Nina, la vicina di casa dei Brown incinta, rivela alla città che quello che porta in grambo non è suo figlio. Sara, la vera madre, ha cinquantacinque anni e non può avere più figli, perciò si è affidata a Nina per averne uno. Tutta la comunità di Everwood è in disaccordo con la scelta di Nina, che l'ha fatto non solo per carità, ma anche per soldi e avere il marito a casa più volte all'anno (lui è infatti spesso in giro per lavoro). A scuola Ephram conosce Wendell (guest star Cody McMains), un tipo piuttosto strano che vuole aiutarlo a fare colpo su Amy. Intanto anche Delia ha un nuovo "amico", il bulletto Magilla (guest star Bret Loehr), che gli ruba alcune cose, ma poi capisce che ha bisogno di un amico tanto quanto la nuova arrivata. Nina inizia ad avere le doglie e il Dr. Brown insieme a Ephram l'accompagnano all'ospedale. In macchina il bambino inizia a spingere un po' troppo e i due sono costretti a fermarsi in una caffetteria e a far nascere il bambino con pentole e lacci delle scarpe. Tutto procede bene e il bambino è sano. Amy vorrebbe invitare Ephram a una festa, ma le sue amiche non lo vogliono e si inventano una scusa per non farlo venire. Ephram è molto dispiaciuto e si arrabbia con Amy, che alla fine decide di non andare alla festa e di scusarsi con il ragazzo.

A Everwood hanno deciso di demolire il ponte dei baci, un ponte che ormai si regge in piedi per miracolo, ma che ha dietro di sé una storia straordinaria. Edna sembra essere l'unica a preoccuparsene, dato che ci è molto affezionata. La donna non vuole ammetterlo, ma alla fine riesce a parlarne con Irv, suo marito. Nel frattempo i due dottori notano che in città si sta diffondendo la gonorrea e, sotto consiglio del Dr. Brown, decidono di fare educazione sessuale ai ragazzi del liceo. Ephram, Amy e Bright non sono affatto felici della cosa e si sentono imbarazzati. Inoltre si sta avvicinando il ballo della scuola e Amy è triste perché non può andarci con Colin (guest star Mike Erwin), che è ancora in coma. Ephram si offre di accompagnarla a Denver per andare a salutare il ragazzo all'ospedale e a invitarlo al ballo, anche se naturalmete non può né sentire né parlare. Amy ed Ephram dunque saltano la scuola e vanno a Denver, lasciando i genitori preoccupati ad aspettarli a casa. Quando il Dr. Brown per l'angoscia sta per chiamare la polizia, il Dr. Abbott lo informa che probabilmente sa dove sono i loro figli, cioè all'ospedale di Colin. I due medici vanno a recuperare i ragazzi che hanno perso l'ultimo autobus e sono bloccati in un bar. Infine Edna riesce a riconciliarsi con il passato facendo saltare in aria lei stessa il ponte dei baci.

Un daino ha lasciato il suo habitat naturale tra le montagne e vagando è arrivato fino a casa dei Brown, che se lo ritrovano in giardino. Andy chiama la protezione animali, ma Ephram, che scopre che il daino verrà lasciato in una terreno di caccia, decide di riportarlo personalmente a casa. Andy ed Ephram allora vanno a fare un'escursione tra i boschi con il daino, in modo da riportarlo nella riserva. Intanto Delia sta a casa di Edna e Irv, ma è molto triste a causa di una domanda che le ronza nella testa: Dio esiste e se esiste come lo si prova? Secondo Magilla (guest star Bret Loehr), il suo nuovo amico, Dio non esiste e scoppia una discussione in classe. Delia ne parla anche con Edna, che però capisce che la piccola non sta cercando Dio, ma il Paradiso, dove spera si trovi la sua mamma morta. Edna porta con sé Delia dal rabbino più vicino: un soldato in una base militare (guest star Jeremy Elliot). Il soldato non da risposte molto convincenti alla piccola Delia ma lei riesce comunque a ritrovare Dio quando, tornando a casa con il sidercar di Edna, la benzina dura più del dovuto. Ephram e il padre arrivano alla riserva, che però è in cenere. Portano perciò il daino in un posto più a nord, lontano dai cacciatori. Infine, una volta tornato a Everwood, Ephram trova il coraggio di chiedere al padre di aiutare Colin e di dire ad Amy di averle mentito.

A Everwood è arrivata la dottoressa Trott (guest star Jane Krakowski), una psicologa che passa di paese in paese con il suo studio mobile in un camper. Andy parla con i genitori di Colin, ma all'ultimo si tira indietro poiché non si sente pronto e ha paura. Dice tuttavia che siano stati gli Hart a rinunciare, ma Amy rivela a Ephram che non è così. Ephram è arrabbiato con il padre che si è tirato indietro e anche Amy ne è dispiaciuta. Intanto a Delia viene proibito dai genitori di Magilla di vedere il bambino, che si comporta in modo strano. Edna confida ad Andy che Magilla (Bret Loehr) in realtà non è nato maschio e che quindi stando con Delia si comporterebbe da femmina. I genitori del bambino perciò decidono di mandarlo in una scuola maschile, in modo che possa formarsi da maschio durante le pubertà. Delia è molto dispiaciuta e Andy riesce e fare incontrare i due amici per l'ultima volta prima della partenza di Magilla. Amy ha un mancamento a causa di Colin, che secondo la ragazza non si sveglierà mai. Il Dr. Abbott vedendo sua figlia in quelle condizioni va dal Dr. Brown a dirgli di comportarsi come ha sempre fatto e di curare Colin. Andy riuscirà a ritrovare fiducia in sé stesso proprio grazie a una seduta dalla dottoressa Trott, che ormai è in procinto di andarsene.