Die Maschine hat Finch, Reese und Shaw mit neuen Identitäten ausgestattet. Diese beinhalten natürlich auch neue Berufe, die als Tarnung dienen. So muss sich Harold als „Professor Whistler“ mit gelangweilten Studenten herumschlagen, Sameen Shaw verkauft Kosmetik und Parfum bei Bloomingdales und Reese arbeitet als „Detective Riley“ im Drogendezernat. Ali Hasan, betreibt in der Bronx ein kleines Elektronikgeschäft und hat sich mit einer Bande namens „Brotherhood“ eingelassen, die nun darauf besteht, von ihm ein abhörsicheres Telefonnetz geliefert zu bekommen....

Simon Lee, die neue Nummer, hat die Meinungsumfragen für Gouverneur Murray zur Gouverneursneuwahl organisiert. Nach seinen Berechnungen fährt Murray einen ganz klaren 52 zu 48 Prozent Sieg über die Gegenkandidatin Michelle Perez ein. Bei der Stimmenauszählung wendet sich das Blatt allerdings und Perez gewinnt 52 zu 48. Simon ist überzeugt davon, dass seine Berechnung des Wahlergebnisses korrekt war und deshalb eine Manipulation der Gouverneurswahl stattgefunden haben muss. Um das zu beweisen, will er sich beim obersten Wahlleiter die Protokolle der Wahlzettel und Wahlautomaten holen. (Text: RTL Crime)

Um ihn aus der Gefahrenzone zu bringen, hat die Psychologin Iris Campbell empfohlen, Reese als Ausbilder an der Police Academy einzusetzen. Praktischerweise ist auch die neue Nummer, Silva, gerade Rekrutin. Zuerst geht das Team der Maschine davon aus, dass es Silva auf einen ihrer Rekruten-Kollegen abgesehen hat, weil sie diese ausspioniert...

Im Mafiakrieg zwischen Dominic und Elias scheint letzterer die einzige Möglichkeit zu sein, den stetig wachsenden Einfluss seines Konkurrenten einzudämpfen. Dann wird Elias zur neuen Nummer des Teams und Finch ist wild entschlossen, ihn zu beschützen. Doch dieser wird von seinen Gefolgsleuten verraten – lediglich Anthony - genannt Scarface – und Bruce, sein Finanzchef, halten scheinbar noch zu ihm. Als Elias Dominic und seine Bande in sein Bürogebäude lockt, um den Safe zu knacken, wird er aber von dessen Leuten überwältigt. Kann Finch ihn noch retten?

Nachdem Samaritan New York in ein Chaos gestürzt hat, kommt es zu einem Dialog zwischen der Maschine und Samaritans Sprecher Gabriel. Aufgrund ihres moralischen Handelns besteht die Maschine auf ihr Vorrecht, doch Samaritan argumentiert, die Menschheit brauche eine Führung durch eine harte Hand, um in Frieden zu leben. Gabriel stellt der Maschine das Ultimatum, sich entweder selbst aufzugeben oder für den Tod ihrer menschlichen Agenten verantwortlich zu sein. Dann bereitet Samaritan einen Schlag gegen die Wall Street vor, der der ganzen Welt seine Macht beweisen soll.

Samaritan hat mit Schadsoftware die Börsen lahmgelegt, allen voran die New York Stock Exchange. Um einen Kollaps der Weltwirtschaft zu verhindern, hat die Maschine ein Gegenprogramm entwickelt, das allerdings im Serverraum der New Yorker Börse hochgeladen werden muss. Root, Reese, Finch und Fusco, die sich bereits im sechsten Untergeschoss des Börsengebäudes aufhalten, müssen feststellen, dass Samaritan alle Ausgänge abgeriegelt hat. Auf den Fluren wimmelt es von Samaritan-Agenten, die die Vier unter Feuer nehmen. Um in den Serverraum zu gelangen, braucht das Team jedoch einen Code, den Sameen von einem Servicemitarbeiter, der gerade in der U-Bahn unterwegs ist, erfahren soll. Doch in dem Abteil sitzt auch ein Selbstmörder mit einer Sprengstoffweste...

Die neue Nummer ist die von Sulaiman Khan, dem Gründer und CEO des Weltmarktführers für Anti-Viren-Software. Samaritan will sowohl die Software als auch die Infrastruktur der Firma Castellum Security von Khan benutzen, um im Internet eine weltweite Suche nach der Maschine durchzuführen. Da Khan gerade an einem Bio-Chip arbeitet, an dem Samaritan ebenfalls interessiert ist, wird der Firmenchef einfach aus dem Verkehr gezogen, indem nicht nur alle seine E-Mails, Bankkonten und seine Krankenakte veröffentlicht werden, sondern es werden ihm auch massive Unterschlagungen in der Firma und weitere Kapitalverbrechen untergeschoben. Finch und Reese versuchen, Khan immer wieder vor seinen Verfolgern zu retten, allerdings geht es nicht ganz ohne die Hilfe von Root, auf die Finch in diesem Fall gerne verzichtet hätte. Finch, Reese und Root finden zwar heraus, wie Samaritan die Suche nach der Maschine bewerkstelligt hat, können aber den Fortgang der Suche nicht verhindern.

Control zieht Shelley aus dem Verkehr, weil Tyler und anderer Kollegen von ihr geführt wurden. Shelley beteuert, nur eine kleine Lehrerin zu sein, die mit dem Wort „Samaritan“ nichts anfangen kann. Doch irgendwann gelingt es Diane, Shelleys Widerstand zu brechen, und sie erfährt sogar, dass etwas namens „Korrektur“ stattfindet und die Welt für immer verändern wird. Allerdings verhindert Control mit ihrer Dienstwaffe, dass Shelley diese neue Welt noch erlebt … Nach einem mysteriösen Vierfachmord im streng bewachten Gerichtsgebäude dämmert es Finch, dass das neue Kommunikationssystem von Elias die uralte Rohrpost unter Manhattan ist. Fusco und John machen sich auf den Weg in die Bank, einer der ehemaligen Knotenpunkte, um Elias zu stellen. Nachdem Sameen mit Root telefoniert hat, ist diese nicht mehr zu halten.

Die Maschine hat beim Rebooten eine kleine Panne, die Reese und Fusco die Namen von Dutzenden Personen verrät, die entgegen ersten Analysen gar nicht in Verbrechen involviert sind. Gleichzeitig schließt sie Finch und Root aus dem System aus, weil sie beide wegen ihrer gewalttätigen Vergangenheit als potentielle Gefahr identifiziert.