Durante un'incursione in territorio nemico in Afghanistan un gruppo di soldati delle forze speciali trova un prigioniero americano, un soldato rimasto in stato di cattura per otto anni. Per tutti il ritrovamento di Nicholas Brody è un evento memorabile, quasi un miracolo, ma c'è chi non si fida: l'analista della CIA Carrie Mathison pensa che dopo anni di torture subite Brody sia stato trasformato in un agente di Al-Qaeda e che la liberazione faccia parte di un piano elaborato per sferrare un nuovo attacco al governo degli Stati Uniti.

Carrie continua a sorvegliare Brody senza però ottenere risultati, specie perchè nel garage non ha messo telecamere e non sa cosa Brody faccia quando si trova al suo interno. Nel frattempo l'analista riceve informazioni da un'agente sotto copertura che un principe dell'Arabia Saudita si è incontrato con Abu Nazir, il capo della fazione estremista che Carrie sta cercando.

La spia all'interno dell'entourage del Principe viene assassinata. La famiglia Brody si prepara all'intervista nella loro casa e tra padre e figila c'è un avvicinamento.

Il periodo di sorveglianza autorizzato è agli sgoccioli e Carrie deve smontare le telecamere di sorveglianza all'interno di casa Brody, ma Carrie non riesce a darsi pace e prende contatto con Nicholas che è andato a una riunione di veterani di guerra.

Brody è messo in condizione di confrontarsi con il suo aguzzino durante un interrogatorio della CIA. Quello che succede durante il colloquio non fa che aumentare i dubbi di Carrie.

Dopo aver perso delle persone chiave per combattere il complotto di Nazir contro l'America la CIA ordina il test della verità a tutti quelli che sono venuti in contatto con loro e tra questi c'è anche Brody. Carrie la vede come un'opportunità di scoprire finalmente la verità. Intanto Saul chiede il trasferimento a New Dehli per poter riprendere i contatti con sua moglie.

La relazione tra Carrie e Brody diventa ancora più complicata quando si recano fuori città per un weekend. Intanto Mike e Jessica affrontano le conseguenze della verità venuta a galla, mentre Saul cattura in Aileen in Messico.

Carrie e Saul collaborano con l'agenzia per catturare il redivivo Walker. Brody scopre qualcosa di sconvolgente sul periodo in cui è stato prigioniero.

Dopo il suo tentativo di allontanarsi da Abu Nazir, Brody rivive la sua cattura e decide di continuare con la missione. Dopo la sparatoria alla moschea, Carrie si ritrova nel mezzo di in un incubo di pubbliche relazioni.

Carrie e Saul trovano del materiale con cui fare leva sul diplomatico dell'ambasciata saudita e organizzano una trappola per Tom Walker. Il vicepresidente si reca a casa di Brody per offrirgli di entrare in politica e dopo aver superato i dubbi di Jessica, Nicholas accetta, mandando un chiaro messaggio ad Abu Nazeer.

Dopo l'esplosione Saul si accorge che Carrie è profondamente confusa, tuttavia le sue teorie, per quanto caotiche, cominciano ad avere un senso. Prima di cominciare la sua campagna elettorale Brody porta la famiglia in viaggio a Gettysburg per il week-end, ma in realtà si tratta solo di una copertura per ricevere un oggetto molto importante.

Carrie è quasi in stato catatonico e confinata a letto, Saul comincia a indagare sulle implicazioni delle sue azioni. Walker riesce ad ottenere quello che gli serve per completare la sua missione. Brody fa i suoi preparativi finali per il summit al Dipartimento di Stato con il Vice Presidente.

Brody è stato eletto al Congresso. Una donna di nome Roya gli chiede di rubare una lista di target nazionali dall'ufficio di Estes. Carrie sta lavorando nuovamente con la CIA perchè Fatima, un'informatrice collegata a Abu Nazir, ha detto che parlerà soltanto con lei. Estes si reca a prendere Carrie che si trova a casa di sua sorella e la manda in Libano dove l'aspetta una missione da compiere.

Mentre Jessica è impegnata ad organizzare una raccolta fondi per i veterani di guerra, Roya Hammad, la giornalista al soldo di Abu Nazir, avverte Brody che la CIA è sulle tracce del sarto di Gettysburg, lo stesso che gli aveva confezionato il giubbotto esplosivo, e che quindi questi deve essere rimosso e portato in un rifugio sicuro. Brody accetta riluttante l'incarico, ma durante il tragitto in auto qualcosa va storto. Intanto Carrie si reca a Langley per presenziare al debriefing sulla missione in Libano, ma Estes ha già tenuto l'incontro senza di lei e la donna è sconvolta.

Sono passati quasi due mesi dall'attentato che ha ucciso più di duecento persone. Brody è il ricercato numero uno, sua figlia Dana ha tentato il suicidio, Carrie ha lasciato perdere i farmaci e preferisce la vodka e Saul è costretto a prendere decisioni terribili adesso che si trova a capo della CIA. In ultimo Carrie si trova ad affrontare le ire del comitato senatoriale istituito per scoprire i responsabili dell'attentato e dovrà subire il tradimento del suo più caro amico e mentore.

Carrie Mathison, furiosa per essere stata tradita da Saul Berenson e convinta che la CIA voglia servirsi di lei come capro espiatorio, decide di passare al contrattacco e organizza un'intervista in cui ha intenzione di rivelare i retroscena sulla collaborazione fra l'Agenzia e Nicholas Brody.

Costretto a lasciare precipitosamente gli Stati Uniti dopo l'attentato di Langley (di cui è considerato responsabile), super-ricercato in tutto il mondo e per di più gravemente ferito, Nicholas Brody ha trovato rifugio a Caracas, in Venezuela, dove viene tenuto nascosto con il consenso di un boss locale noto con il soprannome El Niño e con la provvidenziale assistenza medica del dottor Graham. Nel frattempo Carrie Mathison è ancora ricoverata nella clinica psichiatrica, nel tentativo di far fronte al suo disturbo bipolare con abbondanti dosi di medicinali; il suo senso di disperazione e di abbandono, tuttavia, sembra ingigantirsi sempre di più con il passare dei giorni. Almeno fino a quando non riceve l'inaspettata visita di un misterioso avvocato, Paul Franklin.

Con sua grande sorpresa Carrie esce dall'ospedale psichiatrico in cui era stata ricoverata; intanto Dana continua il suo percorso autodistruttivo e lascia la scuola.

Un misterioso uomo di origini mediorientali arriva negli Stati Uniti nei pressi dei confini statali del Vermont; Carrie, intanto, continua a non prendere le sue medicine.

Con grandi difficoltà, Carrie finalmente torna in posizione di vantaggio nella ricerca del mandante dell'attentato di Langley. Intanto Dana prende una decisione drastica per la sua vita.

Saul mette la sua carriera a rischio; Carrie e Quinn cercano di limitare l'investigazione della polizia, mentre il matrimonio di Mira è ad un punto cruciale.

Saul, accusato dal Senatore Lockhart di aver lasciato tornare Javadi in Iran, riesce a convincere il capo dello staff della Casa Bianca che la sua scelta è stata di natura strategica. Carrie sta conducendo un doppio gioco, facendo in modo che Franklin e Bennett portino la CIA sulle tracce dell'autore dell'attentato.

Dopo aver recuperato Brody dal Venezuela, Saul e Dar Adal fanno di tutto per disintossicarlo. Saul riesce a mantenere il suo incarico come direttore della CIA mettendo in scacco il Senatore Lockhart e incarica Carrie di convincere Brody a partecipare a una missione in Iran per assassinare il leader dei rivoluzionari per far posto a Javadi.

Brody si imbarca in una missione importante, ma le sue precarie condizioni mettono a rischio l'intera operazione; intanto Quinn scopre qualcosa su Carrie. Nel frattempo una crisi improvvisa spinge Fara a ricostituire il team.

Carrie sta monitorando i movimenti di Brody in Iran, Nicholas intanto è nelle mani di Javadi che riesce a organizzare un incontro con il potente Generale Akbari, l'uomo che Saul vuole eliminare.

Carrie è sempre più coinvolta dal piano di Brody, alla ricerca di una difficile redenzione; Saul intanto pianifica un'ultima e disperata missione di salvataggio.