Un ex-agente de la CIA llamado John Reese es reclutado por un solitario millonario llamado Harold Finch para resolver una trama antes de que ocurra un crimen y su primer trabajo es inmiscuirse en la vida de una ayudante de fiscal señalada por la máquina que aparentemente tiene conexiones con policías corruptos.

En su segunda misión, Reese tiene que proteger a una niña huérfana que, sin saberlo, una herencia familiar que es la causante de la fragmentación de su familia.

Reese se infiltra en un grupo de paramilitares ladrones de bancos para salvar a uno de sus miembros que fue señalado por la máquina.

La máquina señala a una doctora con un interes obsesivo por un banquero, ya que este es un violador que le arruino la vida a su fallecida hermana.

Un juez es extorsionado por delincuentes europeos para que libere a una ejecutiva que en realidad lava su dinero sucio.

Una ''arregladora'' llamada Zoe Morgan está investigando a una compañía farmacéutica responsable de la muerte de una de sus empleadas.

Un ''profesor de historia''(que en realidad es un peligroso criminal llamado Carl Elias) es víctima de una trama de la mafia rusa.

Un asesino de elite alemán a quien se creia muerto, regresa para vengarse de aquellos que lo traicionaron.

Mientras Carter es un objetivo a eliminar, Reese se reencuentra con Mark Snow, un antiguo compañero de la CIA quien le tiende una emboscada.

4 personas sin relación entre sí, son víctimas de una peligrosa trama criminal.

Un conserje de un bloque de apartamentos es investigado por la máquina por ser en apariencia un acosador.

Una abogada honesta se mete en una peligrosa trama de corrupción a fin de salvar a un cliente encarcelado injustamente.

Un hombre es injustamente acusado del asesinato de un congresista por culpa de una peligrosa hacker que se hace llamar ''Root''.

Un niño pandillero de Brooklyn desea vengarse de los responsables del asesinato de su hermano mayor.

Un policía encubierto es consciente de que miembros de HR( Recursos Humanos ) pueden arruinar su tapadera frente a unos pandilleros latinos.

Un corredor de bolsa es relacionado injustamente en una estafa financiera que puede arruinar su relación con su padre adoptivo.

Reese se ve obligado a proteger a un bebe recien nacido que es víctima de unos matones contratados por una celopata multimillonaria.

Un hombre victima de una clonación de identidad se hace pasar por un traficante de anfetaminas para acercarse al responsable de su desgracia.

Los jefes de la mafia son víctimas de la oscura trama de Carl Elias.

Tommy Clay es en apariencia un padre de familia, pero en realidad planeaba el robo de un banco y una negociación con el corrupto jefe de HR Artie Lynch.

Una mujer en apariencia fugitiva de la justicia, en realidad sufre el acoso de su violento esposo.

Un empleado del gobierno sufre la ira del mismo después de inmiscuirse en los asuntos de la máquina.

HR planea deshacerse de una psicóloga involucrada en una trama violenta.

Reese y Zoe Morgan se hacen pasar por un matrimonio en un condominio en Long Island para salvar a un ex-ladrón de bancos con un sentido de honestidad.

El matrimonio de los Drake esta a punto de romperse debido a las rencillas de ambos.

En su primera misión fuera de la cárcel, Reese tiene que proteger a un inteligente pero inmaduro genio del software que por su actitud y personalidad, puede ser asesinado por los que en apariencia eran sus amigos.

Cuando un virus provocado por Greer deja casi inservible la máquina, Finch es amenazado por Root para que le ayude a encontrar el origen de la misma.

Después de reactivarse la máquina, Reese sigue la pista de Finch hasta una instalación gubernamental en el estado de Washington donde una confrontación acaba con el consejero especial muerto y con Root traumatizada y encerrada por Finch en un manicomio.

Finch sospecha cuando el número de un talentoso encuestador político surge al mismo tiempo que sus tipicamente acertadas predicciones fallan, y cree que los dos acontecimientos están relacionados. Reese es apartado por una orden directa de Moreno.

Reese y Finch intentan rescatar el código fuente de la máquina antes de que se deteriore irreparablemente. Además, Root lucha por su vida ante la arremetida de agentes de Samaritan y Fusco se enfrenta a preguntas difíciles tras la muerte de Dominic y Elias.

Mientras Reese y Shaw tratan de alcanzar a Finch, él se infiltra en una instalación del gobierno de máxima seguridad en una misión desesperada que podría significar no solo el fin de Samaritan, sino también de la máquina y él mismo.