Hiro e Claire si uniscono per fermare Arthur e viaggiano indietro nel tempo. Peter e l'Haitiano devono affrontare Sylar per arrivare ad Arthur.

Gli eroi diventano dei veri e propri fuggitivi, impegnati a scappare da uno di loro. Sylar si mette alla ricerca del padre ed i dipinti di Matt rivelano un oscuro destino.

Matt e Peter si affrettano a recuperare Daphne e scoprono delle prove che possono rivelare i piani del governo per catturare quelli che hanno dei poteri. Sylar scopre la verità riguardo la madre da vecchie memorie del padre.

Sylar finalmente trova suo padre e Claire deve decidere se aiutare il suo nemico giurato. Danko intanto scava tra i segreti della famiglia Petrelli e Matt deve trovare una via d'uscita da una situazione esplosiva.