Les Gi-joe parviennent à déjouer la tentative de vol d'une navette spatiale par Cobra. Il s'agit en réalité d'un leurre de Cobra pour y faire penetrer Zartan et ses hommes ainsi que des créatures dangereuses.

Toujours poursuivis par Cobra, Loup de mer et Snake Eyes doivent leur salut à une chanteuse de cabaret. Les autres membres des Gi Joe se sont séparés pour récupérer les cubes géants de Cobra. Une première équipe doit faire face au système d'autodéfense du cube, une seconde, en Chine doit se confronter à une armée en terre cuite, et la troisième affronte Cobra dans la neige.

Malgré les efforts du GI-joe, Cobra parvient à activer trois cubes. Maigre consolation, les Gi-joe ont arrêté Tomax Son frère jumeau s'infiltre sur le porte-avion des Gi-joe qui se dirige vers un cimetière de bateaux pour empêcher Cobra de faire fonctionner le quatrième cube.

Cobra parvient à faire fonctionner sa Pyramide des neants pour vider la terre de toute électricité. Mais les jumeaux Tomax et Xamot et les hommes de Zartan trahissent Cobra et prennent le contrôle de la Pyramide. Heureusement, les Gi-joe reprennent le contrôle de la station spatiale, annulant les effets de la Pyramide. Les Gi-joe presque au complets prennent d'assaut le temple de Cobra.

Les Gi-joe protègent un restaurant contre des attaques perpétrées par des voyous. En réalité ces derniers travaillent pour Cobra qui cherchent à racheter à bas prix toutes les franchises de ces restaurants pour de sombres raisons.

Une attaque surprise de Cobra, utilisant les nouveaux BAT, révèle que les Joe sont devenus négligents. Le général Hawk demande au sergent Slaughter d’aider à remettre l’équipe en forme. Pendant ce temps, une série de rêves incite le Dr. Mindbender à concocter un plan pour construire un nouveau leader Cobra à partir de l’ADN de conquérants morts depuis longtemps. Un paquet abattu Night Raven révèle que Zartan a été invité à élargir son équipe de Dreadnoks alors il se tourne vers ses frères et sœurs, Zandar et Zarana pour obtenir de l’aide, et les Joes enquêtent et découvrent le plan, seulement pour être coincé par Thrasher et sa Thunder Machine.

Bree Van Mark, une jolie femme riche, développe un béguin pour Lifeline après qu’il l’ait sauvée, elle et son père, d’un yacht qui coule lors d’une bataille entre G.I. Joe et Cobra. Lifeline découvre que Cobra est après le père de Bree, un riche industriel qui détient une société de défense. Mais les Joe pensent que Bree travaille pour Cobra puisque certains de ses cadeaux, y compris un hélicoptère plaqué or, ont des retours de flamme. Elle s’envole dans un Tomahawk prenant Lifeline avec elle. Ils se dirigent vers une cabane dans les Rocheuses et sont suivis par Cobra. Lifeline, qui est un pacifiste, doit repousser Cobra jusqu’à ce que le reste des Joe arrive.