Präsident Martinez übt Druck auf sein Team aus. Er ordnet an, den Maulwurf dingfest zu machen und zu entfernen. Als Sterlings Assistent Murphy in das Fadenkreuz er Ermittlungen gerät, bekommt Sterling böse Erinnerungen. Seine ehemalige Liebe Laura wurde nämliche ebenfalls als Maulwurf enttarnt. Kann er seiner Menschenkenntnis noch trauen? Nach einer aufreibenden Suche finden Martinez und Sterling heraus, wer der Maulwurf ist. Bevor sie ihn zur Rede stellen können, kommt ihnen James Dempsey zuvor.

Sophia sorgt für Ordnung und den Inhaftierten und stellt die Machtverhältnisse wieder her. Denn Thomas‘ Versuch, den Aliens die Heimreise zu ermöglichen, hat unzähligen Menschen das Leben gekostet. Derweil haben Sean und Leila im Büro von Michael Buchanan, Seans Schwiegervater in spe, eine geheimnisvolle Liste gefunden. Während sie versuchen, die Codes zu knacken, bringen sie sich selbst in größte Gefahr. Geheimagenten sind hinter ihnen her und stellen ihnen eine Falle. Auf der Flucht wird Sean angeschossen…

Sophie offenbart ihrem Volk, dass es nun an der Zeit sei, die Erde zu verlassen. Dabei erfährt sie von den Streitereien ihrer Leute und der versuchten Meuterei gegen sie und ihren Befehl. Allen voran sind ihr Sohn Thomas und seine Lebensgefährtin Isabel. Sophia verlangt einen Beweis der Ergebenheit und bekommt ihn zwar, allerdings hat es mit der Treue nicht viel auf sich. Denn Thomas hat vorgesorgt und enthüllt einen schrecklichen Plan.

Derweil versuchen Sean und Leila das mysteriöse Verschwinden ihrer kleinen Schwester Samantha zu lösen. Dabei Sie bekommen Hilfe von Agent Angie Collier und sie suchen zuerst in Tulsa, Oklahoma, nach ihr. Schließlich glauben sie, in einer Nervenheilanstalt auf eine heiße Spur zu kommen, machen aber eine andere unglaubliche Entdeckung. Denn im Keller des Gebäudes findet Sean eine Akte über Leilas Vater. Michael hat mehr mit den Außerirdischen zu tun, als die beiden glauben können.

Währenddessen stößt Catherine Lewis, die neue Senatorin aus Alaska, auf Akten mit geheimen Informationen über Inostranka. Sie wendet sich an Martinez und fordert mehr Details. Sean und Leila bekommen einen neuen Hinweis darauf, wo Samantha steckt, und können sie schließlich befreien. Dafür zahlen sie aber einen hohen Preis, denn sie finden die Wahrheit über Leilas Vater Michael heraus. Anstatt Leila eine Antwort zu geben, stellt er sie vor eine schwerwiegende Entscheidung…

Währenddessen macht sich Michael auf die Suche nach Thomas und er überlässt Leila der Obhut seiner alten Freundin Diane Geller. Auch der skrupellose Geschäftsmann James Dempsey macht sich auf die Suche nach den Außerirdischen. Allerdings hat er seine eigenen unschönen Absichten. Und mit neuer Energie und Sicherheit im Rücken konfrontiert Präsident Martinez seinen Vizepräsidenten Ray Jarvis mit dessen Verrat und Vertrauensbruch.

Sean und Vicky haben einen Hinweis darauf bekommen, wo sich James Dempsey aufhält. Während sie auf der Suche nach ihm sind, erfährt Sean Details über Vickys Vergangenheit beim Geheimdienst. Währenddessen spitzt sich der Konflikt zwischen Elias Martinez und Sophia zu. Mehrere Verhandlungen sind geplatzt und der Präsident vertraut Sophia nicht mehr. Als Sophia das Washington Monument zerstören lässt, löst sie damit nicht nur eine nationale Katastrophe aus, sondern einen Krieg. Um Sophia und ihren Leuten die Flucht zu ermöglichen, ist Thomas dazu bereit, sein eigenes Leben zu opfern.

Während die Schläfer über den Verlust trauern, enttarnt Präsident Martinez Simon als einen Schläfer. Wem in seinem Stab kann er noch trauen? Mit einem DNA-Test möchte er potenzielle Schläfer ausfindig machen. Simon kann flüchten und erfährt von Sophias Plan, die Erde als neue Heimat für ihr Volk einzunehmen. Dafür aber müsste die Menschheit verschwinden…

Sean befreit Vicky aus dem Dempseys brennenden Landsitz. Als sie fliehen, hält Dempsey die beiden auf und erklärt ihnen, dass Sean der Auserwählte sei, der es mit Sophia aufnehmen kann. Sein Helfer überreicht ihm eine Tasche, in der die Schriftrolle aus einer der alten Amphoren liegt. Kurz darauf erhält Sean einen Anruf von Leila. Sie berichtet ihm, dass Sophia und ihr Vater die Menschheit vernichten wollen, um Platz für die anderen Außerirdischen zu schaffen.