La historia comienza en el Tokio contemporáneo, mientras se narra cómo Taira no Masakado se rebeló contra el emperador y fue ejecutado por sus crímenes. Sin embargo, su odio por la nueva capital de Edo le convirtió en un destructivo onryō, cuya ira fue calmada por la adoración de los ciudadanos de Tokio, convirtiéndose en el espíritu guardián de la ciudad. Si fuera despertado, la furia de Masakada destruiría Tokio y la mayor parte de Japón.

Más tarde, en 1908, un gran maestro de onmyōdō llamado Yasumasa Hirai, descendiente de Abe no Seimei y líder del clan Tsuchimikado, llega desde Kyoto para visitar al barón Eiichi Shibusawa a fin de instruirle en la naturaleza espiritual del terreno de Tokio, para así poder convertirla en la ciudad más próspera de Oriente. Al mismo tiempo, hace su aparición un malvado onmyoji inmortal llamado Yasunori Katō, también descendiente de Seimei, y cuya intención es despertar a Masakado para demoler la ciudad. Después de un breve enfrentamiento con Hirai y su discípulo Kamo, Yasunori atrae a una joven con poderes espirituales llamada Yukari Tatsumiya para usarla como catalizador del espíritu de Masakado. Kato embosca a la chica en los jardines de un templo e introduce en su cuerpo un espíritu fukucuhu-mushi para controlarla. Con Yukari bajo su voluntad, Kato intenta llevársela por un río, pero los shikigami del clan Tsuchimikado lo encuentran y Hirai llega para batallar con él. Kato huye, y un paseante, Koda Rohan, encuentra a Yukari, quien gracias a la pérdida del poder de Kato se encuentra vomitando el monstruoso fukuchu-mushi. Yasumasa y Rohan llevan a Yukari al templo del clan Tsuchimikado, donde se reúnen con Yoichiro -el hermano de Yukari- y su amigo Junichi Narutaki, y llevan a cabo una ceremonia monoimi para purificarla y así apartarla para siempre de la influencia de Kato. Los shikigami de Kato atacan el templo, siendo rechazados por los cultistas de Hirai; sin embargo, sin conocimiento de todos ellos, la enfermera que atiende a Yukari se revela como otro espíritu fukuchu-mushi sirviente de Kato, mucho más poderoso que el anterior, y causa el caos en el interior del templo, interrumpiendo la ceremonia. Yasunori captura a Yukari y se dispone a llevársela, y Yasumasa arroja contra él una flecha sagrada (hamaya) para intentar detenerlo, pero Yasunori la revierte contra él y hiere a Hirai. Finalmente, Kato escapa con Yukari.

En 1927, Tokio está siendo reconstruido. Noritsugu Hayakawa planea construir un metro subterráneo para modernizar la ciudad, y contrata para ello a Torahiko Terada para supervisar la construcción. Pero Kato comienza a utilizar feng shui para producir un terremoto todavía más violento que el anterior. Las obras del metro son detenidas por ilusiones demoníacas en su interior, poe lo que Shibusawa trae a un expero en feng shui, Shigemaru Kuroda, el cual analiza la situación y encuentra un desequilibrio energético en el terreno. Como los trabajadores no pueden acceder al lugar, Terada toma una nueva dirección en sus planes y recluta la ayuda del doctor Makoto Nishimura para utilizar su enorme robot Gakutensoku para finalizar la construcción. Entre tanto, una miko llamada Keiko Mekata es contactada por el espíritu de Masakado para detener a Kato.

Con el tiempo, Keiko se casa con Yoichiro Tatsumiya, dando así protección espiritual a toda la familia. Kato posee a Yukari e intenta asesinar a Yukiko, pero los poderes espirituales innatos de ésta despiertan y lo impiden, revelando a Keiko el don de la niña. Al mismo tiempo, dado que el espíritu de Masakado está compensando los efectos sísmicos de Kato, éste cambia su plan, decidiendo secuestrar a Yukiko y usarla como un sacrificio y amplificar el desequilibrio. Keiko frustra su primer intento de secuestrarla con shikigami, por lo que el onmyoji cambia de estrategia y ataca la casa Tatsumiya con un gigantesco espíritu, siendo detenido por el poder de Keiko. Finalmente, consigue huir con Yukiko tras una distracción de la sacerdotisa, y ésta les persigue. Kato llega hasta la vena de energía subterránea, donde los tres penetran; allí Yasunori ofrece a Yukiko en sacrificio al dragón subterráneo para finalizar su plan, y Keiko, desposeída de su poder por el aura del lugar, le confronta, mientras Yukiko empieza a ser abosrbida por la vena. Al mismo tiempo, Terada y Kuroda penetran en el lugar a bordo de Gakutensoku; mientras Shigemaru combate a los shikigami de Kato, Terada autodestruye el robot y disipa la energía de la vena. Como consecuencia, Keiko se ve librada de la restricción y utiliza su poder para expulsar a Kato. Poco después, Kuroda y Terada vuelven al metro, donde anuncian que la construcción seguirá, y Keiko rescata a Yukiko, sana y salva.

Derrotado por Keiko, Kato se ha retirado a un templo en ruinas en las afueras de Tokio. El hechicero posee a Yukari para emplear el poder innato de Yukiko, y emplea todo su propio poder para influir en la órbita de la luna y acercarla a la Tierra con el objetivo de que esto despierte al Dragón del Cielo y cause una catástrofe. Entre tanto, Kuroda se reúne con Keiko y se percatan de los planes de Kato. Al enterarse de todo lo que ha ocurrido, Yoichiro enloquece de nuevo e intenta matar a Yukari y Yukiko, pero es detenido por Rohan y Narutaki; es ahí cuando se revela que Yukiko es realmente la hija de Yukari, y que los poderes de ésta despertaron cuando Yoichiro intentó asesinarla (o violarla) cuando eran niños. Posteriormente, Keiko recibe ayuda espiritual de Masakado bajo la forma de un dios equino y lucha con los shikigami de Yasunori para intentar llegar hasta él, mientras Kuroda y el espíritu de Masakado detienen la luna antes de que entre en la órbita terrestre. Con sus planes frustrados una vez más, Kato confronta a Keiko en el templo y la tienta a ceder al odio para convertirla a su causa, pero la sacerdotisa se libera de sus emociones negativas para canalizar el poder del bodhisattva Kannon, la diosa de la piedad. Los shikigami de Kato se convierten en gohō dōji gracias al poder de Kannon y escapan del control del hechicero, y éste contempla aterrorizado como su poder es anulado. Finalmente, Keiko abraza al atormentado Kato y le besa, usando el poder de la piedad para contrarrestar el odio de la maldición que movía a Yasunori y purificando al onmyoji. Con sus naturalezas anulándose mutuamente, ambos desaparecen en una explosión de luz, y el hechizo de Kato se rompe. La historia termina en 1927 con la inauguración del primer metro de Tokio, mientras Koda Rohan declara que con ello, Tokio encontrará la paz algún día.