La squadra ha soltanto poco tempo a disposizione per scoprire cosa è accaduto ad un venditore d'auto assassinato prima che le sue ossa si disintegrino completamente.

Nel 100esimo episodio vediamo il primo incontro tra Bones e Booth nel passato e l'evoluzione della loro amicizia nonchè del loro rapporto professionale.

Una tempesta causa un black out durante un'indagine su un caso di omicidio e il team deve adattarsi a lavorare senza i loro giocattoli tecnologici. Sweets intanto s'intromette ancora una volta tra Booth e Brennan quando quest'ultimi rimangono bloccati in un ascensore.

Christopher Pelant, un sospettato in un vecchio caso di Brennan e Booth, torna in tribunale per un appello. Sapendo di quello che è capace, i due avvisano il giudice che è il sospettato in due casi di omicidio. Booth e Bones si recano sulla scena di un altro omicidio e si rendono conto che la vittima è amica di Brennan.

In questo finale dell'ottava stagione: Il genio del male Christopher Pelant torna a giocare con la squadra del Jeffersonian nella loro ultima indagine, dove si scopre che una serie di omicidi sono legati ad agenti dell’FBI molto vicini a Booth. Nel corso delle indagini, Sweets si rende conto che alcune prove gli sembrano fin troppo familiari e Brennan inizia a riconsiderare la sua relazione con Booth quando quest’ultimo sembra essere il prossimo bersaglio di Pelant.

Con Kovac ancora in libertà, la squadra cerca di rintracciarlo in ogni modo. Dopo che la Brennan sperimenta una battuta d'arresto, il resto del team deve capire come trovare Kovac senza di lei, mettendo in pratica tutto ciò che lei ha insegnato loro negli anni. Quando ogni indizio indica che Kovac ha un aiuto esterno, e anche un nascondiglio, Booth e la Brennan vanno a cercarlo.