Bei dem Chemielehrer Walter White wird Krebs im Endstadium diagnostiziert. Daraufhin tut er sich mit seinem früheren Schüler Jesse Pinkman zusammen, um Crystal Meth herzustellen und zu verkaufen. Mit dem Erlös will er eine Behandlung bezahlen, die seine Krankenkasse nicht übernimmt, oder das Geld seiner Familie hinterlassen, falls er die Krankheit nicht überleben sollte.

Nachdem ihr erstes Drogengeschäft furchtbar schiefgelaufen ist, müssen Walt und Jesse mit einer Leiche und einem Gefangenen fertigwerden. Unterdessen wird Walters Frau Skyler wegen seines seltsamen Verhaltens misstrauisch.

Walt und Jesse müssen gründlich saubermachen, nachdem Jesse versucht hat, Emilios Leiche in der Badewanne zu beseitigen. Außerdem muss Walt entscheiden, wie sie mit Krazy-8 verfahren, den sie weiterhin im Keller gefangen halten. Skyler macht sich Sorgen um Walt und spricht mit ihrer Schwester Marie. Dabei kommt es allerdings zu einem Missverständnis.

Walt erzählt dem Rest seiner Familie, dass er Krebs hat. Seinem Schwager Hank ist zu Ohren gekommen, dass es einen neuen Akteur im Drogengeschäft der Stadt gibt. Jesse will sich mit seinen Eltern aussöhnen. Das geht jedoch vollkommen schief.

Walt weist jeden zurück, der ihm wegen seiner Krebserkrankung helfen will. Jesse hat Probleme, einen richtigen Job zu finden, und versucht sein Bestes, um nach Walters Rezept auf eigene Faust Meth herzustellen. Unterdessen versucht Walt jr., Bier zu kaufen. Als er auffliegt, ruft er Hank an und führt ein klärendes Gespräch mit ihm.

Als die Nebenwirkungen seiner Behandlung stärker werden und die Kosten immer weiter anwachsen, verlangt Walt, dass Jesse jemanden findet, der ihnen die Drogen in größeren Mengen abnimmt. Jesse wendet sich an Krazy-8s Nachfolger Tuco, was eine Reihe von Problemen nach sich zieht.

Walt und Jesse versuchen, noch größer ins Drogengeschäft einzusteigen, indem sie noch mehr Crystal produzieren und an Tuco verkaufen. Einige Zutaten, die sie für die Produktion benötigen, sind jedoch nicht leicht aufzutreiben. Unterdessen entdeckt Skyler, dass ihre Schwester Marie eine Ladendiebin ist.

Walt und Jesse realisieren den Ernst ihrer Lage, als sie miterleben, wie verrückt und gewalttätig Tuco sein kann. Sie beschließen, dass sie ihn töten müssen, bevor er sie töten kann. Unterdessen untersucht Hank den Einbruch in das Lagerhaus, ohne zu wissen, dass Walt und Jesse dahinterstecken.

Nachdem Tuco Walt und Jesse entführt und zu einem Versteck in der Wüste gebracht hat, suchen Skyler und Hank nach Walt. Indes will Tuco seine Drogenköche über die Grenze nach Mexiko bringen, wo sie rund um die Uhr Drogen für ihn produzieren sollen.

Nachdem Walt und Jesse Tuco entkommen konnten, müssen sie nach Hause zurückkehren und sich Alibis für die Zeit ihrer Abwesenheit ausdenken. Während Walt mit seiner Ausrede davonzukommen scheint, tauchen die Drogenfahnder bei Jesse auf, um ihn zu verhören.

Walt kann das Haus nicht mehr verlassen, ohne dass Skyler sich fragt, wo er ist. Sie hat von Walts Verhalten genug und beginnt, nur noch das zu machen, was sie selbst will, ohne ihn davon zu unterrichten. Unterdessen wird Jesse von seinen Eltern aus dem Haus geworfen und weiß nicht, wo er bleiben soll.

Walt und Jesse beschließen, mit der Hilfe von Jesses Freunden Skinny Pete, Combo und Badger, ein eigenes Drogen-Imperium aufzubauen. Unterdessen versucht Hank nach seiner Begegnung mit Tuco, wieder Fuß zu fassen.

Nachdem Skinny Pete über den Tisch gezogen wurde, zwingt Walt Jesse, das Geld zu besorgen. Unterdessen droht Walts Tarn-Geschichte aufzufliegen, dass Elliott und Gretchen für seine medizinische Behandlung aufkommen.

Das Gerücht geht um, Jesse habe den Mann umgebracht, der Skinny Pete über den Tisch gezogen hat. Walt nutzt das zu seinem Vorteil, um ihr Gebiet auszuweiten. Unterdessen wird Hank befördert und nach El Paso versetzt, doch der neue Job ist gefährlicher, als er erwartet hatte. Skyler will wieder arbeiten und wendet sich an ihren früheren Arbeitgeber.

Hank ist traumatisiert. Badger wird von einem verdeckten Ermittler verhaftet, woraufhin Walter für ihn den abgebrühten Anwalt Saul Goodman engagiert. Dieser rät jedoch, Heisenberg zu belasten, wovon ihn Walter und Jesse erfolglos durch Bestechung wie auch Einschüchterung abzuhalten versuchen. Letztendlich wird Saul der Anwalt von Heisenberg und ein Berufs-Strafgefangener geht an Walters Stelle ins Gefängnis.

Walter denkt, dass er nicht mehr lange zu leben hat. Sein Geld geht zur Neige. Also lügt er Skyler an und fährt mit Jesse, der eigentlich Zeit mit Jane verbringen wollte, in die Wüste, um pfundweise Meth zu kochen. Dann gibt es Probleme mit der Batterie des Wohnwagens. Walter erfährt, dass der Tumor in seiner Lunge um 80 % geschrumpft ist. Jedoch bedeutet die Remission nicht die Heilung.

Walts gesundheitliche Verfassung hat sich stark verbessert. Skyler will das mit einer Party feiern. Doch Walt betrinkt sich und fängt einen Streit mit Hank an, wodurch die Stimmung einen erheblichen Dämpfer erhält. Jesses Beziehung mit Jane wird ernst, und er will ihren Vater kennenlernen.

Walts und Jesses kleines Imperium beginnt, in sich zusammenzufallen. Saul schlägt vor, dass sie sich nach neuen Vertriebswegen umsehen, und macht Walt mit Gus bekannt, der eine große Menge Meth kaufen will. Jesse hat inzwischen angefangen, Heroin zu nehmen, und Skyler bemerkt, dass ihr Boss Steuern hinterzieht.

Walt und Skyler haben eine Tochter bekommen. Walt hat jedoch wegen seiner Drogengeschäfte die Geburt verpasst. Weil Jesse nun heroinabhängig ist, weigert sich Walt, Jesse sein Geld auszuzahlen, bis er clean ist. Saul hat die Idee, dass Walt anonym über die Website seines Sohnes Walter jr. Spenden an sich selbst überweist, um später die Herkunft des Geldes erklären zu können.

Walter ist besorgt um Jesse, der sich nach Janes Tod Vorwürfe macht. Skyler verlässt Walter, weil er sie angelogen hat. Zwei Flugzeuge kollidieren über Albuquerque aufgrund eines Fehlers von Janes traumatisiertem Vater.

Der Unfall hat große gesellschaftliche Folgen. Jesse beendet die Reha erfolgreich. Skyler konfrontiert Walter mit seinen Drogengeschäften und sucht eine Scheidungsanwältin auf. Walter lehnt einen neuen Deal mit Gus ab. Währenddessen kommen Tucos Cousins, um Walter zu töten.

Walter versucht sich mit Skyler wieder zu versöhnen. Walter Jr. ist wütend auf seine Mutter. Jesse kauft seinen Eltern mit Sauls Hilfe das Haus seiner Tante ab. Saul lässt Skyler beobachten. Tucos Cousins werden davon abgehalten, Walter zu töten.

Walter zieht wieder Zuhause ein. Skyler will Walter aus dem Haus werfen lassen, möchte aber nicht, dass Walter Jr. ein schlechtes Bild von ihm bekommt. Gus schützt Walter vor Tucos Cousins. Skyler beginnt eine Affäre mit Ted, ohne es Walter zu verschweigen.

Walter will mit Ted abrechnen, wird aber von Saul aufgehalten. Jesse bezahlt mit blauem Meth und startet Geschäfte mit Gus, wobei Walter an Jesses Gewinn beteiligt wird. Hank soll wieder nach El Paso. Er schiebt das in Umlauf gebrachte Meth als Grund vor, um zu bleiben.

Walter unterschreibt die Scheidungspapiere, nachdem er von Gus überzeugt wurde, in einem Labor für ihn zu arbeiten. Skyler kommen derweil Zweifel an ihrer Affäre. Gomez fährt statt Hank nach El Paso. Hank, um den Marie besorgt ist, findet währenddessen eine neue Spur im Fall Heisenberg.

Walter zieht um und tritt seinen neuen Job mit dem neuen Gehilfen Gale Boeticher an. Jesse baut sein eigenes Drogengeschäft auf. Hank findet den Wohnwagen auf einem Schrottplatz. Jesse und Walter locken ihn unter dem Vorwand, Marie läge im Krankenhaus, weg und verschrotten den Wohnwagen.

Hank schlägt Jesse krankenhausreif und wird vom Dienst suspendiert. Jesse schwört Rache. Walter engagiert ihn deshalb als neuen Gehilfen im Labor. Hank vertraut sich Marie an. Die Cousins versuchen Hank zu töten, dabei stirbt ein Cousin und Hank wird schwer verletzt.

Hank liegt mit kritischem Zustand im Krankenhaus. Walter, Skyler, Marie und Walter Jr. warten auf eine Nachricht der Ärzte. Jesse kann alleine nicht arbeiten, hat aber mit Walter eine Frist einzuhalten. Gus lässt währenddessen seine Konkurrenz und Tucos Cousin beseitigen.

Walter bestätigt, ein Jahr lang für 15 Millionen Dollar bei Gus zu arbeiten. Jesse zweigt Meth ab und baut seinen eigenen Vertrieb auf. Hank braucht eine Therapie, die Kosten dafür soll Walter übernehmen, der das Geld laut Skyler beim Kartenzählen verdient hat.

Walter hält eine Fliege im Labor für eine Kontaminierung und will erst wieder kochen, wenn diese beseitigt ist, dabei schlägt er sich den Kopf an. Als Walter und Jesse, der am darauf folgenden Tag hinzu kommt, die Jagd aufgeben wollen, erwischt Jesse die Fliege.

Skyler hat sich nicht von Walter scheiden lassen und möchte sich um seine Geldwäsche kümmern. Jesse lernt bei den anonymen Drogensüchtigen Andrea kennen. Ihr elfjähriger Bruder Tomas dealt und hat Combo erschossen. Hank will nicht aus dem Krankenhaus entlassen werden.

Jesse versucht die zwei Dealer zu vergiften, die Tomas als Dealer und Mörder engagiert haben. Er wird von Gus aufgehalten, da diese für ihn arbeiten. Hank verlässt das Krankenhaus. Die Dealer töten Tomas. Jesse wird rückfällig und will die beiden endgültig beseitigen. Walter kommt ihm zuvor.

Jesse ist auf der Flucht. Gale ist wieder eingestellt und soll bald Walters Posten übernehmen. Dieser will Gale töten, damit er, als einziger Meth-Koch, unabdingbar ist. Als Victor ihn jedoch spät abends in die Wäscherei holt, ruft er Jesse an, der den Job übernehmen muss. Daraufhin fährt Jesse zu Gales Wohnung und erschießt ihn.

Nach Gales Tod werden Walt und Jesse im Labor von Victor und Mike festgehalten. Unterdessen macht sich Skyler Sorgen, weil sie Walt nicht erreichen kann, und befürchtet das Schlimmste. Saul wird paranoid und engagiert einen Bodyguard.

Walt versucht, eine neue Allianz zu schmieden, während er seinen nächsten Schachzug plant. Unterdessen drängt Skyler Walt dazu, die Autowaschanlage, in der er einst gearbeitet hat zu kaufen, um die Herkunft der Drogengelder zu verschleiern, und dadurch ihre Familie beschützen zu können.

Während Walt sich Sorgen über Gus' Einmischung und Jesses zunehmend instabilen Gemütszustand macht, erhöht Skyler den Druck, um das zu bekommen, was sie will.

Während Skyler sich eine ausschweifende Geschichte ausdenkt, um die finanzielle Lage der Familie zu erklären, entdeckt der besorgte Walt, dass Hank seine Ermittlungen wieder aufgenommen hat.

Jesse begleitet Mike auf einer lebensgefährlichen Tour, was Walt dazu veranlasst, um das Leben seines Partners zu fürchten.

Skyler hat Angst um Walter und möchte, dass er sich der Polizei stellt. Walter versichert ihr hingegen, dass er nicht in Gefahr sei, sondern dass er die Gefahr ist. Walter vermutet, dass Gus hinter einem Überfall steckt, durch den Jesse als Held da steht, und diesen inszeniert hat, um zwischen die beiden einen Keil zu treiben. Mike ruft Jesse immer wieder von der Schicht, sodass Walter alleine im Labor arbeiten muss.

Skyler versucht weiterhin vorzugeben, dass die Familie kein Geld hat, indem sie Walt zwingt, das Auto, das er gekauft hat, zurückzugeben. Walt will Jesse dazu überreden, Gus zu töten. Unterdessen besucht Hank mit Walter jr. das "Los Pollos Hermanos", wo es ihm gelingt, Gus' Fingerabdrücke sicherzustellen.

Nachdem Hank Beweise dafür gefunden hat, dass Gus die Nummer eins im Crystal-Meth-Geschäft in Albuquerque ist, macht sich Walt Sorgen, dass Jesse und er getötet werden, um Gus zu schützen. Er versucht erneut, Jesse dazu zu drängen, Gus zu töten.

Während Walt versucht, Hanks Untersuchung der Crystal-Meth-Szene in Albuquerque zu untergraben, zwingt eine tödliche Warnung Gus dazu, einen Deal mit dem Kartell in Erwägung zu ziehen. Unterdessen macht sich Skyler Sorgen über eine anstehende Steuerprüfung.

Jesse, Gus und Mike fliegen nach Mexiko, wo Jesse das blaue Meth für das Kartell herstellt. Unterdessen versäumt Walt nach seinem Streit mit Jesse den 16. Geburtstag seines Sohnes.

Hank bittet Walt, ihn zu der Wäscherei zu fahren, in der das Meth-Labor versteckt ist. Ted weigert sich weiterhin, seine Steuerschulden zu zahlen. Also bittet Skyler Saul um Hilfe, der seine Männer schickt. Gus und Jesse kehren aus Mexiko zurück, und Walt befürchtet, dass er Probleme mit Gus bekommt.

Die Drogenermittlungsbehörde stellt Hank und seine Familie in deren Haus unter Schutz, wo sich auch Walt und seine Familie einfinden sollen. Walt weigert sich jedoch mitzukommen und will sein Schicksal in seinem eigenen Haus erwarten. Unterdessen erfährt Jesse, dass der Sohn seiner Freundin Andrea mit rätselhaften Symptomen ins Krankenhaus eingeliefert wurde, und vermutet, dass Walt dahintersteckt.

Jesse wird zum FBI gebracht, wo man ihn zu dem Rizin befragen will, mit dem Brock mutmaßlich vergiftet wurde. In einem letzten Versuch, Gus zu töten, erbittet Walt Hilfe von einem alten Gegenspieler.

Nach Gus' Tod müssen Walt, Jesse und Mike versuchen, ihre Spuren zu verwischen. Skyler gerät in Panik, als Ted Beneke aufwacht.

Walt und Jesse nehmen für ihr neues Unternehmen einen unerwarteten Partner mit an Bord. Die DEA verfolgt bei ihren Ermittlungen neue Spuren.

Walt und Jesse verfolgen ein neues Geschäftsmodell. Außerdem macht Walt Marie ein Geständnis.

Walt feiert seinen 51. Geburtstag. Seine Rückkehr ins Drogengeschäft führt dazu, dass Skyler in Depressionen verfällt.

Walter Whites Privatleben gerät immer mehr aus den Fugen. Gleichzeitig plant er mit seinen neuen Geschäftspartnern, einen Eisenbahnwaggon voller Methylamin zu stehlen.

Nach dem Eisenbahnraub beschließen Jesse und Mike, ihre Anteile am Methylamin zu verkaufen und das Geschäft aufzugeben, was Walt jedoch verhindern will. Mike wird unterdessen weiterhin von der DEA verfolgt.

Mike und Jesse bereiten weiterhin ihren Ausstieg vor. Zusammen mit Walt treffen sie sich mit Declan, um einen Deal auszuhandeln. Hank gelingt es endlich, jemanden aus Mikes Gang zu finden, der bereit ist auszupacken.

Walt expandiert nach Übersee und verdient Unmengen von Geld. Skyler versucht erneut, ihn zu überzeugen, aus dem Geschäft auszusteigen. Ihr Familienleben kehrt langsam wieder in geordnete Bahnen zurück, als die Kinder wieder nach Hause kommen. Bei einem Familienessen macht Hank eine Entdeckung.

Walt ist aus dem Drogengeschäft ausgestiegen und versucht, sein Leben weiterzuführen. Jesse versucht unterdessen, sein Geld loszuwerden. Hank weiß nun, dass Walt der berüchtigte Heisenberg ist.

Hank ist wild entschlossen, Walt zu Fall zu bringen. Walt versucht, Beweise verschwinden zu lassen, bevor Hank sie in die Finger bekommt. Skyler versucht unterdessen zu verhindern, dass Hank und Marie ihr die Kinder wegnehmen.

Walt unternimmt weitere Schritte gegen Hank, wodurch er Hank in eine schwierige Lage bringt. Hank trifft sich mit Jesse und versucht, ihn zu einer Aussage gegen Walt zu bewegen. Jesse beschließt, dass es an der Zeit ist weiterzuziehen.

Walt entdeckt, dass Jesse in sein Haus eingebrochen ist und versucht hat, es niederzubrennen. Um seine Familie zu beschützen, bringt er sie vorrübergehend in einem Hotel unter. Jesse schmiedet Pläne, um Walt zu Fall zu bringen.

Jesse und Hank haben eine Idee, wie sie Walts Pläne durchkreuzen können. Walt heuert Todds Onkel Jack an, um Jesse zu töten.

Nach der Schießerei will Walt mit seiner Familie flüchten. Jesse wird als Geisel genommen. Marie überzeugt Skyler, Walter jr. die Wahrheit zu sagen.

Walt hat Sauls Kontakte genutzt, um sich in New Hampshire zu verstecken, hat jedoch Probleme, sich mit seiner neuen Identität anzufreunden. Unterdessen plant Jesse, vor Jack und seinen Männern zu fliehen.

Walter White unternimmt einen letzten Versuch, die Zukunft seiner Familie zu sichern. Außerdem sucht er während eines letzten Besuchs in Albuquerque einige alte Gegenspieler auf.