Au milieu de l'Atlantique, un navire américain est approché par un objet volant non-identifié. Le docteur Molly Anne Caffrey, analyste de l'inattendu, est immédiatement contactée par la Sécurité Nationale pour activer le plan Threshold, un protocole d'urgence prévu par le gouvernement en cas de présence extraterrestre. Sous la responsabilité de J.T.Baylock, Molly prend la direction d'une équipe de spécialistes afin d'analyser le phénomène et de déterminer s'il constitue une menace pour l'humanité...

Après avoir été criblé de balles et alors qu'il avait disparu en mer, Gunneson réapparaît au domicile de Molly et tente de la tuer avant de s'éclipser à nouveau. Le microbiologiste de l'équipe a pu déterminer que le signal émis par l'objet extraterrestre engendre une modification de l'ADN. Or Molly, Cavennaugh et Lucas ont eux-aussi été touchés par ce signal en visionnant une vidéo tournée à bord du navire...

Un des deux agents, qui surveillaient, dans l'Indiana, la maison de la mère de l'un des membres disparus du Big Horn, a disparu ! Cavennaugh et Molly se rendent sur place pour savoir ce qu'il se passe... Dans le même temps, l'équipe de Threshold, ne pouvant pas empêcher les fragments du bateau atteindre les côtes, décide d'aller à la source pour découvrir ce dont il est question...