Negli ultimi tempi il comportamento di Adamo è strano, è distratto e trasmette in segreto messaggi dalla sua cabina. Durante un attacco nemico il comandante inoltre sparisce per riapparire con Ellen Tigh, moglie del colonnello, anche se teme che lei sia un cylone. La presenza della donna con il suo comportamento libertino e falso complica i rapporti tra gli uomini dell'equipaggio, specialmente tra il comandante Adamo ed il colonnello Tigh. Intanto vengono effettuate le prime analisi con il rivelatore di Cyloni del dottor Gaius Baltar, il quale camuffa i risultati dei test, facendo "passare" tutti come umani.

Baltar, adesso nella prigione del Galactica, tenta il suicidio, impiccandosi, ma viene tratto in salvo e rianimato. Nell’hangar, passata un parete mobile, Apollo invita Tyrol al Joe’s Bar dove iniziano a parlare delle proprie situazioni familiari mentre nell’alloggio dell’Ammiraglio si discute come ottenere informazioni da un Baltar estremamente provato sia dalla prigionia attuale che da quella cylone.

Apollo e Scorpion stanno entrambi vivendo una profonda crisi nei loro matrimoni, ma non sanno come cambiare le cose, soprattutto perché non riescono a fidarsi completamente l’uno dell’altra. In cella, intanto, si vede ribaltata la situazione di New Caprica: è la Roslin, adesso, a far visita da presidente al prigioniero Baltar, ma con gli stessi effetti del precedente colloquio: l’interrogato respinge tutte le accuse. L’Ammiraglio Adama allora propone una soluzione estrema; ricorrere a sostanze allucinogene per ottimizzare gli effetti di un interrogatorio breve ma intenso. Baltar si ritrova in una grande pozza d’acqua al freddo ed al buio con solo la luce di Adama a fargli da guida ed inizia a vuotare il sacco. Parla dei Cinque Cyloni e del proprio coinvolgimento con Numero Sei su Caprica, ma, di nuovo, nega ogni addebito. Di fatto, vede se stesso come una vittima degli eventi.

Anders e Dualla, quasi contemporaneamente esprimono ai loro coniugi tutte le riserve sui loro matrimoni ormai a pezzi e Scorpion ed Apollo avrebbero la possibilità di ricongiungersi, ma, di nuovo, le loro incomprensioni hanno la meglio. Come ultimo tentativo, Adama e Roslin inviano Gaeta a parlare con Baltar ma lo scienziato, accortosi del trucco, insulta il tenente e solo il tempestivo intervento di Roslin, Adama e Tigh gli impedisce di essere ucciso.

Al Joe’s Bar le due famiglie si sono riconciliate, ma… per quanto ancora questa tregua potrà continuare? Da parte sua Roslin rassicura l’Amiraglio Adama sull’affare Baltar: “Gli daremo il suo processo” conclude.

L'episodio si apre con il rito funebre per Cally. Il colonnello Tigh fa visita a Caprica Sei in cella, tutti i giorni. Tory e Saul Tigh visitano il neo vedovo Galen Tyrol e lo rimproverano per il suo strano comportamento, potrebbe rivelare la loro identità di cyloni. Tory chiede a Tyrol perché Cally si sia suicidata (ma è stata Tory stessa ad ucciderla, vedi ep. precedente), Tyrol è convinto che il suicidio sia dovuto al fatto che Cally credesse che lui e Tory avessero una relazione, cosa non vera. Saul consiglia a Tyrol di affrontare il dolore da uomo, forte, mentre Tory gli ricorda che loro sono cyloni per cui devono mettere da parte i sentimenti. Un gruppo di uomini col volto mimetizzato (i figli di Ares) gettando una granata fumogena, irrompono nella comunità dove risiede Gaius Baltar, picchiano le donne e devastano gli arredi alla ricerca di Baltar, ma il raid non porta risultati e gli aggressori dopo soli due minuti fuggono. Intanto il capo Galen Tyrol con la mente oppressa dai recenti accadimenti sbaglia a sostituire un ricambio su un caccia e questo provoca un grave incidente di volo. Gaius dopo l'assalto subito assale a sua volta un gruppo di religiosi in preghiera degli antichi dei (Zeus, Afrodite, Artemide), sfiorata la rissa arrivano due marines della sicurezza che lo arrestano. L'ammiraglio ed il presidente Roslin sono preoccupati per l'escalation di violenza a sfondo religioso, dopo una visita a Baltar in cella il presidentre lo fa rilasciare. L'ammiraglio raggiunge Tyrol al bar e cerca di consolarlo per la perdita di Cally, ma lui reagisce male, tanto che Adama gli revoca l'incarico di capo meccanico e lo assegna ad altro. Il presidente Roslin emana un decreto per impedire le assemblee pubbliche sopra un certo numero di partecipanti, il consiglio non è d'accordo con questa misura restrittiva. Saul Tigh visita caprica Sei nella cella, spegne le telecamere di sicurezza e allontana il personale di guardia, dopo un discorso sul dolore Caprica Sei lo picchia a sangue sul volto chiedendogli "Che cosa provi Saul? Riesci a vedere le cose con chiarezza?". Gaius Baltar viene picchiato da un marine che obbediva all'ordine di restrizione delle assemblee, Gaius voleva solamente entrare nei suoi alloggi e andare a dormire, ma dentro c'erano altre persone il cui numero superava quello prefissato dalla legge. Sopraggiunge Lee Adama con altri marines che annuncia l'annullamento delle restrizioni per le assemblee, il consiglio ha votato per la cancellazione del decreto restrittivo. Adama continua a leggere alla Roslin mentre questa si sottopone alle cure. Gaius ferito e sanguinante attira ancora più a sé le sue seguaci. In cella Caprica Sei ammette lo sbaglio di aver picchiato Saul e capisce che lui ha bisogno d'amore, lo bacia. L'episodio si conclude con Gaius che parlando alla folla di seguaci afferma: "Voi dovete amare voi stessi, come potrete amare gli altri se non amate voi stessi? Voi siete perfetti perché Dio vi ama come siete per cui ognuno di voi è perfetto, voi siete perfetti così come siete.". La folla lo applaude.

Boomer ed Ellen raggiungono il Galactica: il capo Tyrol riconosce Boomer e sembra rivederla con piacere, ma Adama ordina che ella sia immediatamente confinata in cella.

Ellen aggiorna Adama, Lee e la Roslin sulle intenzioni di Cavil di ripristinare la resurrezione, dopo di che fa appassionatamente l'amore con Saul. Saul le racconta di stare con Caprica 6, ed Ellen fa una scenata di gelosia.

Caprica 6 viene aggredita a "Dogsville", dove i marines non riescono più a tenere l'ordine fra la gente affamata.

Gli ultimi 5 si ritrovano al capezzale di Sam, anche una 6 e una 8 sono presenti: la 6 e la 8 propongono agli ultimi 5 di lasciare la flotta che non è più sicura per loro, soprattutto ora che la figlia di Saul e di Caprica non li rende più dipendenti dagli umani per la riproduzione. Alla notizia della gravidanza Ellen impazzisce letteralmente di gelosia: il personaggio pacato e riflessivo visto nel precedente episodio ha lasciato spazio ad una persona tormentata da passioni umane. Saul decide di restare sul Galactica, Tyrol e Tori di andarsene, assumendo il voto di Sam come identico a quello di Saul, la decisione spetta ad Ellen, che chiede più tempo per decidere.

Ellen va a trovare Caprica 6 e le fa sapere di aver fatto l'amore con Saul, dopo di che convoca una nuova riunione con tutti i Cyloni a bordo del Galactica, per comunicare di aver deciso che i Cyloni lasceranno la flotta. Saul ancora una volta si oppone, Ellen lo accusa di amare il Galactica e William Adama più di chiunque altra persona. La lite si fa furibonda, nel frattempo Caprica 6 si sente male. Portata in infermeria, nonostante le rassicurazioni di Saul ed Ellen perde il bambino. Saul va negli alloggi dell'ammiraglio a cercare conforto: i due si abbracciano, il bambino si sarebbe chiamato "Liam", diminutivo di William.

Baltar richiede ed ottiene dall'ammiraglio di poter armare le proprie "devote", per poter difendere se stessi e i viveri all'interno di Dogsville.

Le riparazioni del Galactica ad opera dei Cyloni con tecnologia e materiali Cyloni continuano, nonostante Adama sia quantomeno preoccupato.

Al termine dell'episodio, il capo Tyrol va a trovare Boomer in cella, mentre l'encefalogramma di Sam mostra segni di attività.

Altre 61 persone, di cui 26 Cyloni, perdono la vita durante le riparazioni del Galactica per i danni causati da Boomer al momento del salto FTL. Oramai il Galactica sembra giunto al capolinea: i tecnici Cyloni non gli danno più di 5 ulteriori salti, mentre i capitani delle altre navi litigano per accaparrarsi eventuali pezzi di ricambio estratti dal Galactica stesso.

Ellen afferma che Cavil potrebbe aver portato Hera alla "Colonia", vale a dire dove i centurioni e gli ultimi 5 si erano ritirati dopo la prima guerra con gli umani. Anche se riluttante, l'ammiraglio acconsente a far partire un caccia pesante per verificare se Hera sia stata effettivamente portata lì. Il caccia pesante raggiunge la colonia ma la trova abbandonata. Helo chiede un Raptor per una nuova ricerca ma l'ammiraglio rifiuta.

La Roslin è in infermeria, oramai morente, e confessa ad Adama che gli ultimi mesi passati assieme a lui sono stati i più belli della sua vita. Nel frattempo Athena, Caprica 6 e la stessa Roslin continuano ad avere lo stesso sogno che Hera al teatro dell'Opera che se ne va con Baltar e Caprica 6.

Boomer durante il viaggio si affezione ad Hera: assieme condividono la proiezione di Boomer della casa con Tyrol (che quindi non era fasulla per raggirare il capo). Anche se la bambina è solo per metà Cylone, Hera è in grado di fare la proiezione. Arrivati a destinazione in un misterioso luogo, Boomer consegna Hera a Cavil.

I Cyloni sul Galactica collegano Sam ad un dispositivo neurale simile a quello degli ibridi sulla loro nave: Sam apre gli occhi e si mette a parlare come un ibrido. Tramite la sostanza Cylone con cui si sta riparando il Galactica, Sam si collega a tutti i dispositivi elettronici, inclusi i motori FTL, per questa ragione Tigh ordina di disattivarlo.

Kara porta le piastrine che ha ritrovato sulla terra a Baltar: questi le esamina ed appura che il DNA su di esse è effettivamente di Kara. Al funerale dei 61 morti, Baltar annuncia davanti a tutti che Kara è effettivamente morta ed ora è un angelo in mezzo agli uomini.

Lee dimostra a Kara il suo amore ed il suo affetto indipendentemente da quello che sia successo, ma Kara affigge la propria foto tra quella degli altri morti in battaglia, poi va da Sam e lo riattiva: assieme a lui vuole capire il perché della canzone e la propria vera natura.

Adama e Tigh, nell'alloggio dell'ammiraglio, decidono che è giunto il momento di smantellare ed abbandonare il Galactica.

The first Cylon war has been raging for 10 years and a young Ensign William Adama joins the fleet. He's disappointed not to be assigned to a fighter but to a freighter. His co-pilot, Lt. Coker Fasjovic, isn't too keen on having a rookie flying his aircraft as he has only a short time before he again becomes a civilian. Their cargo is a civilian scientist, Dr. Becca Kelly, but they no sooner leave than she has new orders for them and a new destination. She is less than forthcoming about just what her secret mission is but Adama is keen, particularly as it involves going into Cylon controlled space. Nothing is as it seems however.