Coulson und sein Team versuchen, eine schockierende Enthüllung zu verdauen, doch das Team droht daran zu zerbrechen. Schon bald muss entschieden werden, was mit einem der Teammitglieder geschehen soll. Unterdessen erfährt Hunter von Bobbi und Mack, für wen sie tatsächlich arbeiten. Ward und Agent 33 sind derweil in eigener Mission unterwegs ...

Coulson steht ein Krieg ins Haus, mit dem in dieser Form nicht zu rechnen war. Schockierende Enthüllungen kommen nun ans Licht. Skye versucht derweil verzweifelt, ihre neu gewonnenen Kräfte zu kontrollieren. Schon bald wird sie eine bedeutsame Entscheidung treffen müssen, die ihr Leben für immer verändern wird.

Eine gefährliche neue Allianz wird gebildet als Coulson und Hunter sich an die letzte Person wenden, die man erwartet hat: Grant Ward! Als der Krieg zwischen den S.H.I.E.L.D.-Fraktionen weitergeht, werden Skye und Lincoln mit in den Konflikt gezogen.

Um gemeinsam gegen HYDRA vorgehen zu können, müssen Gonzales und Coulson ihre Differenzen überwinden und sich mit einer Person verbünden, die nicht ihr Vertrauen genießt.

Raina kommt besser mit ihren Visionen klar, kann sie aber nicht immer einordnen. Skye ist hin- und hergerissen zwischen ihrer Loyalität zu S.H.I.E.L.D und den Inhumans.