Un cœur sintillian a été dérobé par Alpha, l'ancien mentor de K qui a trahi le MIB.

J se sent fatigué. Il demande à L de le cloner afin qu'il puisse se reposer. Mais les clones sont instables et leur durée de vie limitée...

Troy, le symbiote, revient parmi les MIB. Il est aussitôt kidnappé par le malfrat Alpha qui l'oblige à rejoindre sa collection d'organes extraterrestres...