Marshall e Lily invitano Ted, Barney e Robin a festeggiare il ringraziamento/schiaffeggiamento a casa loro. Marshall ringrazia Ted e Robin per avergli riportato il tacchino abbandonato in un taxi trasferendogli una delle sberle a Barney, che si oppone con tutti gli argomenti, tacitati da Lily in qualità di arbitro. Prima che la cena cominci si presenta alla porta il padre di Lily, che non parla con la figlia da tre anni; lui l'aveva trascurata per tutta la sua vita, dedicandosi all'invenzione di un nuovo gioco da tavolo, ma tre anni prima era tornato a casa dei suoi genitori. Questi, gravati economicamente dalla sua presenza, avevano dovuto rinunciare a trasferirsi in Florida e nonno Aldrin era anche tornato a lavorare in acciaieria; saputolo Lily indirizzò al padre il suo sguardo "Tu per me sei morto", troncando ogni rapporto, infatti appena lo vede gli sbatte la porta in faccia. Scopre così che è stato Marshall ad invitarlo per farlo riappacificare con la figlia e contesta a Lily di averla sostenuta in tutti i suoi sguardi "Tu per me sei morto" lanciati precedentemente perché verso persone poco importanti, ma di non poter tollerare che lei lasci andare il rapporto col genitore.

Ted, Barney, Robin, Marshall e Lily, si recano in Minnesota per il funerale del padre di Marshall. Durante la veglia funebre, tutti ricordano l'ultima volta in cui hanno parlato con l'uomo e sembrano esser stati tutti momenti molto significativi. Marshall cerca di ricordare le ultime parole scambiate col padre e capisce che non era niente di significativo ma all'improvviso scopre di avere un messaggio non ascoltato in segreteria (per via della batteria scarica) che potrebbe cambiare le cose...

Il fratello di Barney arriva in città e nota che Nora assomiglia a Loretta, la loro madre. Kevin afferma che è normale essere portati ad innamorarsi di qualcuno che assomiglia ai propri genitori. Barney nel frattempo esce con Nora e si aspetta di fare l'amore con lei a fine serata. L'appuntamento viene rovinato da una serie di avvenimenti assurdi: Nora si rompe un dente, un ratto le cade in testa ed una persona si suicida davanti a lei. Quando Barney pensa che tutto sia perduto, Nora decide di salvare la serata e i due fanno finalmente l'amore. Lily intanto non si sente più sexy e dice a Marshall che fino alla nascita del bambino non farà più sesso con lui. I due cominciano a pensare alle parole di Kevin scoprendo di aver cercato nell'altro una copia del proprio padre. Ted, dopo aver interrotto la serata film di Kevin e Robin, chiede alla ragazza di accompagnarlo ad un concerto di Weird Al Yankovic. Robin per compassione accetta, ma Kevin si arrabbia. Robin ammette di aver accettato solo perché tutti quelli a cui Ted lo ha chiesto prima di lei hanno rifiutato, così Kevin capisce, e finge di essere un fan di Weird Al per accompagnare Ted. Al bar, Barney racconta la serata agli amici e dice loro che, prima di copulare con Nora, lui abbia visto in lei sua madre a causa delle loro somiglianze. Gli amici gli chiedono come abbia potuto farci sesso e non restare disgustato da questo e Barney, con grande maturità, risponde che sua madre è una donna meravigliosa e se Nora le somiglia anche solo un po' allora è un uomo fortunato. Lily e Marshall capiscono, quindi, che non c'è nulla di male nell'assomigliare ai genitori visto che entrambi ammirano il proprio padre e vanno a casa per riconciliarsi mentre Ted, dopo aver lasciato un po' di intimità a Robin e Kevin, incontra un'altra fan di Weird Al.

Il primo dell'anno del 2012 Marshall va in Minnesota, al cimitero, per continuare la tradizione dei tailgate con il padre. Il ragazzo racconta alla lapide di Marvin Eriksen Sr. ciò che è avvenuto la notte precedente, ma viene più volte interrotto dall'arrivo dei fratelli, Marvin Jr. e Marcus, e di altre persone. La notte dell'ultimo dell'anno Ted e Barney si erano rifiutati di pagare 50 dollari per entrare al MacLaren's e avevano deciso di aprire finalmente il loro bar, "Enigmi", a casa di Ted. Quest'ultimo voleva parlare di letteratura, mentre Barney voleva rimorchiare ragazze, ma, nonostante le loro speranze, la situazione gli sfugge presto di mano e nessuno dei due riesce ad ottenere qualcosa. Marshall e Lily, intanto, stavano sistemando la camera del loro bambino quando Marshall dice a Lily di avvisare il padre della sua gravidanza. Lily chiama il padre, ma questo risponde con indifferenza e chiude la comunicazione in fretta. La donna, inoltre, trova un libro sui misteri negli scatoloni delle cose del bambino appartenente a Marshall ed esprime il suo dissenso al fatto che lui creda in quelle cose. Inizia così una discussione tra i due, che si conclude con la tristezza di Lily che non ha mai creduto in niente a causa del padre. Robin, intanto, è stata rifiutata da Sandy Rivers come produttrice a causa della ragazza di quest'ultimo e non partecipa al programma della Vigilia di Capodanno. Quando però Sandy Rivers si ubriaca e va a cercare la ragazza, che lo ha mollato, Robin è costretta a intervenire e a prendere in mano la situazione, finendo per dover condurre lei stessa il programma. Alla fine, Ted e Barney chiuderanno il "locale" con l'aiuto del buttafuori del MacLaren's e Robin riprenderà la sua carriera di giornalista televisiva vera e propria. Marshall riscopre la morale dei tailgate del padre "Più si è, meglio è" e Lily, aprendo la porta, trova il padre, che è molto felice della sua gravidanza ed è venuto da lei da Chicago per dirglielo.

Marshall e Lily si trasferiscono nella casa a Long Island, lasciando il gruppo, depresso per non averli più accanto. Solo Barney sembra contento della cosa perché vede un'occasione per vivere quelle serate che la coppia si era sempre rifiutata di fare, e alla fine Robin e Ted, insieme a Kevin, si lasciano convincere. Nel frattempo Marshall e Lily hanno dei problemi con il padre di lei, Mickey, che è ancora da loro e non fa altro che intromettersi nel loro modo di sistemare la casa con la scusa che ci ha vissuto per lungo tempo. I due sono esausti e alla fine Marshall riesce a dirgli che deve andarsene il giorno dopo, ma quando lui se ne va offeso la luce salta a causa di una lampada e Mickey approfitterà della cosa per vendicarsi di lui. La serata nello stripclub del gruppo passa da un Ted depresso che finisce per ubriacarsi, Robin e Kevin che fingono di amare quello che invece detestano per sembrare più interessanti agli occhi dell'altro e Barney che cerca di mandare avanti la serata quale "capo della gang" e che finisce per trasportare tutti in una partita di poker clandestina assieme alla sosia di Lily e al suo fidanzato, un malvivente russo di nome Arvydas. La situazione degenera a causa di Ted ubriaco, il quale dopo aver involontariamente abboccato all'amo dei due delinquenti viene derubato insieme agli altri con l'imbroglio di dover pagare l'ingresso a una festa. Decide allora di andare a Long Island a trovare i loro amici, mentre Robin e Kevin decidono di smettere di fingere riguardo a quel che non gli piace. Intanto l'epopea di Marshall nel buio ha un lieto fine: Lily convince il padre a guidare il marito sino al quadro elettrico e a riaccendere le luci. Il mattino seguente i due sposi trovano i loro amici in casa e fanno tutti colazione insieme, dopo la decisione di Lily di permettere al padre di rimanere a casa con loro per un altro po' di tempo.

Il gruppo si riunisce a casa di Lily e Marshall per la loro festa d'inaugurazione, a cui partecipano molti loro amici e conoscenti e il capo di Marshall, Garrison Cootes. Il Ted del futuro spiega ai figli che una festa può essere rovinata anche in soli cinque minuti e inizia a narrare gli eventi di quella in tre differenti locali della casa: salotto, cucina e sala da pranzo.

Lily è sul punto di partorire e chiama Ted e Robin per soccorrerla, poiché Marshall è partito insieme a Barney per Atlantic City e sbronzatisi là non sanno come ritornare a New York. Ted e Robin per distrarre l'amica dal dolore raccontano storie che sono accadute nel corso degli anni, tra le quali quella della porta misteriosa del bar che frequentano sempre.

Quando Lily e Marshall hanno problemi nel trovare una tata, comprendono che la difficoltà è data da un elaborato piano che Barney ha messo in piedi per incontrare le ragazze candidate al posto loro. Nel frattempo Robin e Ted discutono su chi ha la relazione più seria.

La mamma di Marshall arriva a New York e il figlio vorrebbe ospitarla, anche se Lily è contraria visto che con loro vive già il padre di lei. Ted si rifiuta di prestare all'amico un materassino, accusandolo di non rendere mai quello che gli presta, come anche il resto della gang. Barney, intanto, continua a uscire con Patrice con orrore da parte di Robin che non crede che sia davvero attratto dalla collega. Decide, allora di rubare il Playbook dell'amico per mostrarglielo e farla rinsavire. Ma Barney sopraggiunge proprio mentre Robin è nell'appartamento e si nasconde nel suo armadio. Ted, nel tentativo di liberarla, deve nascondersi nel ripostiglio e non farsi vedere dall'amico. Con gran sorpresa di Robin anche Lily si trova nell'appartamento di Barney. Intanto, Marshall ha scoperto che la madre, Judy, sta vivendo una vera storia d’amore con un partner per lui alquanto fastidioso. Che sia davvero così?

E' arrivato il giorno dell'inaugurazione della GNB Tower. Barney non sarà presente alla serata perché vuole chiedere a Patrice di sposarlo. Marshall e Lily se ne andranno presto invece per godersi le loro prime ventiquattro ore fuori casa senza il piccolo Marvin. In realtà, Marshall e Lily si accorgeranno di non riuscire a stare lontani dal loro figlioletto. Ted non riesce a dire a Robin delle intenzioni di Barney, anzi le chiede di accompagnarlo all'inaugurazione. Pentito di non averle rivelato di Barney e Patrice, Ted chiama Marshall e si sfoga con lui, confidandogli che, in cuor suo, spera ancora di poter tornare con Robin. Marshall lo invita a non rivelare le intenzioni di Barney, perché vorrebbe che i suoi desideri si avverassero. Alla fine, Ted confida a Robin le intenzioni di Barney e l'accompagna alla sede del grattacielo dove l'amico dovrebbe chiedere la mano di Patrice.

La madre di Robin vorrebbe conoscere Barney, ma questi è impegnato con una delle sue solite sfide. Dopo che Billy Zabka rivela di aver visto Lily uscire da un supermercato nel cuore della notte, si scopre che l'auto su cui Lily è salita è di proprietà del Capitano. Temendo un affaire tra di loro, Marshall e compagni si precipitano a casa del Capitano per chiedere delucidazioni. Questi rassicura gli ospiti, non sapendo tuttavia spiegare per quale motivo Lily si sia presentata a casa sua in piena notte. Ted allora cerca di scoprire perché Lily si sia recata dal Capitano, giungendo alla conclusione che Lily abbia ripreso a fumare, e che quindi le servisse un luogo appartato dove non farsi scoprire dagli amici; tale deduzione si rivela, però, sbagliata: al posto di trovare una cicca di sigaretta in un vaso di margherite (Daisy in inglese), verrà invece scovato un test di gravidanza, il cui esito rivela che Lily è di nuovo incinta. Tornato all'albergo, Marshall si ricongiunge affettuosamente con Lily, prendendo la decisione di trascorrere un anno a Roma, in modo da passare più tempo con il suo vero sogno, i propri figli, e nel contempo permettere alla moglie di realizzare le proprie aspirazioni. Nel frattempo, Robin viene a conoscenza di alcune preoccupanti somiglianze tra Barney e suo padre che la inducono a pensare che il proprio matrimonio possa condurla ad un futuro divorzio, proprio come accaduto a sua madre. Tali preoccupazioni svaniscono quando Barney si presenta alla futura suocera con un caloroso abbraccio. L'episodio si conclude mostrando Marshall, Lily e il piccolo Marvin (seguiti dai nonni) a Roma, un anno dopo gli avvenimenti narrati: il secondogenito si rivelerà una femmina, chiamata Daisy.