Kendrick a un lien avec Percy...

Dans un nouvel accès de folie, Percy parvient à contacter le président des Etats-Unis. Au téléphone, il le menace de faire parler le feu des ogives nucléaires en sa possession. Nikita et son équipe parviennent à déterminer quel système de déclenchement par satellite Percy utilise. Seuls deux scientifiques au monde peuvent neutraliser ce détonateur de haute technologie. Alex et Sean partent à la recherche de l'un d'eux. Sans le savoir, ils se trouvent à l'endroit exact de l'explosion...

Nikita et Michael ont réussi à infiltrer la Division. Retranché et lourdement armé, Percy n'est plus qu'à quelques mètres... Mais le Président aura-t-il la patience d'attendre ? Ryan Fletcher tente tout pour le dissuader de lancer une attaque de grande ampleur qui assurerait la mort de Percy mais sans doute aussi celle de Nikita !

Après le démantèlement de la Division version Percy et sa reprise en main par Ryan Fletcher, l'heure est venue pour Nikita, Michael et Birkhoff de repartir en mission. Si le programme est encore officiellement classé "Top Secret", les règles ont changé et l'objectif également. L'époque de la manipulation est terminée, il est temps désormais de réparer les erreurs commises dans le passé et de stopper 30 ex-agents en fuite. Pour Nikita et Michael, direction Hong Kong : Martin, un ex-Division, est employé par les services secrets chinois pour assassiner des membres de la CIA...

Wade, un ex-agent de la Division en fuite, a volé une importante quantité d'un explosif particulièrement instable. Tout porte à croire qu'il prépare un attentat dans les 48 heures. Une course contre la montre est donc engagée. Nikita et Michael réussissent à retrouver sa trace et débusquent sa cachette. Ils y découvrent Liza, une jeune fille kidnappée il y a plus de deux ans. Traumatisée, cette dernière n'a aucun souvenir de sa vie d'avant. Plus troublant encore est le lien qu'elle semble partager avec Wade...

Un agent infiltré dans une cellule terroriste sur le sol américain a été arrêté. Ryan en informe Nikita, qui est troublée par la nouvelle: ce type de mission ne devait plus avoir cours au sein de la "nouvelle" Division. Une mission d'exfiltration est organisée mais elle tourne court : Mia, l'agent sous couverture, se retourne contre Nikita et, avant de s'enfuir, blesse gravement Alex...

Emprisonné dans un pénitencier russe, Owen est exfiltré de force par un agent envoyé par Amanda puis séquestré. Ayant finalement réussi à s'enfuir, il choisit de refaire surface en braquant une banque, espérant attirer l'attention de Nikita. Quelques heures plus tard, l'ex-agent est de retour entre les murs d'une Division qui a officiellement changé. Ryan choisit de le faire interroger par Alex pour sonder ses motivations et déterminer s'il constitue un danger...

Markov, un ex-agent de la Division sous la période Percy, est élu Président de l'Ouzbékistan. Une situation géopolitique insoutenable car complètement instable, et dont la Présidente des Etats-Unis n'a pas connaissance. Or cette dernière impose un ultimatum à Ryan: après quelques ratés extrêmement fâcheux, la Division n'a plus le droit à l'erreur sous peine d'éradication. Nikita et Michael doivent donc organiser une opération secrète visant à remplacer discrètement Markov avant qu'il ne soit trop tard... Alex et Owen échappent de peu à explosion dans le bloc médical. Un nouvel incident qui serait une preuve supplémentaire de l'existence d'une taupe au sein de la Division...

Nikita et Michael capturent un trafiquant d'armes, Cyrus, qui allait acheter une arme permettant la géolocalisation pour Ari. Nikita convainc Ryan d'utiliser Cyrus comme appât afin de capturer Amanda mais ce dernier parvient à esquiver le piège. Quand Amanda perd l'aide de Cyrus, elle réalise que son dernier espoir est... Nikita ! Birkhoff est sur le point de découvrir l'identité de la taupe d'Amanda...

Birkhoff découvre l'identité de la taupe d'Amanda et dévoile son nom à Nikita. La taupe n'est autre que... Sonya ! Amanda a également une autre taupe au sein de la Division, chargée de surveiller Sonya. Nikita, Michael et Ryan utilisent alors Sonya afin de trouver l'endroit où se cache Amanda. Quant à Birkhoff, il tend un piège à la deuxième taupe. Pendant ce temps, Michael confronte Alex sur sa consommation de drogues, cette dernière le supplie de ne rien dire à Nikita.

Nikita et Owen doivent faire face à un tueur à gages, Liam. Quant à Michael, il obtient un nouveau poste au sein de la Division. Sa relation avec Nikita est un peu tendue car il n'accepte pas de la voir travailler aux côtés d'Owen...

Un ex-agent de la Division, nommé Ray, kidnappe sa petite amie, Kate. Ryan décide alors d'envoyer son équipe afin de sauver la jeune fille. Nikita est étonnée que Michael décide d'envoyer Owen sur cette mission pour qu'il l'accompagne. Pendant ce temps, Sean prend une décision concernant Alex.

Michael abandonne les missions sur le terrain et préfère diriger les opérations au sein de la Division. Après que Birkhoff donne à Nikita l'information clé dont elle a besoin, cette dernière prépare une mission secrète qui la conduit vers un territoire dangereux. Lorsque Michael, Alex et Ryan découvrent sa mission, ils décident alors de la suivre au Kosovo mais cela va provoquer des conséquences dramatiques pour la Division...

Un agent de la CIA, Naomi, tombe sur un dossier détaillant l'implication de Madeline Pierce au sein de la Division. Cette dernière le remet au directeur de la CIA, Morgan Kendrick. Quand Morgan est tué peu de temps après, Amanda accuse Sean du meurtre et la CIA réagit en le retenant contre sa volonté. Nikita compte bien le libérer et met en place un plan qui peut soit le sauver, soit lui coûter la vie.

Birkhoff apprend qu'Ari est à New York grâce à Shadowbot. Nikita et Owen partent alors à sa recherche avant que le FBI ne le retrouve. Ari a prévu de voir Nikita pour lui parler. Il lui fait alors part des intentions d'Amanda : elle travaille avec un terroriste afin d'attaquer les Etats-Unis. Ari est prêt à révéler à Nikita une information essentielle qui pourrait conduire directement au terroriste, et réclame 50 millions de dollars en échange de cette information. Quant à Sean, il est jaloux de la relation qu'entretient Alex avec Owen.

Dans le but d'obtenir le contrôle de la boîte noire, Amanda compte kidnapper le fils d'Ari, Stefan, afin de l'utiliser comme appât. Toujours sous la protection de la Division, Ari supplie Nikita de l'aider. Mais le garde du corps de Stefan, Krieg, parvient à capturer Nikita et Amanda. Les deux femmes vont alors devoir s'entraider afin de s'enfuir. Owen est furieux contre Michael après que ce dernier ait choisit Alex pour aider Nikita, afin de l'écarter...

Amanda détient Alex en otage et compte la libérer à condition que Nikita lui délivre Ari. Michael choisit alors Sean et Nikita pour gérer l'échange de prisonniers, mais Ryan décide à la dernière minute de rajouter Owen à la mission, ce qui rend Michael assez suspicieux. Pendant ce temps, Alex se lie d'amitié avec une prisonnière nommée Larissa et lui promet de la faire sortir de prison. Cette décision met en péril les plans de Nikita, Alex va alors devoir choisir entre la promesse qu'elle a faite à Larissa et Nikita...

Nikita accepte une mission gouvernementale au nom de la Division. Celle-ci consiste à éliminer le président tchadien pendant son séjour à Paris. Alex refuse d'y participer et elle est furieuse contre Nikita car cette dernière garde des secrets, tout comme Percy faisait. Alex va alors recruter Birkhoff pour déterrer des secrets bien cachés concernant Danforth. Alex et Birkhoff découvrent alors un secret qui pourrait bien détruire la Division...

Michael pourrait retrouver l'usage de sa main grâce à une prothèse fabriquée à partir de son propre ADN. Pour ce faire, Nikita conclut un pacte avec un scientifique : si elle parvient à voler un dispositif biotech dans un laboratoire en Chine, il opèrera la main de Michael. Par ailleurs, Alex et Sean tentent de découvrir qui sont les agents qui forment une rébellion organisée au sein même de la Division...

Alex avoue à Birkhoff son désir de quitter la Division. Par ailleurs, Amanda décide de révéler à Owen des informations concernant son passé et des souvenirs qu'il a oublié. Malgré l'envie de Nikita de l'aider, Owen doit faire face à son npassé...

Attachée et droguée, Nikita est forcée de subir un traitement mental infligé par Amanda, qui la ramène dans le passé. Durant le processus, Nikita découvre le secret le mieux gardé d'Amanda. Par ailleurs, Alex devient le symbole de l'opposition et se bat pour sauver les siens avant que la situation ne dégénère violemment. Alors que Michael est également retenu prisonnier, Birkhoff et Sean doivent trouver une solution pour sauver les femmes qu'ils aiment. Pendant ce temps, Owen se confronte à certains de ses souvenirs qui le poussent à agir pendant que la Division s'effondre...

Brisée par Amanda, son incapacité à sauver les gens et par la culpabilité qu'elle ressent suite aux évènements tragiques que la Division vient de subir, Alex replonge dans ses vieilles habitudes. Avec la plupart de leurs collègues morts ou volatilisés dans la nature, Nikita et Michael doivent sauver le peu qu'il reste de la Division avant que la présidente des Etats-Unis ne la supprime pour de bon. Par ailleurs, les moments de gloire de la Division finissent par hanter ceux qui ont survécu et Birkhoff lutte contre ses propres démons...

Une vente aux enchères est organisée par Sam lors du sommet du G 20 à Toronto. Il met alors en vente la boite noire contenant des secrets de la plus haute importance. Plusieurs pays sont en lice pour obtenir la boite. Sous la menace de la Présidente, Nikita et son équipe doivent tout mettre en oeuvre pour non seulement sauver les Etats-Unis, mais aussi leur peau...

Avant de se fiancer avec Michael, Nikita déclare que son travail et ses missions occuperont toujours une place importante dans sa vie. Après avoir survécu à des évènements atroces, Michael remet alors en question l'engagement de sa fiancée. Il n'est pas le seul à avoir des doutes. Amanda reste une menace et elle s'allie avec des partenaires mystérieux pour obtenir une nouvelle arme dangereuse. Pendant ce temps, Alex considère une offre intéressante de la lauréate du prix Nobel qu'elle soutient.

Amanda confronte Nikita à un terrible dilemme. La jeune femme doit choisir entre sauver sa propre vie ou bien secourir Michael, quitte à y laisser sa peau. Dans le même temps, les quartiers généraux de la Division sont détruits une bonne fois pour toute.

Nikita est toujours en fuite après avoir été accusée de l'assassinat du président des Etats-Unis. Un reporter du nom de Dale commence à se poser des questions sur ce qui s'est réellement passé et Nikita voit là une opportunité de prouver son innocence. Elle retourne aux Etats-Unis mais tombe dans le piège tendu par Amanda. L'équipe est alertée et Michael se met en route pour retrouver Nikita avant Amanda.

Nikita, Michael, Birkhoff et Ryan sont à bord du centre de commandement de l'équipe. Michael refuse de discuter avec Nikita de leur relation mais lui dit qu'elle devrait rester avec les autres membres du groupe et les laisser l'aider à s'innocenter. Pendant ce temps, Alex demande à Sam de rendre ce qu'il lui a volé sous la menace d'une arme. Mais quand un groupe les attaque, ils sont obligés de s'entraider...

Les tensions continuent de grandir entre les Etats-Unis et le Pakistan après qu'Amanda a prouvé que le Pakistan a engagé Nikita pour tuer le président des Etats-Unis. Ryan devient suspicieux et informe Nikita et Michael qu'il pense que Birkhoff a été kidnappé par Amanda. Pendant ce temps, la CIA capture Alex et le questionne à propos de son engagement avec Nikita.

Jones met Amanda hors-jeu et prend les rênes de l'opération. Il appelle Nikita et lui offre, ainsi qu'à l'ensemble du groupe, la liberté totale en changeant leur identité et en simulant leur mort. L'équipe atterrit dans un endroit isolé du Pakistan mais se retrouve attaquée par un groupe local de trafiquants de drogue qui leur demande 10 millions de dollars. Nikita appelle Alex pour lui demander de l'aide...

Alors que Nikita entrevoit une fin à cette longue guerre, Ryan dévoile un secret qui pourrait tout changer. Ouvrant les yeux sur la tentative de Sam de voler son diamant, Alex lui donne une mallette de faux diamants à livrer à son contact en France. Les choses se compliquent quand Sam se fait attraper par celui à qui il doit de l'argent ; Alex doit lui venir en aide.

Nikita décide de prendre les choses en main et d'en finir à sa façon. Laissant l'équipe de côté, elle emmène Alex pour se venger. Ils capturent Jones et le forcent à révéler les noms de tous les membres du MDK. Michael la traque et fait tout pour qu'elle renonce avant de se faire tuer par les militaires. Mais Nikita n'est pas du genre à abandonner un combat en route...