Un hombre aparece en el desierto. No sabe cómo ha llegado allí, tan solo tiene recuerdos de vivir en Nueva York. Al salir del desierto llega a un sitio conocido como La Villa, donde la gente tiene números como nombre. Todos allí le conocen por su nombre: Seis.

Seis descubre que tiene un hermano en La Villa, o eso le hacen creer. Los recuerdos fluyen en su mente, tanto los de su nuevo hermano como los de su vida en Nueva York. Mientras tanto, Dos intenta lidiar con el creciente sentimiento de rebelión de su hijo.

Dos ofrece a Seis la posibilidad de trabajar como infiltrado para que conozca mejor a los habitantes de La Villa junto a un hombre de su confianza: 909. Sin embargo, pronto empieza a descubrir que hay más infiltrados de lo que creía.

En otro intento de desestabilizar a Seis y tratar de que olvide su curiosidad por ese mundo exterior que recuerda, la casamentera de La Villa le empareja con 4-15, una joven invidente que es exactamente igual que Lucy, con quien Seis mantuvo una relación en Nueva York. Mientras tanto, en La Villa, han aparecido unos misteriosos agujeros.

Todo se complica cuando unos falsos Dos y Seis se pasean por La Villa confundiendo a los que se cruzan con ellos. Mientras tanto, los recuerdos de Seis en Nueva York le llevan hasta una empresa llamada Summakor. Por otro lado, 11-12 prueba las pastillas que toma su madre para sentir lo que ella siente.

Mientras llega gente nueva a La Villa, Dos toma una decisión drástica con Seis: o se adapta a la vida allí o deberá morir. Esto hace que las ganas de abandonar La Villa aumenten para Seis que buscará todos los apoyos posibles. Por otro lado, en Nueva York, el otro Seis conoce al señor Curtis, al fin alguien con respuestas.