La Daedalus, la nuova astronave da battaglia terrestre, arriva in soccorso di Atlantide al comando del Colonnello Caldwell. L'intervento fortuito della nave riesce a mettere in salvo Sheppard, partito per una missione suicida allo scopo di distruggere le navi Alveari dei Wraith. Dalla Via Lattea è arrivato anche un nuovo ZPM che McKay mette in funzione per attivare gli scudi della città. Nel frattempo Ford viene recuperato dalle acque che circondano Atlantide, ma il tenente non è più quello di prima...

Grazie al nuovo ZPM i membri della spedizione possono collegarsi allo Stargate Terrestre e dopo un aggiornamento all'SGC sono in viaggio verso Atlantide a bordo della Daedalus.

Sheppard e la squadra cercano di localizzare il Tenente Ford su un pianeta disabitato, ma durante le ricerche Teyla e John vengono catturati da un uomo che i Wraith usano come preda durante battute di caccia. Nel frattempo McKay s'imbatte in Ford che continua a mostrare segni di squilibrio.

McKay e il Tenente Laura Cadman vengono catturati dal raggio di una navetta Wraith, fortunatamente la squadra di Sheppard riesce ad abbatterlo. Purtroppo, in seguito ai danni subiti, è rimasta energia soltanto per rimaterializzare una sola persona.

Il puddle jumper comandato da Sheppard precipita su un pianeta; in cerca di aiuto, la squadra si imbatte in un gruppo di persone che li attaccano senza chiedere spiegazioni.

Ronon Dex accompagna Teyla in uno dei suoi viaggi commerciali e scopre che una piccola parte dei cittadini di Sateda, il suo pianeta d'origine, è sopravvissuta all'attacco dei Wraith, compreso il suo ex comandante. Nel frattempo McKay rischia di compromettere la sicurezza di Atlantide mentre studia uno generatore di energia costruito dagli Antichi.

Durante una missione, Sheppard e gli altri scoprono che un Wraith - precipitato sul pianeta - sta terrorizzando gli abitanti di un villaggio da decina anni. Il team offre immediatamente assistenza per eliminare il pericolo, ma mentre si trovano nei boschi Teyla avverte che il Wraith ha qualcosa di diverso...

Dopo essere stato infettato da un retrovirus, il corpo di Sheppard comincia a subire una mutazione genetica. Beckett e gli altri cercano di trovare una cura prima che sia troppo tardi e che John perda completamente il controllo di sé stesso.

La Daedalus porta la squadra ai limiti della Galassia per indagare su un'astronave degli Antichi chiamata Aurora che è rimasta inerte nello spazio per millenni. Arrivati a bordo, Sheppard, McKay, Teyla e Ronon scoprono che l'equipaggio è ancora vivo, in stato di sospensione animata.

Sheppard, McKay, Teyla e Ronon vegono catturati dal Tenente Ford, ora a capo di un gruppo di uomini che usa l'enzima dei Wraith come una forma di steroide. Ford somministra l'enzima a Teyla e Ronon per dimostrare che i suoi effetti sono un vantaggio e non un problema e nel frattempo cerca di convincere Sheppard a guidare una missione per distruggere un vascello Alveare.

Sheppard, Teyla, Ronon e Ford sono a bordo dell'Alveare, ma come previsto, il piano è andato in malora. McKay riesce a scappare dai suoi carcerieri iniettandosi una superdose di enzima e arriva ad Atlantide in pessime condizioni.

Mentre stanno indagando su una fonte di energia su un pianeta, John rimane intrappolato in una camera creata dagli Antichi dove il tempo progredisce molto più velocemente del normale: mentre all'esterno sono passati solo pochi minuti, all'interno Sheppard trascorre intere giornate aspettando l'aiuto dei suoi amici.

L'SGC scopre che il Trust ha infiltrato uno dei suoi elementi all'interno del progetto e che Atlantide è in pericolo a causa di un ordigno esplosivo che verrà attivato quando tenterà di collegarsi allo Stargate terrestre.

Durante il volo di collaudo di uno jumper, McKay finisce in fondo all'oceano senza possibilità di comunicare con la base. Mentre in città Zelenka e gli altri cercano di restringere l'area di ricerca, Rodney tenta di aumentare le sue possibilità di sopravvivenza. Per fortuna McKay può contare sull'aiuto di una vecchia amica: Samantha Carter.

Durante una spedizione su un pianeta abitato da contadini, la squadra scopre una copia esatta di Atlantide seppellita nel sottosuolo. Il pianeta è governato dal 'Protettore' che usa la tecnologia degli Antichi per tenere alla larga i Wraith e allo stesso tempo schiavizzare i cittadini. Il Protettore è gravemente malato e Sheppard si ritrova invischiato nelle trame di corte dei vari successori al trono.

La Dottoressa Weir e John Sheppard vengono posseduti dalle coscienze di due alieni ritrovati in stasi alla deriva nello spazio. I due fingono di essere marito e moglie e chiedono il permesso di usare i corpi di John ed Elizabeth per dirsi addio, prima che il trasferimento di coscienza finisca.

Il team scopre che i Genii sono nuovamente una minaccia e l'armistizio raggiunto rischia di finire all'aria. Nel frattempo Elizabeth deve decidere se cedere o no alle richieste di uno degli alti ufficiali Genii che sta progettando un colpo di stato.

Il Tenente Michael Kenmore si risveglia in infermeria con un'amnesia quasi totale. Non ricorda niente di se stesso o della sua famiglia e dopo breve tempo si accorge che i suoi colleghi si comportano stranamente in sua presenza e che non gli hanno detto tutta la verità su quanto è accaduto durante la sua ultima missione contro i Wraith.

La squadra è impegnata in una missione di salvataggio per mettere al sicuro il popolo di un pianeta la cui città giace su un supervulcano in procinto di esplodere. Le cose si complicano quando lo Stargate del pianeta finisce nella lava bollente.

La spedizione di Atlantide riceve una proposta incredibile dai loro acerrimi nemici, i Wraith. Un'astronave Alveare con a bordo Michael arriva in orbita e chiede un incontro con la Dottoressa Weir e Sheppard.

Due astronavi Alveari Wraith hanno catturato McKay e Ronon e si dirigono verso la Terra. Sheppard è nascosto nel suo 302 in prossimità di una dei vascelli e viene contattato da Michael che gli offre il suo aiuto.

Dopo aver tramutato l'equipaggio di una nave alvare Wraith in umani, Atlantis deve decidere del loro destino. Nel frattempo la dottoressa Weir attende la valutazione dell'IOA.

Lucius, un uomo incontrato su un altro pianeta e venerato come un eroe nonostante sia una persona del tutto comune, ha uno strano effetto sui membri della spedizione di Atlantide. Tutti, eccetto Sheppard, cominciano a trattarlo come una specie di superuomo e ad accordargli totale fiducia.

Sheppard, Teyla e Ronon vengono attaccati e catturati su un pianeta dagli abitanti di un villaggio che anni addietro ha offerto asilo a Ronon. Il villaggio subì le conseguenze della sua ospitalità venendo distrutto dai Wraith.

La Dottoressa Weir si unisce al team esplorativo per incontrare una civiltà che potrebbe discendere direttamente dagli Antichi.

Elizabeth si risveglia in un ospedale psichiatrico in Washington D.C. e il suo dottore le dice che gli ultimi tre anni della sua vita sono soltanto frutto della sua mente, rimasta traumatizzata dalla morte di Simon.

John Sheppard viene catturato da Kolya il quale cerca vendetta e pretende di scambiare John con Ladon, l'attuale leader degli Genii.

La sorella di McKay, Jeannie, riesce a risolvere una prova matematica di fondamentale importanza per la spedizione che si trova nella Galassia di Pegaso. Rodney torna sulla Terra per convincerla a unirsi alla missione e una volta ritornati ad Atlantide si mettono subito al lavoro.

Durante una missione su un pianeta, Sheppard, Ronon e Carson subiscono gli effetti di un macchinario Wraith che altera le percezioni sensoriali e rischiano di uccidersi l'uno con l'altro.

Mentre stanno effettuando un test di efficienza per il Ponte Intergalattico McKay-Carter (una catena di Stargate che permette di viaggiare dalla Galassia di Pegaso alla Via Lattea in trenta minuti), il team scopre una nave degli Antichi che sta viaggiando a velocità luce.

Il Generale O'Neill e Richard Woolsey, rimasti ad Atlantide per negoziare con gli Antichi, rimangono intrappolati in città dopo che i Replicanti hanno lanciato un attacco uccidendo i loro creatori. Sheppard, Weir, Carson e McKay rubano un Jumper che si trova all'SGC e partono per una missione di salvataggio.

Le balene che abitano gli oceani di Lantea (il pianeta dove si trova Atlantide) migrano verso la città. Teyla è la prima a subire gli effetti devastanti delle loro onde sonore che minacciano di uccidere gli abitanti. Tuttavia sembra che le balene stiano cercando di comunicare con gli umani per avvertirli di un pericolo...

Il team si reca su un pianeta per indagare la leggenda locale che parla di un supereroe dai poteri incredibili. Una volta arrivati in città, Sheppard e gli altri s'imbattono in una vecchia conoscenza: Lucius.

McKay e Zelenka stanno perlustrando la città per spegnere tutti i sistemi secondari attivati dagli Antichi quando hanno ripreso possesso di Atlantide.

Per trascorrere il tempo, Sheppard e McKay si sfidano con un gioco scoperto al tempo del loro arrivo in città, una sorta di gioco di strategia in tempo reale. Tuttavia, ben presto scoprono che quello che sembrava essere un innocuo divertimento è in realtà un elaborato esperimento scientifico.

La squadra scopre una stazione spaziale costruita all'interno di un meteorite in orbita attorno a un pianeta disabitato. McKay mette in funzione i sistemi e si scopre che i sopravvissuti del pianeta si trovano in sospensione animata all'interno di un macchinario.

La squadra si gode un giorno di relax e ognuno si dedica alle sue attività preferite. Disgraziatamente la serenità dura poco e la città viene devastata da un'esplosione.

La squadra si reca in missione nelle profondità oceaniche sotto la città per esplorare un complesso geotermico degli Antichi. Una volta arrivati all'interno del laboratori, Teyla avverte una presenza, anche se i sensori non indicano nessun segno vitale.

Atlantide ha perso i contatti con i Taraniani e dopo aver perso i contatti anche con la squadra di ricognizione, Sheppard e il suo team decidono di indagare sulla situazione.

Ad Atlantide arriva il Colonnello Abe Ellis al comando della nuova astronave Terrestre, la Apollo. Ellis è al capo di una missione per operare un attacco preventivo ai Replicanti. Elizabeth è convinta che si tratti di un errore che potrebbe scatenare una minaccia terribile per Atlantide, ma i suoi dubbi non sono tenuti in considerazione.

La città è alla deriva nello spazio e ha soltanto 24 ore di energia a disposizione prima che lo scudo ceda, nel frattempo Elizabeth si trova tra la vita e la morte e c'è un unica possibilità di salvarla, ma è un'opzione estremamente rischiosa.

Sam Carter e la Apollo sono alla ricerca della città scomparsa di Atlantide, nel frattempo Sheppard e la sua squadra stanno organizzando una missione per rubare uno ZPM dalla città dei Replicanti.

Ronon incontra un gruppo di amici suoi concittadini i quali gli chiedono di lasciare Atlantide per unirsi a loro. Il Colonnello Samantha Carter arriva in città per assumere il comando della spedizione.

Mentre si trovano in missione su un pianeta, Sheppard sente l'impulso irresistibile di toccare un cristallo. Una volta tornati ad Atlantide, tutti cominciano ad avere degli incubi tranne John.

Sheppard viene rapito da un gruppo di persone che vive a bordo di una flotta di astronavi. I suoi rapitori gli raccontano che sono stati costretti a rimanere a bordo delle loro navi per via della guerra con i Wraith e che lo hanno rapito a causa del suo gene in grado di attivare la tecnologia degli Antichi.

Un virus mortale infetta gli abitanti di Atlantide facendogli perdere la memoria. McKay si ritrova in un laboratorio della città senza sapere chi è o che cosa deve fare, l'unico indizio è il monitor del suo computer che porta un messaggio: trovare Teyla.

La Dottoressa Keller e Teyla si recano sul nuovo pianeta degli Athosiani e scoprono che la popolazione è scomparsa, probabilmente a causa di una tribù guerriera, i Bola Kai.

La squadra incontra un uomo che possiede il dono della profezia e che predice un destino crudele per il futuro di Atlantide. Nel frattempo, i terrestri decidono di allearsi con un Wraith nel tentativo di mettere a punto il virus creato da Rodney per fermare i Replicanti.

La sorella di McKay, Jeannie, viene rapita e Rodney torna sulla Terra per scoprire cosa è successo, ma viene catturato dalle stesse persone responsabili della sparizione di sua sorella. Sheppard e Ronon intervengono immediatamente e chiedono aiuto all'SGC e all'NID per ritrovare i loro amici.

Una sonda misteriosa precipita su Atlantide e la spedizione è convinta che sia opera dei Replicanti. Tuttavia, la situazione diventa ancora più misteriosa quando il team s'imbatte in Elizabeth Weir.

Per sconfiggere i Replicanti, il team di Atlantide è costretto a formare un'alleanza con i Wraith. Con l'aiuto di uno scienziato Wraith che ha offerto la sua collaborazione, Sheppard e gli altri partono in missione per ottenere la partecipazione di navi Alveari. Nel frattempo a bordo della Daedalus, Carter parla con il Colonnello Caldwell e ammette di sentire la mancanza delle missioni sul campo con l'SG-1.

Il team di Atlantide si impadronisce di un'astronave Alveare dopo aver sconfitto i Replicanti e scopre qualcosa di nuovo sul suo nemico di sempre. Nel frattempo i poteri mentali di Teyla aumentano grazie alla gravidanza.

La città di Atlantide è in quarantena e ognuno rimane bloccato dove si trova senza possibilità di uscire. Mentre ognuno cerca di adattarsi alla compagnia forzata, i membri del team cercano di capire cosa sta succedendo e come risolvere la situazione.

Sheppard e McKay scortano una Principessa che sta compiendo un pellegrinaggio per essere incoronata Regina. Durante il viaggio s'imbattono in un vecchio antagonista.

Sheppard riceve la notizia che suo padre è deceduto. John torna sulla Terra in compagnia di Ronon per presenziare ai funerali e mentre si trovano al ricevimento funebre, vengono a sapere che alcuni scienziati hanno creato un Replicante umanoide che è riuscito a scappare dal laboratorio.

Il Colonnello Carter parte insieme a McKay e a Keller per convincere gli abitanti di un pianeta, sconvolto da catastrofici terremoti, a trasferirsi su un mondo più sicuro. Tuttavia la missione prende una brutta piega quando i tre finiscono intrappolati nel sottosuolo in una vecchia miniera Genii.

Samantha invita Teal'c ad Atlantide per fare da consulente a Ronon che sta per affrontare un colloquio formale con l'I.O.A. Dex non gradisce il nuovo tutore e tra i due volano scintille. Nel frattempo i Wraith scoprono la Stazione Spaziale che si trova a metà strada tra le due galassie.

La Galassia di Pegaso è afflitta da un'epidemia di origine sconosciuta. Teyla è convinta che il padre di suo figlio stia cercando di comunicare con lei. Mentre la squadra cerca di scoprirne di più, s'imbatte in una scoperta scioccante.

Dopo aver trovato alcuni membri del suo popolo, Teyla organizza un piano di fuga dal laboratorio segreto di Michael. Nel frattempo la Dottoressa Keller effettua degli esami per scoprire le origini del clone di Beckett.

Al ritorno da una missione, Sheppard trova la città abbandonata e circondata dal deserto. Al suo arrivo un ologramma di McKay si attiva, informandolo che in seguito a un imprevisto con lo Stargate, John ha viaggiato 48.000 anni nel futuro. Rodney spiega che la sua sparizione ha segnato l'inizio della fine per la spedizione di Atlantide. Tuttavia, McKay afferma di aver escogitato un piano per riportare Sheppard indietro nel passato e ristabilire così la linea temporale.

Il Colonnello Carter è alla guida di una missione per salvare alcuni membri della squadra rimasti intrappolati sotto le macerie del laboratorio di Michael. Nel frattempo Michael si sta avvicinando sempre di più a bordo di un'astronave da combattimento.

La Dottoressa Keller viene aggredita da un'entità aliena e la squadra si rivolge al clone di Carson che è stato da poco rimosso dallo stato di ibernazione.

Ronon viene catturato dal uno dei suoi vecchi amici adoratori dei Wraith. Tyre intende offrirlo ai Wraith per ritornare nelle loro grazie.

La squadra di Sheppard trova l'astronave terrestre Daedalus abbandonata in orbita del pianeta, ma una volta a bordo il team si ritrova a saltare da una realtà parallela all'altra.

I membri della spedizione vengono in contatto con un Replicante scienziato di nome Koracen il quale afferma che i Replicanti hanno scoperto il modo di 'ascendere' digitalmente. Il team è ovviamente scettico e Koracen offre una dimostrazione pratica, tuttavia durante l'esperimento, la squadra rimane bloccata all'esterno di una delle stanze della città.

McKay contrae la versione Pegaso del morbo di Alzheimer, chiamata 'Seconda Infanzia'. La malattia agisce sui suoi sistemi neurali e Rodney comincia a perdere la memoria.

Durante una missione su un pianeta dove si trova uno dei laboratori di ricerca di Michael, Sheppard e Beckett s'imbattono in una creatura terrificante.

Sheppard e la sua squadra sono impegnati in una missione insieme a Todd per negoziare un'alleanza con un'astronave Alveare. Per far si che la missione abbia successo, Teyla assume le sembianze di una Regina Wraith.

La Dottoressa Keller viene rapita durante una missione di assistenza su un altro pianeta. Ronon e McKay si mettono sulle sue tracce e scoprono che l'uomo che l'ha rapita ha qualcosa in comune con Dex.

Daniel Jackson arriva ad Atlantide per effettuare delle ricerche su uno scienziato degli Antichi di nome Janus.

Sheppard deve salvare McKay e Daniel Jackson dal laboratorio di Janus, prima dell'arrivo di Todd, che è riuscito a impadronirsi dell'Apollo.

I Wraith scoprono la presenza di un gruppo di sopravvissuti agli esperimenti di Michael che la squadra di Atlantide ha sistemato presso il popolo di un altro pianeta. Sheppard e gli altri cercano di convincere gli abitanti del villaggio a evacuare prima che l'astronave Alveare arrivi.

Sheppard e la sua squadra vengono accusati di crimini contro la Galassia di Pegaso da una Coalizione di pianeti abitati da esseri umani. Costretti ad affrontare il processo, si affidano a Woolsey e alle sue conoscenze legali.

Michael riesce a impossessarsi della sala controllo di Atlantide ed è determinato a rapire il bambino di Teyla.

La spedizione sta esplorando il loro nuovo pianeta e la squadra scopre che esiste un'antica razza di alieni indigeni del posto. Nel frattempo Sheppard viene catturato da un vecchio nemico creduto morto.

Rodney è costretto a tornare sulla Terra per assistere al trionfo scientifico di un suo vecchio rivale. Tuttavia, una volta tornato a casa, McKay deve intervenire per distruggere la nuova tecnologia che ha effetti devastanti sul clima.

Una nave alveare dei Wraith arriva in orbita sul pianeta di Atlantis e manda un segnale di soccorso. Sheppard guida una squadra per indagare sull'accaduto e scopre che i Wraith sono stati contagiati da una strana malattia.

Una ladra usa un congegno degli Antichi per scambiare il suo corpo con quello della Dottoressa Keller, la quale in fuga da Atlantis, deve vedersela con il complice della ladra che le ha rubato il corpo e un gruppo di cittadini derubati che sono sulle sue tracce.

Il Detective John Sheppard indaga su una serie di strani omicidi avvenuti nella città di Las Vegas...

Todd informa gli abitanti di Atlantide che un Wraith ribelle è entrato in possesso di alcuni Z.P.M. e che ha al suo comando una formidabile nave alveare. La Dedalus ingaggia battaglia ma non riesce a sconfiggerla a la squadra viene a sapere che l'astronave nemica è in rotta verso la Terra....