Un super-villano que se hace llamar "Firefly" está quemando propiedades en toda Ciudad Gótica. Mientras tanto, Bruce Wayne tiene sus propios problemas. Industrias Wayne está a punto de perder un importante contrato con el hospital de niños. Después de un enredo con Firefly, Wayne se pierde una reunión muy importante con el consejo municipal. Industrias Wayne pierde, y el contrato queda en manos de Corporación Gótica. Alfred y Bruce investigan a la Corporación Gótica, y descubren la verdad. Firefly ha estado dañando las propiedades de los competidores de Corporación Gótica, ya que son los únicos que se ven beneficiados con las acciones de Firefly. Cuando uno de los edificios de Industrias Wayne "es atacado", Batman derrota finalmente a Firefly.

Un nuevo Batman protege a Ciudad Gótica, pero a diferencia del Batman original, este castiga hasta los crímenes más insignificantes. Detrás de toda esa locura se encuentra el Guason, que después de un tiempo de funcionar como el Caballero oscuro decidirá que necesita a su propio Príncipe payaso del crimen ¿Estará Batman dispuesto a aceptar ese papel?

El Guason piratea la señal de tv de Ciudad Gótica con el fin de difundir sus crímenes por televisión como entretenimiento. Cuando el nuevo compañero de la detective Ellen Yin, Cash Tankinson trata de atrapar al Príncipe Payaso del Crimen, cae en una trampa y se convierte en la nueva víctima del Guason. Batman deberá encontrar desde dónde el Guason está transmitiendo antes de que pueda llevar a cabo su plan para hacer que Ciudad Gótica se muera de la risa.

Cuando el alcalde Grange recibe una entrega especial de flores, inmediatamente decide comenzar un plan ecológico en Ciudad Gótica. El comisionado Gordon recibe una entrega similar, y al final termina arrestando a Batman por pisar unas plantas, mientras peleaba contra el Pingüino. Batman escapa de la custodia policial, y con la ayuda de Batichica sigue la pista de Hiedra Venenosa hasta el sótano de una florería. En la planta baja, nos enteramos de que Hiedra ha estado capturando a las personas más poderosas de Gótica y reemplazándolas por duplicados. Su plan consiste en apoderarse de la ciudad con plantas de rápido crecimiento, por lo que necesita una máquina para generar nubes. Ella incluso tiene éxito en la captura de Batman y Batichica, creando duplicados de ellos. Afortunadamente, el traje de Batman registra la señal de socorro, y le envía un impulso eléctrico, liberándolo y permitiendo que el caballero de la noche pueda tirar herbicida en las nubes, deteniendo el plan de Hiedra.

Cuando otro de los planes del Guason es detenido por Batman y Batichica, el Príncipe Payaso del Crimen queda impresionado por el trabajo en equipo del dúo, y decide que es hora de encontrar a su aliado. Donnie se considera a sí mismo como un cómico nato, aunque sus chistes son muy malos. El Guason le ofrece Donnie la oportunidad de ser su compañero. Donnie piensa en ello, pero cuando el Guason humilla públicamente a uno de sus profesores, el joven va a trabajar para ayudar al Guason a pensar en una broma pesada para la policía. Es aquí donde se presenta el Bromista ante Batman y Batichica. Sin embargo, cuando el juego se vuelve potencialmente mortal, el Bromista se hecha para atrás ya que él no es ningún asesino. El Guason decide que el Bromista necesita experimentar el mismo origen que lo creo a él, y se prepara para lanzar a Donnie a un tanque con sustancias químicas. Cuando Batman y Batichica aparecen para salvarlo, el Guason consigue derrotarlos. Ahora todo queda en manos del joven aprendiz.

Cuando Maximilian Zeus pierde las elecciones por la alcaldía contra Marion Grange, Zeus decide simplemente apoderarse de la ciudad por la fuerza. Gobernando desde una plataforma voladora del tamaño de un portaaviones, Zeus lanza rayos capaces de destruir edificios. Batichica salta a bordo del portaaviones desde un tejado, y se infiltra en la red de conductos, mientras que Batman se ve obligado a sacar una nueva arma de su arsenal, el Batwing.