Suite aux événements de l'an passé, tous nos Heroes commencent une nouvelle vie : Claire fait sa rentrée à l'université. Ando et Hiro sont de retour à Tokyo et montent leur entreprise « Appelez un héros » et Peter, à nouveau infirmier, utilise son pouvoir pour sauver des vies, pendant ce temps, un cirque mystérieux dirigé par Samuel arrive en ville…

Une mort mystérieuse sur le campus a attiré l’attention sur Claire. Matt est hanté par l’esprit de Sylar et Hiro tente, avec Samuel, de réparer une erreur du passé. De son côté, Noah apprend la mort de Danko par le biais de Tracy et demande de l’aide auprès de Peter.

Sylar refait surface et se fait arrêter pour les crimes qu'il a commis dans le passé; mais sa mémoire lui joue des tours. Samuel se prépare à agrandir sa famille, mais Lydia s’inquiète des répercussions que cela pourrait avoir. Quant à Emma, elle croise à nouveau le chemin de Peter.