Le seaQuest sauve un surveillant de prison d'Antarctique ainsi qu'un homme cryogénisé (son prisonnier). Seulement, on découvre que le prisonnier s'est fait passer pour le surveillant. Il s'agit en réalité du docteur Rubin Zellar. Zellar s'échappe et menace de répandre une biotoxine à moins que Bridger ne tire un missile nucléaire. Bridger le dupe, mais le Docteur Westphalen menace de le tuer pour se venger du meurtre de son frère.

En explorant une station spatiale submergée, Ford et plusieurs autres membres de l'équipe sont infectés par un virus inconnu. Bridger fait appel à un généticien français pour les aider.

Bridger se retrouve lancé à travers sa cabine après la découverte du fantôme d'une jeune femme en costume antique. Le SeaQuest découvre l'épave d'un bateau royal qui a coulé pendant la première moitié du vingtième siècle. Après la découverte d'une lumière au hublot et l'imperméabilité des cabines, une équipe du SeaQuest, y compris Bridger, Lucas Wolenczak, le docteur Westphalen, Crocker, Ford, Hitchcock et Levin, monte à bord. Des événements fantômatiques surviennent. Un fantôme possède Westphalen.

Un submersible français a disparu au large de la Floride, avec un groupe d'enfants à bord, tandis qu'un ouragan les menace. Ford, Krieg, Lucas et Westphalen en essayant de les sauver se retrouvent accidentés. Ils remontent à la surface et attendent au milieu de la tempête de l'aide sur un petit canot. Le SeaQuest tente de retrouver les enfants. Bridger envoie Darwin retrouver l'équipe dans la « Mauvaise eau » (l'eau douce).