Die bunt gemischte Truppe der menschlichen Überlebenden befindet sich noch immer auf der Flucht vor ihren cylonischen Verfolgern. Alle 33 Minuten müssen sie ihre Position wechseln, um von den Cylonen nicht geortet zu werden. Lange werden sie das gefährliche Spiel nicht mehr gewinnen können, denn die Crew befindet sich nach über 130 Stunden auf den Beinen am Rande der Erschöpfung.

Endlich ist die Flotte den Cylonen entkommen. Doch die Gefahr ist noch immer nicht gebannt: Ein Saboteur treibt auf dem Schiff sein Unwesen. Nach und nach sprengt er die Wasservorräte der Galactica, sodass über die Hälfte verloren geht. Wird der Übeltäter noch rechtzeitig gefunden werden?

Bei einem Unfall auf dem Kampfstern Galactica sterben 13 Piloten. Das Ereignis ruft bei Lieutenant Kara Starbuck Erinnerungen an ihren ehemaligen Geliebten Zak wach, der wegen seiner Unerfahrenheit während eines Kampfeinsatzes ums Leben kam. Kara fühlt sich als Ausbilderin der Piloten für seinen Tod verantwortlich und schwört sich, dass ihr solch ein Fehler nie wieder passieren wird.

Kurz nachdem Starbuck Commander Adama ihre Mitschuld an dem Tod seines Sohnes gesteht, wird das Schiff von Cylonen angegriffen. Starbuck stürzt sich in den Kampf und kehrt nicht zurück. Doch der Commander ist nicht bereit, sie aufzugeben. Mit allen Mitteln will er die junge Frau wiederfinden, tot oder lebendig.

Nach langer Reise und vielen Kämpfen findet die Crew der Galactica zusammen mit den anderen Schiffen endlich den verloren geglaubten Planeten Kobol.

Nachdem die Galactica den Planeten Kobol entdeckt hat, muss die Besatzung feststellen, dass sich dort Zylonen befinden. Beim Versuch, auf Kobol zu landen, werden mehrere Raptors der Galactica zerstört und einer zur Bruchlandung gezwungen.

Nachdem Commander Adama kaltgestellt wurde, bedroht eine Cylonen-Flotte die Galactica. Um den künstlichen Verfolgern zu entkommen, wagen sie erneut einen Überlichtsprung und finden sich plötzlich in einem leeren Teil des Alls wieder, ohne den Rest der Flotte. Ein waghalsiger Plan soll die Galactica zurück zur Flotte führen, doch nur Adama kann ihn ausführen. Wird es ihm gelingen?

Die Cylonen haben es geschafft: Sie sind in die Galactica eingedrungen. Leichen und Blut säumen ihren Weg durch das Schiff. Ihr Ziel: die Druckshots an Bord zu öffnen, um die komplette Crew ins All zu befördern. Wird ihnen diese tödliche Mission gelingen?

Präsidentin Roslin sitzt noch immer im Gefängnis. Langsam fängt sie an durchzudrehen. Derweilen ist Tigh völlig überfordert mit der Situation und der neu gewonnenen Verantwortung. Jetzt verlangt der Rat der Zwölf auch noch eine Rechtfertigung von ihm für die Gefangennahme der Präsidentin. Seine letzte Rettung ist immer häufiger der Griff zur Flasche.