Während die Voyager nach der Crew des abgestürzten Delta-Fliegers sucht, die aus Tuvok, Paris und Ensign Samantha Wildman besteht, muss Neelix auf Naomi aufpassen. Als sich herausstellt, dass Samantha schwer verletzt ist, muss er entscheiden, wie viel er ihrer Tochter sagen soll.

Nachdem sie auf ein Stück Borg-Technologie namens Vinculum gestoßen ist, das die Gedanken der Drohnen miteinander verbindet, zeigt Seven of Nine die Persönlichkeiten der Menschen, die sie als Mitglied des Kollektivs assimilierte. Bald werden sie so stark, dass sie Sevens eigene Persönlichkeit überwältigen können.

Der Doktor entdeckt, dass sein Kurzzeitgedächtnis durch das Löschen einiger Ereignisse verändert wurde. Er leitet daher eine Untersuchung ein, wer oder was dafür verantwortlich sein könnte. Als ihm eine Falle stellt und der Täter gefasst wird, ist er schockiert darüber, wer es ist und warum er es tut.

Die Entdeckung eines Wurmlochs, das direkt zur Erde führt, läßt die Crew euphorisch werden, aber Seven Of Nine ist nicht überzeugt, dass das Wurmloch real ist. Um ihrer Sache zu helfen, rekrutiert sie Naomi Wildman, den Doktor und einen außerirdischen Piloten namens Qatai, um das Schiff am Durchfliegen des Wurmlochs zu hindern.

Nachdem sie ein Borg-Schiff besiegt hat, beschließt Captain Janeway, eine andere beschädigte Sphäre anzugreifen, um eine Trans-Warp-Spule zu stehlen. Während sich die Crew auf ihren Überfall vorbereitet, ist der Borg-Königin der gesamte Plan im Geheimen bekannt. (Sternzeit: 52619,2)

Die Borg entdecken Janeways Plan eine Transwarp-Spule zu stehlen, und greifen auf den neuralgischen Transceiver von Seven Of Nine zu, um ein Ultimatum zu formulieren: Wenn Sie sich erneut dem Kollektiv anschließt, werden das Schiff und seine Crew nicht assimiliert. Wenn Seven einverstanden ist, wird dem Schiff eine sichere Passage durch den Borg-Raum garantiert.

Die Voyager trifft auf ein anderes Raumschiff der Föderation, die Equinox, die von Captain Ransom befohlen wird und ebenfalls vom Fürsorger entführt wurde. Ein schreckliches Geheimnis wird jedoch über Captain Ransom enthüllt, der Technologie von der Voyager zusammen mit Seven of Nine und dem Doktor als Geiseln stiehlt.

Seven of Nine entdeckt, dass sie in der Vergangenheit bereits schon einmal zusammen mit ein paar anderen aus dem Kollektiv befreit wurde und für ihre erneute Assimilation verantwortlich war. Diese Anderen möchten nun zu ihrer Individualität zurückkehren, aber es kann Sie das Leben kosten, genauso wie Seven. (Sternzeit: 53049,2)

Das Schiff gerät in Gefahr, als es von einer als Turei bekannten Territorialrasse angegriffen wird. Während die Voyager sich auf einem Planeten befindet, versucht Captain Janeway, sich mit seinen Einwohnern, dem Vaadwaur, zu verbünden. Sie beginnt jedoch bald zu glauben, dass der Vaadwaur eine größere Bedrohung darstellt als der andere Feind im Orbit.

Eine durch zu viele Daten überlastete Seven of Nine verbreitet Gerüchte über Meuterei und Aufstand, als das Schiff einem außerirdischen Fremden begegnet. Der Fremnde verfügt über eine Technologie, die das Schiff um Lichtjahre näher nach Hause katapultieren und die Reise um Jahre verkürzen kann.

Die Voyager wird zum Ziel einer Gesellschaft, an deren Entstehung sie in kurzer Zeit unabsichtlich mitgewirkt hat.

Die Crew der Voyager erlebt lebendige Erinnerungen und Träume von einer Schlacht, an die sie sich nicht erinnern können, mit einem Feind, dem sie noch nie begegnet sind.

Fähnrich Lindsay Ballard kehrt zu Voyager zurück, nachdem sie während einer vorangegangenen Aussenmission getötet wurde. Eine außerirdische Rasse, die als Kobali bekannt ist und deren einzige Fortpflanzungsmethode die „Auferstehung“ der Toten durch Gentechnik ist, hatte sie wiederbelebt und sie als neues Mitglied ihrer Rasse aufgenommen. Als das volle Ausmaß ihrer neuen Kobali-Gene aktiviert ist, erreicht sie einen Punkt, an dem sie zwischen ihrem alten Zuhause auf dem Schiff oder ihrem neuen Zuhause bei ihrer Adoptivfamilie Kobali wählen muss.

Ichebs Eltern werden gefunden und wollen ihren Sohn gerne wieder bei sich haben. Icheb ist erst skeptisch, weil die Lebensart auf seiner Heimat im Vergleich zur Voyager sehr einfach zu sein scheint. Auch Seven widerstrebt der Gedanke Icheb gehen zu lassen, aber die Familienbande werden stärker. Es gibt jedoch ein dunkles Geheimnis im Zusammenhang mit Ichebs Assimilation, das zu einer Überraschenden Wendung führt.

Kes kehrt voller Wut zur Voyager zurück und macht Captain Janeway für ihre Vergangenheit verantwortlich. Mit ihren erweiterten Ocampa-Kräften reist sie durch die Zeit, um die Crew den Vidiianern zu übergeben.

Nachdem sich die Voyager in der Nähe einer Raumspalte befindet, wird Chakotay im Maschinenraum verletzt und verlässt seinen Körper in einen zeitlichen Fluss. Nach einer Behandlung in der Krankenstation erlangt er unbeabsichtigt die Fähigkeit, über durch das ganze Schiff verteilte Risse in der Zeit zu reisen, wodurch er verschiedene Stadien der Geschichte der Voyager besuchen kann.

Als Voyager eine Ansiedlung von Talaxianern auf einem Asteroiden entdeckt, die sich in einem Konflikt mit einem Bergbaukonsortium befindet, kann die Crew ein neues Zuhause für die Bevölkerung finden. Als ein bewaffneter Konflikt zwischen den Bergbaubetrieben und den Talaxianern ausbricht, wird Neelix die Chance auf ein neues Leben abseits der Voyager in der Kolonie geboten. (Sternzeit 54868,6)