Il dottore Gaius Baltar continua a vedere e a parlare con il cylone di cui si era innamorato prima della distruzione di Caprica, anche se reputa che questa donna sia solo frutto della sua immaginazione. Una ragazza di nome Godfrey identica al cylone della immaginazione di Baltar, si presenta ad Adamo con delle prove che accuserebbero il dottore di aver tradito la propria razza e venduto informazioni circa il sistema informatico delle colonie ai Cyloni. Il dottor Gaius, disperato per le accuse, si rivolge a Dio, nel quale sembra credere fortemente anche il cylone della sua immaginazione. In quel mentre si scopre che le prove portate da Godfray sono false. Intanto Godfrey scompare e non si riesce a trovarla in nessuna nave della flotta. Il dottore esce rafforzato dalla crisi e la sua popolarità sale:è infatti per tutti un eroe che cerca di costruire un rivelatore cylone e che per questo subisce attacchi da parte dei robot. Su Caprica tra Helo e la copia di Sharon intanto nasce una relazione. Kara cerca di rimetersi in piedi.

Una giornalista monta un servizio in cui si vedono alcuni militari che (durante una rivolta) uccidono dei civili. Adamo e Roslin temono che questo potrebbe far scoppiare altre rivolte nella flotta. Alla giornalista viene offerta la possibilità di assistere alla vita di bordo sul Galactica sperando che così cambi idea e non mandi il servizio. Il colonnello Tigh è accusato pubblicamente per alcuni errori commessi ma Adamo è costretto a difenderlo perché non può sacrificare i suoi uomini, visto l'esiguo numero rimasto. La vita a bordo si rivela dura, irta di pericoli, snervante, piena di complotti, pericoli, ed incomprensioni: qualcuno infatti tenta di uccidere il colonnello Tigh. La giornalista nasconde però una missione segreta e non è in realtà chi afferma di essere: la giornalista in realtà è un cylone.

"Il Ballo" è una specie di torneo di pugilato, periodico, praticato a bordo del Galactica. Nato per scaricare tensioni e conflitti indipendentemente da ruolo e grado dei singoli pertecipanti, stavolta diventa l'occasione di incontro/scontro soprattutto tra i militari rimasti sul Galactica e quelli che si erano trasferiti su New Caprica.

Tra i match, tosti e brutali come previsto, spiccano quelli tra Helo e Apollo (per la voglia di rivalsa di quest'ultimo), l'Ammiraglio Adamo - che prende poi la parola per una ammissione di colpa collettiva - e Capo Tyrol (di cui vediamo il flashback della discesa su New Caprica autorizzata da Adamo, uno degli errori di cui l'Ammiraglio si vergogna) e, soprattutto, tra Scorpion ed Apollo (quest'ultimo di esasperata violenza) che ripercorrono con la memoria quello che c'era stato tra loro la notte precedente al matrimonio di Kara con Anders, mesi prima sul pianeta scoperto. Alla fine, sul ring, rimangono solo loro due, a confessarsi il reciproco affetto.

A due settimane di distanza, i più provati per la perdita di Scorpion sono naturalmente Sam (che cadendo ubriaco da un Viper su cui era salito si infortuna ad una gamba), Apollo (che ha perso le sue doti di leadership come CAG) e l'Ammiraglio Adamo, che la considerava come una figlia. Viene sorteggiata la giuria che giudicherà Gaius Baltar, composta da 5 comandanti di navi tra cui l'Ammiraglio Adamo. L'avvocato di Baltar viene assassinato, così l'Ammiraglio Adamo decide di rimuovere Apollo dal suo incarico come CAG (assegnando temporaneamente l'incarico ad Helo) e di assegnarlo alla sicurezza del nuovo avvocato di Baltar, un personaggio ambiguo ed ambizioso (vuole difendere Baltar per costruirsi un nome e fama) che in passato aveva lavorato assieme al nonno avvocato di Apollo. Questa decisione dell'Ammiraglio crea un primo contrasto con suo figlio. Un distratto Apollo e l'avvocato di Baltar si salvano fortunosamente da un nuovo attentato: l'Ammiraglio rimprovera duramente Apollo e l'acredine fra i due si accentua. Nel frattempo Apollo, manovrato con abilità dall'avvocato di Baltar, inizia ad appassionarsi alla pratica forense in generale ed al caso di Baltar in particolare. Apollo smaschera con un colpo di fortuna l'attentatore, a questo punto l'ammiraglio vorrebbe restituirgli l'incarico di CAG ma lui rifiuta per restare a collaborare con l'avvocato alla difesa di Baltar. Fra padre e figlio oramai è scontro aperto.

Boomer ed Ellen raggiungono il Galactica: il capo Tyrol riconosce Boomer e sembra rivederla con piacere, ma Adama ordina che ella sia immediatamente confinata in cella.

Ellen aggiorna Adama, Lee e la Roslin sulle intenzioni di Cavil di ripristinare la resurrezione, dopo di che fa appassionatamente l'amore con Saul. Saul le racconta di stare con Caprica 6, ed Ellen fa una scenata di gelosia.

Caprica 6 viene aggredita a "Dogsville", dove i marines non riescono più a tenere l'ordine fra la gente affamata.

Gli ultimi 5 si ritrovano al capezzale di Sam, anche una 6 e una 8 sono presenti: la 6 e la 8 propongono agli ultimi 5 di lasciare la flotta che non è più sicura per loro, soprattutto ora che la figlia di Saul e di Caprica non li rende più dipendenti dagli umani per la riproduzione. Alla notizia della gravidanza Ellen impazzisce letteralmente di gelosia: il personaggio pacato e riflessivo visto nel precedente episodio ha lasciato spazio ad una persona tormentata da passioni umane. Saul decide di restare sul Galactica, Tyrol e Tori di andarsene, assumendo il voto di Sam come identico a quello di Saul, la decisione spetta ad Ellen, che chiede più tempo per decidere.

Ellen va a trovare Caprica 6 e le fa sapere di aver fatto l'amore con Saul, dopo di che convoca una nuova riunione con tutti i Cyloni a bordo del Galactica, per comunicare di aver deciso che i Cyloni lasceranno la flotta. Saul ancora una volta si oppone, Ellen lo accusa di amare il Galactica e William Adama più di chiunque altra persona. La lite si fa furibonda, nel frattempo Caprica 6 si sente male. Portata in infermeria, nonostante le rassicurazioni di Saul ed Ellen perde il bambino. Saul va negli alloggi dell'ammiraglio a cercare conforto: i due si abbracciano, il bambino si sarebbe chiamato "Liam", diminutivo di William.

Baltar richiede ed ottiene dall'ammiraglio di poter armare le proprie "devote", per poter difendere se stessi e i viveri all'interno di Dogsville.

Le riparazioni del Galactica ad opera dei Cyloni con tecnologia e materiali Cyloni continuano, nonostante Adama sia quantomeno preoccupato.

Al termine dell'episodio, il capo Tyrol va a trovare Boomer in cella, mentre l'encefalogramma di Sam mostra segni di attività.