i decidono di fare dello sport e di entrare nel circolo di scherma universitario di Kripke, che, una volta saputo che Sheldon ed Amy si sono lasciati, le chiede di uscire. Nel frattempo le ragazze vanno al negozio di fumetti per aiutare Stuart, che vorrebbe aumentare la clientela femminile. Di ritorno dalla lezione di scherma Sheldon ed Amy si incontrano per le scale e parlano del fatto che Kripke abbia chiesto alla ragazza di uscire e il fisico confessa ad Amy che ha chiesto ad altre ragazze di uscire perché ciò lo potrebbe aiutare a "passare oltre", notizia che turba molto la neuroscienziata.

Sheldon è stato male per via di un'influenza ed ha trattato tutti gli amici peggio del solito; gli altri ragazzi decidono quindi di organizzare un week end a Las Vegas senza di lui, che, una volta saputa la notizia, si offende molto. Amy, però, riesce a fargli capire quanto si sia comportato male con i suoi amici, che non volevano far altro che aiutarlo, e lui decide quindi di scusarsi con tutti in maniera sincera per riuscire così a partire con loro. Nello scusarsi, però, offende ancor di più Emily dicendo che in quanto dermatologa non è un vero medico; Raj, presente alla loro discussione, non prende le parti della ragazza, che se ne va arrabbiata dalla casa del giovane indiano. Alla fine però Sheldon riesce a far capire ad Emily che, per quanto possa risultare offensivo, lui non offende mai nessuno consapevolmente e, una volta ristabilita la pace nel gruppo, i ragazzi partono tutti insieme per Las Vegas.

Penny e Bernadette raggiungono Howard e Leonard al laboratorio dell'università e si offrono di sostituirli in un lavoretto manuale mentre i due escono per comprare del materiale; durante l'uscita vengono invitati a vedere la prima del film Suicide Squad e Howard, per fargli rabbia, invia un messaggio a Raj informandolo della cosa, non sapendo che questi ha raggiunto le due ragazze. Raj, Penny e Bernadette, quindi, si organizzano per smascherare i ragazzi, che avevano detto alle mogli di essere in ritardo perché avevano bucato una ruota, ma al loro ritorno i due dicono la verità ed escono tutti a cena. Nel frattempo Amy convince Sheldon a comprare un nuovo computer e questi le mostra il deposito in cui conserva tutte le cose che ha avuto in vita sua; la ragazza, quindi, lo aiuta a compiere il primo passo nel liberarsi dal suo attaccamento a tali oggetti.

Penny, invitata a un Comic-Con di basso livello per firmare autografi, mette su lo stand con Leonard, che finisce con l'intrattenere l'attenzione dei ragazzi che si fermano a chiedergli come abbia fatto a sposarla. Intanto Howard, dopo aver sentito scalciare il bambino, si mette a comprare diversi oggetti in vista della sua nascita , tra cui una costosa culla e una monovolume, salvo finire col farsi male scaricando gli acquisti. Nel frattempo Sheldon, per fare una sorpresa ad Amy che aveva mostrato interesse a riguardo, invita degli amici a pranzo, ma, visto che è la prima volta, decide di farlo come test invitando Stuart, Bert e la signora Petrescu, la rumena che abita al piano di sotto; Stuart però si offende quando capisce il perché di quella strana comitiva e decide di andarsene, ma alla fine il fisico, dopo aver chiesto scusa per averlo sempre dato per scontato, si ubriaca insieme a lui.

Penny si sente trascurata da Leonard, che non sa cosa fare ritenendo normale che la loro relazione cambi rispetto all'inizio e le rinfaccia che lui fin dall'inizio si è impegnato al massimo; la ragazza pertanto decide di sfruttare con Amy anziché con lui il weekend gratuito in una SPA che ha vinto al lavoro. Leonard, desideroso di riappacificarsi, raggiunge con Sheldon le ragazze e i due sposi, dopo essersi parlati, chiedono a Sheldon di stipulare un contratto simile a quello che lui ha con Amy, basato sulle loro esigenze. Nel frattempo Raj e Howard tentano goffamente di risolvere il problema del rumoroso pavimento della cameretta della piccola Halley.

Sheldon, rendendosi conto che spesso non si dimostra gentile perché non distingue quello che provano gli altri, decide di procurarsi un rilevatore di emozioni per riuscire a correggersi e farsi accettare meglio. Penny ospiterà suo fratello Randall per trovare lavoro a Pasadena e Leonard sembrerebbe contento, ma grazie al rilevatore di emozioni di Sheldon dimostra che in realtà è irrequieto; i due giungono comunque ad accordarsi di non ospitarlo più, perdonando Sheldon per la sua invadenza. Nel frattempo Raj, stanco di essere single, decide di riunire a casa sua le sue ex Emily, Lucy, Claire e Emily (sordomuta), per capire dove ha effettivamente sbagliato ed evitare in futuro di ripetere gli errori.

I ragazzi festeggiano la fine della fase uno del progetto sul giroscopio, ma quando si recano al laboratorio pronti per la fase due scoprono che l'aeronautica ha portato via tutto e tolto loro il progetto. Oltre a questa privazione, Sheldon deve anche accettare che Amy se ne vada per tutta l'estate a Princeton per un progetto di ricerca. Anche Howard reagisce male, diventando incredibilmente appiccicoso con Bernadette. Nel frattempo Raj lascia la casa di Leonard e Penny per andare a vivere in una stanza della casa di Bert.