Les destins de Peter, Nathan et Matt ont été révélés. Une mystérieuse force est apparue, terrassant les Heroes. Alors que les Bennet tentent de vivre le plus normalement du monde, Hiro, propulsé dans le Japon féodal, rencontre son héros : Takezo Kensei. Maya, aidée par son frère Alejandro, essaie de traverser la frontière américaine pour "guérir" de ses dangereux pouvoirs.

Enquêtant sur une mort étrange, Matt reçoit une aide inattendue. Les efforts de Claire pour cacher ses facultés sont anéantis par un mystérieux étudiant. Niki et Micah quittent Las Vegas et le Dr Suresh doit trouver l'Haïtien. Pendant ce temps, Hiro, décu par Kensei, essaie de corriger les effets de son passage dans le passé. En Irlande, un de nos héros côtoie la mafia locale…

Suresh est déconcerté par la découverte d'une toile d'Isaak Mendes décrivant la mort d'un de ses proches. Maya utilise ses dangereux pouvoirs pour sortir Alejandro de prison. Ando retourne travailler au Japon et fait une drôle de découverte. Pendant ce temps, dans le japon féodal, Hiro décide de terminer sa mission auprès de Kensei. Niki et un Heroes perdu passent un drôle d’accord pour atteindre leur but. Deux êtres familiers aux pouvoirs surprenants font un retour inattendu.

Pendant ses pauses, Monica Dawson, serveuse dans un fast food local, montre d'étranges facultés à l'insu de son cousin Micah. Angela Petrelli fait une atroce révélation. Alors que "le démon" hante toujours Molly, Matt lui demande de mettre ses peurs de côté afin de le localiser. Les résultats obtenus sont terribles. Alors qu’ils se rapprochent de la frontière américaine, Maya et Alejandro font une sinistre rencontre.

En Irlande un Heroes solitaire tente de se souvenir de son passé et découvre qu'une mystérieuse femme est prête à tuer pour le retrouver. Matt et un allié inattendu s'envolent vers Philadelphie pour chasser "L'homme des cauchemars". Suresh rencontre son nouveau partenaire et se voit confier une mission déconcertante. Mr Bennet passe à la vitesse supérieure pour protéger sa famille. Pendant ce temps, Ando tente de comprendre ce qui est arrivé à Hiro.

West convainc Claire de donner une leçon à Debbie alors que cette dernière a refusé sa candidature dans l'équipe des Pom-Pom Girls. Alors que Suresh est confronté à un fort dilemme avec "La Compagnie", Mr Bennet retrouve son mentor afin de découvrir les dernières toiles prophétiques d'Isaak. Pendant ce temps, proches de la frontière américaine, Alejandro commence à avoir des doutes sur les vraies intentions de "Gabriel". Peter et Caitlin cherchent un mystérieux passage peint par Peter.

Alors qu'un de ses pouvoirs oubliés se manifeste soudainement, Peter et Caitlin en apprennent plus sur le mystérieux virus. Suresh, Matt, Nathan, Niki et Bob s'associent pour repousser les attaques de "L'Homme des cauchemars". Malgré les efforts de Claire pour s'isoler, West apprend que l'homme qui l'a enlevé lorsqu'il était enfant n'est autre que Mr Bennet. Pendant ce temps, la mission de Hiro et la légende de Kensei prennent une tournure dramatique.

Nathan paye un terrible tribut pour son acte héroïque. Alors que Peter a survécu à son "explosion" au-dessus de New York, "La Compagnie" le considère comme une menace pour le Monde et l'isole, ce qui l'amène à de violents affrontements avec Elle et l'Haïtien. D.L. réalise le sacrifice ultime pour Niki et Micah. Maya utilise volontairement ses pouvoirs maléfiques pour la première fois. Un visage mystérieux, mais familier, fait son apparition.

Convaincu que "La Compagnie" va bientôt les retrouver, Mr Bennet prépare sa famille à fuir… Mais Claire a d'autres idées en tête. Hiro est de retour et apprend la mort de son père. Frappé par la douleur, il repart vers le passé et fait une incroyable découverte. Peter rencontre quelqu’un qui pourrait débloquer ses souvenirs.

Aidé de son nouvel ami, Peter se rend au Texas, chez Primatech afin de détruire le virus qui doit anéantir 93% de la population mondiale. Niki, porteuse de mauvaises nouvelles, retrouve Micah. Afin de combattre le mal, Monica teste ses pouvoirs. Hiro se lance à la poursuite de l'assassin de son père. Pendant ce temps, Matt utilise ses povoirs psychiques pour retrouver la dernière personne de la photo de "La Compagnie". Aux portes de New York, Maya doit choisir entre Alejandro et "Gabriel"…

A Odessa, à des mètres sous Primatech, les retrouvailles de Peter et Nathan s'avèrent violentes quand ils sont amenés à affronter Matt et Hiro à cause d'Adam et de sa recherche du virus. Après avoir vu son héroïque cousine se faire capturer par un gang, Micah se tourne vers le dernier espoir qui peut la sauver : sa mère. Pendant ce temps, Maya apprend à ses dépends quel monstre Sylar est réellement. Au même moment, elle décide de jouer aux Heroes pour retrouver les bonnes grâces de son père.