McNulty viene incaricato di controllare il porto. Qui scopre un corpo e sfrutta l'occasione per mettere in cattiva luce il colonnello Rawls, responsabile dell'area.

Russell dirige le indagini su un caso di tredici donne trovate assassinate in un cargo container. McNulty gli offre aiuto per riportare il caso alla omicidi.

Per provvedere alla fidanzata e alla figlia, Nick decide rubare alcuni container col cugino Ziggy. Avon discute con Stringer Bell circa la droga e l'arresto di D'Angelo.

D'Angelo discute con Avon sulla partita di droga tagliata male ed esce dall'affare. Nel frattempo il caso delle donne assassinate diventa un fatto personale per McNulty.

Ziggy rischia la vita e perde la sua auto per un errore nella consegna di un carico di droga. Per aiutare il cugino in pericolo, Nick cerca di parlare con gli spacciatori.

La squadra monitora i container mentre Greggs trova una traccia per il caso delle ragazze assassinate. Nick chiede aiuto ai greci per il problema di Ziggy.

Lester Freamon e Russell continuano a studiare i traffici sui docks usando i computer clonati; sospettano di alcune irregolarità nei containers.

McNulty affronta la fallita riconciliazione con la moglie attaccandosi alla bottiglia. Sobotka comincia ad avere sospetti sul controllo dei container.

La squadra è sorpresa dalla mancanza d'attività dei loro controllati e capisce che è necessario cambiare le procedure. Vondas inizia a fidarsi di Nick.

Ziggy ruba diverse auto che vengono ricevute da George 'Double G' Glekas. Quando Glekas dimezza la parte destinata a lui, Ziggy si infuria e lo uccide.

Stringer convince Omar ad inseguire Mouzone. Nick scampa all'arresto dopo un blitz in casa che porta alla scoperta di soldi ed eroina.

Viene ritrovato un corpo galleggiante sull'acqua della baia: è Frank Sobotka. Il Greco decide di smettere di inseguire Nick dato che la polizia è in allerta.

Stanfield assume il controllo della New Day Co-Op, dicendo ai membri che Omar è il responsabile della morte di Stewart; sempre Stanfield promuove Cheese, alza il prezzo dei narcotici e sospende ulteriori incontri; Templeton scrive una storia su un veterano dell'Iraq senza tetto, e viene lodato dai suoi superiori; infine, Bunk cerca di far progressi su un caso nel modo tradizionale, non seguendo i sistemi di McNulty.