Il poliziotto losangelino Matt Parkman, sulla scena di un delitto, si rende conto di essere l'unico a sentire i lamenti della piccola sopravvissuta, nascosta nella cantina della casa. Intanto Peter è ormai vicino a scoprire la verità sui poteri suoi e di Nathan.

La storia di Claire con l'aitante quarterback ha un risvolto imprevedibilmente drammatico. Intanto Hiro convince il suo amico Ando che il suo destino è volare negli Stati Uniti per salvare il mondo, e Nathan sfrutta l'incidente di Peter per il suo tornaconto politico.

Dopo la sua serata con Brody, Claire si risveglia nell'ultimo posto dove avrebbe immaginato di ritrovarsi (e dove nessuno, normalmente, si risveglia). Intanto Matt incontra due persone che sembrano sapere troppe cose su di lui per non destare sospetti, e Mohinder incontra uno degli eroi.

Matt usa le sua capacità per il bene del suo matrimonio. Niki, sconvolta dopo l'ennesimo blackout, scopre che suo marito DL è fuggito di prigione. Intanto Claire racconta a suo padre quello che sta passando ultimamente.

Si avvicina la sera della partita dell'Homecoming di Claire. Sia suo padre che, dall'altra parte degli USA, Peter Petrelli, conoscono il rischio a cui è esposta: Sylar intende ucciderla per appropriarsi del potere dell'autorigenerazione...

I fatti di sei mesi prima: Chandra Suresh, il padre di Mohinder, arriva a New York in cerca di persone "speciali", e incontra un giovane orologiaio che non aspettava altro che potersi considerare speciale. Peter si diploma alla scuola per infermieri, mentre suo fratello è alle prese con un caso che può procurare notevoli grane alla sua famiglia.

Un altro viaggio nel passato potrebbe dare a Hiro l'opportunità di salvare l'amore della sua vita.

Sylar s'incontra con Claire mentre Hiro ha dei problemi collegati al suo tumore al cervello. Samuel cerca di far colpo su Vanessa, il suo amore perduto, ma le cose non vanno esattamente come previsto.