En Berlín, dos agentes de la CIA están haciendo planes para cuando finalice su misión. Cuando él se va a la ducha, ella escribe un correo electrónico donde dice que cancelen la misión, pero Lennox, su compañero, le golpea antes de que pueda acabar de redactarlo. Lennox llama a Sloane y éste le dice que ponga en marcha el plan. Poco después, Wallace, la compañera de Lennox aparece atada con C4 en una céntrica calle berlinesa, que más tarde explota, para el horror de la CIA, que trata de evitar la explosión mediante un enlace por satélite con la policía alemana.

Kendall explica a sus hombres que la misión de Wallace era infiltrarse en el círculo del Dr Markovic, el cual estaba desarrollando algo llamado Proyecto Hélice. La CIA cree que Lennox está atrapado en el centro de investigación, situado en el Caribe, o quizá muerto. Sydney ha de viajar con Vaughn para rescatar a Lennox y obtener los datos de la investigación. Ambos rescatan a Lennox y lo devuelven a Los Ángeles para interrogarlo. El agente cuenta como fue atrapado en el momento en que iba a pasarle la información a Wallace y queda devastado al saber que su prometida está muerta. Sydney se compadece por él, debido a que ella le pasó algo parecido con Danny, y cuando va a verla, él la besa aunque se arrepiente al momento. Dos agentes federales aparecen en el refugio para detener a Lennox y aunque éste se defiende, Sydney le convence para que se entregue, que no tenga nada que temer.

Jack informa de que el Proyecto Hélice consiste en la creación de copias exactas de otras personas a partir de su ADN y que Lennox podría ser el propio Dr. Markovic. La única manera de saber si alguien es verdaderamente quien dice ser es a través de un barrido del fondo de ojo. Para Sydney está claro que el Lennox que tienen es el verdadero, cosa que se confirma, y ambos agentes son enviados a Polonia para recuperar todo el aparataje del Proyecto Hélice. Lennox descubre que él no ha sido el primero en ser copiado sino que hay otra copia por ahí, aunque no puede saber quien es.

Vaughn recibe una llamada de una persona que dice ser el verdadero Lennox, afirmando que el tema del barrido ocular es falso y que detengan al Lennox que está junto a Sydney. El Lennox del teléfono afirma dirigirse hacia allí para destruir el laboratorio. Ambos Lennox confluyen en la zona de los laboratorios y se produce un momento de duda. El Lennox verdadero mata al falso y Sydney vuela el complejo.

De vuelta en Los Ángeles, Vaughn y Sydney charlan en la cama sobre la misión, datos secretos y comprometedores, sin saber que la otra doble, Francie, les está observando a través de una cámara que ha ocultado en la televisión de la habitación de Sydney.